Hiện nay trong danh mục hệ thực vật tỉnh Kon Tum đã có gần 50 loài được đưa vào Sách Đỏ Việt Nam đang trong tình trạng bị đe dọa tuyệt chủng.
Tình trạng suy giảm đa dạng sinh vật học này là hậu quả của nạn khai thác trái phép các loài thực vật có giá trị kinh tế cao, tình trạng du canh du cư, phát rừng làm nương rẫy của đồng bào dân tộc thiểu số và nạn cháy rừng.
Hiện Kon Tum đang triển khai hai dự án bảo tồn và phát triển cây sâm Ngọc Linh với quy mô vườn ươm gần 26 nghìn cây giống và cấp phát hơn 7.500 cây để phát triển mô hình trồng cây hộ gia đình, cây dó bầu với 80 nghìn cây trên diện tích 200 ha tại các huyện Kon Rẫy và Kon Plông.
Kon Tum có hơn 1.610 loài thực vật, thuộc 734 chi và 175 họ, trong đó có 460 loài cho gỗ, mà đáng kể đến là các loài sinh trưởng trong hệ sinh thái rừng tự nhiên, như sâm Ngọc Linh, vàng đắng, dó bầu (trầm hương).