Theo nguyên tắc, những đội bóng mạnh sẽ được công nhận dựa trên danh tiếng và thành tích của họ, nhằm tránh trường hợp một hoặc hai bảng có một vài đối thủ là ứng cử viên vô địch, còn bảng khác thì không có đội nào. Trong khi đó, Chủ tịch FIFA, Sepp Blatter, gợi ý rằng, bảng xếp hạng của FIFA và những màn trình diễn ở vòng loại vừa qua có thể được sử dụng để quyết định đội hạt giống. Vì vậy, các nhóm hạt giống có thể được phân chia như sau:
Với thành tích cả ba lần lọt vào trận chung kết trong ba kỳ World Cup vừa qua (vô địch năm 1994 và 2002) rõ ràng, Brazil đứng đầu trong số 32 đội. Theo thứ tự, bảy đội hạt giống khác là Đức, Tây Ban Nha, Italy, Pháp, Croatia, Hàn Quốc và Argentina. Mexico và Hà Lan cùng dẫn đầu nhóm 2, tiếp theo là Anh, Thụy Điển, Mỹ, Paraguay, Nhật Bản và Serbia-Montenegro. Costa Rica dẫn đầu 8 đội trong nhóm 3, theo sau là Ecuador, Ba Lan, Bồ Đào Nha, Saudi Arabia, Iran, Tunisia và Thụy Sĩ.
Các đội còn lại gồm 6 đội chưa từng tham dự VCK World Cup (Angola, Ghana, Bờ Biển Ngà, Togo, Trinidad & Tobago và Ukraina) và 2 đội Australia, CH Séc bởi họ mới 1 lần tham dự World Cup (Australia: 1974, Séc: 1990).
Tuy nhiên, điều đáng chú ý là, Đức hiện đứng thứ 3 trong số những hạt giống hàng đầu (vị trí thứ 16), nhưng tư cách đội chủ nhà đã bảo đảm cho họ vị trí hàng đầu ở bảng A.
Hàn Quốc có thể đã lọt vào bán kết World Cup 2002, nhưng đã không giành được trận thắng nào trong 2 kỳ trước, và hiện xếp ở vị trí thứ 29 - thứ hạng tệ nhất trong số các đội ở nhóm hàng đầu.
Ngược lại, Hà Lan kết thúc World Cup 1998 ở vị trí thứ 4 và hiện đứng thứ 3 trong bảng tổng sắp của FIFA. Họ vượt qua vòng loại với số điểm cao nhất ở châu Âu (32) và là 1 trong 5 đội bóng của châu lục này giành quyền tới Đức với chuỗi trận bất bại. Hoán đổi vị trí của Hàn Quốc và Hà Lan xem ra sẽ thích hợp với quan niệm của FIFA. Nhưng có điều, Phó chủ tịch FIFA, Chung Mong Joon, là người Hàn Quốc đang làm việc tại cả Hội đồng điều hành FIFA và World Cup.
Croatia đứng ở vị trí thứ 20, là đội có thứ hạng thấp thứ 2 trong nhóm đầu. Và 3 ứng cử viên tiếp theo là Mexico, Anh và Thụy Điển. Tuy nhiên, những người châu Âu trong Ủy ban World Cup (13 trong số 31 thành viên, gồm cả Chủ tịch) nhiều khả năng sẽ không chấp thuận đẩy Mexico lên.
Nhiều khả năng hơn, vị trí thứ 2 của CH Séc có thể đưa họ ra khỏi nhóm cười cùng và vị trí thứ 10 của Bồ Đào Nha sẽ giúp họ rời nhóm hạt giống số 3 lên nhóm 2. Thậm chí, cho dù Séc phải đánh bại Na Uy qua loạt trận play-off để giành quyền tham dự VCK World Cup 2006, thì việc để họ ở nhóm cuối cùng cũng là điều bất công. Tương tự như vậy, Bồ Đào Nha á quân Euro 2004 và có điểm số cao thứ 2 trong số những đội bóng châu Âu vượt qua vòng loại.
Nếu CH Séc và Bồ Đào Nha được thăng nhóm, họ sẽ thay thế vị trí của 2 đội ở nhóm 2. Và 3 ứng cử viên cho sự thay thế này nhiều khả năng là Paraguay, Nhật Bản và Serbia. Serbia có thành tích tồi tệ nhất trong số những đội thuộc nhóm hạt giống số 2 và hiện đứng ở vị trí 47. Paraguay ở vị trí 30, thấp hơn Nhật Bản 15 bậc.
