Trong thời kỳ kháng chiến chống Pháp (1951 - 1954): Tuy còn non trẻ, nhưng dưới sự lãnh đạo trực tiếp của Nha Công an Trung ương, cùng với lực lượng bảo vệ chính trị, Phòng Chấp pháp đã điều tra, làm rõ nhiều vụ án gián điệp, tham gia khai thác hàng trăm tên tù, hàng binh do bộ đội ta bắt giữ, qua đó đã kịp thời cung cấp cho các đơn vị an ninh trong lực lượng công an và quân đội nhiều tin tức, tài liệu về âm mưu, tổ chức của địch. Ðồng thời, đã khám phá và đập tan nhiều âm mưu, hoạt động chống phá của bọn Việt gian phản động, bảo vệ vững chắc chính quyền cách mạng. Ngày 16-2-1953, Nha Công an thuộc Bộ Nội vụ đổi thành Thứ Bộ công an. Tháng 8-1953, Thứ Bộ công an đổi thành Bộ Công an, Phòng Chấp pháp thuộc Ty Bảo vệ chính trị được tách ra thành Vụ Chấp pháp thuộc Bộ Công an. Sau đó, Vụ Chấp pháp còn được giao thêm nhiệm vụ quản lý hệ thống trại giam, trại cải tạo nên có tên gọi là Vụ Chấp pháp và Lao cải.
Thời kỳ kháng chiến chống Mỹ cứu nước, đấu tranh bảo vệ miền bắc, giải phóng miền nam, thống nhất đất nước (1954 - 1975): Dưới sự lãnh đạo của Ðảng, Chính phủ và Bộ Công an, sự phối hợp chặt chẽ của các lực lượng trinh sát, Vụ Chấp pháp đã tiến hành điều tra, làm rõ nhiều vụ án lớn, như các vụ án gián điệp biệt kích, bạo loạn, hoạt động phỉ, hoạt động nhằm lật đổ chính quyền nhân dân, hoạt động của số đối tượng lợi dụng đạo Thiên Chúa câu kết với Mỹ, ngụy hoạt động chống phá, các vụ án phức tạp xảy ra ở những địa bàn xung yếu. Ðây là những vụ án lớn, diễn ra trên địa bàn rộng, bọn cầm đầu lôi kéo hàng trăm người tham gia, chống phá một cách quyết liệt, có vụ chúng đã đánh chiếm trụ sở của một số địa phương, bắn, giết cán bộ, cơ sở cốt cán của ta... Về mặt tổ chức, trong thời kỳ này có sự thay đổi: Ngày 17-2-1955, Vụ Chấp pháp ở Bộ Công an được tách thành hai bộ phận: Bộ phận làm công tác điều tra tội phạm của Vụ Chấp pháp trở thành Phòng Chấp pháp thuộc Vụ Bảo vệ chính trị; Phòng Quản lý trại giam của Vụ Chấp pháp trở thành Vụ Lao cải trực thuộc Bộ Công an. Ðến tháng 4-1957, Phòng Chấp pháp tách khỏi Vụ Bảo vệ chính trị, trở thành Phòng Chấp pháp trực thuộc Bộ Công an. Ngày 28-8-1959, Bộ Công an đã quyết định chuyển đổi Phòng Chấp pháp thành Vụ Chấp pháp, và ngày 29-9-1961 đổi tên thành Cục Chấp pháp. Từ đây, thẩm quyền điều tra của Cục Chấp pháp không còn thu hẹp ở loại đối tượng phản cách mạng nữa mà được mở rộng thêm hai loại đối tượng phạm các tội về kinh tế và trị an xã hội.
Sau ngày miền nam hoàn toàn giải phóng, đất nước thống nhất: Cục Chấp pháp đã phối hợp chặt chẽ các đơn vị nghiệp vụ và lực lượng vũ trang, trấn áp kịp thời những tổ chức phản cách mạng, truy bắt những tên cầm đầu nguy hiểm; tập trung khai thác hàng nghìn đối tượng là ngụy quân, ngụy quyền, nhân viên tình báo, cảnh sát đặc biệt và những đối tượng đặc biệt quan trọng khác. Qua khai thác, đã phát hiện nhiều tài liệu có giá trị, nhiều đầu mối mới phục vụ kịp thời cho công tác trinh sát, bóc gỡ cơ sở cài cắm lại của địch; đẩy lùi âm mưu gây bạo loạn, làm thất bại một bước "kế hoạch hậu chiến" của Mỹ, ngụy, góp phần củng cố chính quyền cơ sở, giữ vững an ninh trật tự, nhất là ở các vùng đô thị, vùng đồng bào tôn giáo, dân tộc ở các tỉnh phía nam. Ngoài ra, đơn vị đã khởi tố hàng chục vụ án, bắt hàng trăm đối tượng phản động lưu vong xâm nhập, vô hiệu hóa âm mưu, hoạt động bạo loạn vũ trang, lật đổ chính quyền của chúng. Tháng 6-1981, Cục Chấp pháp tách thành hai bộ phận: Cục An ninh điều tra xét hỏi thuộc Tổng cục An ninh, Cục Cảnh sát điều tra xét hỏi thuộc Tổng cục Cảnh sát nhằm thực hiện nhiệm vụ chuyên sâu trong bảo vệ an ninh quốc gia và giữ gìn trật tự an toàn xã hội.
Bước vào thời kỳ đổi mới, nhất là trong những năm gần đây, Cục An ninh điều tra luôn là đơn vị đi đầu trên tất cả các mặt công tác, lập được nhiều chiến công, thành tích đặc biệt xuất sắc. Là đơn vị trực tiếp sử dụng biện pháp pháp luật để điều tra, xử lý tội phạm xâm phạm an ninh quốc gia, các tội phạm khác thuộc thẩm quyền và các vụ án theo sự phân công của Bộ trưởng Công an, đơn vị đã phối hợp chặt chẽ các cục nghiệp vụ an ninh đấu tranh, ngăn chặn các hoạt động chống Ðảng, Nhà nước của các tổ chức phản động lưu vong. Ðã khởi tố, điều tra, xử lý hàng chục vụ án về các tội danh: Hoạt động nhằm lật đổ chính quyền nhân dân; Tuyên truyền chống nhà nước CHXHCN Việt Nam; Khủng bố nhằm chống chính quyền nhân dân; Lợi dụng các quyền tự do dân chủ xâm phạm lợi ích Nhà nước, quyền và lợi ích hợp pháp của tổ chức, công dân... Qua đó đã kịp thời ngăn chặn, bắt giữ nhiều đối tượng phản động khi chúng mới xâm nhập về nước, khám xét, thu giữ hàng trăm ki-lô-gam thuốc nổ, hàng trăm quả lựu đạn, súng, bom, mìn, hàng nghìn tờ truyền đơn, hàng chục máy chèn phá sóng phát thanh; ngăn chặn và đập tan mưu đồ manh động của kẻ địch. Bên cạnh đó, đã điều tra, đấu tranh, làm thất bại các hoạt động của số đối tượng cơ hội chính trị, lợi dụng vấn đề tôn giáo, dân tộc, dân chủ, nhân quyền để hoạt động chống phá; điều tra, xử lý hàng chục vụ, bóc gỡ hàng chục nhóm gián điệp do cơ quan đặc biệt nước ngoài xây dựng, cài cắm trong nội bộ các cơ quan, ban, ngành, góp phần bảo vệ tốt an ninh chính trị nội bộ.
Cùng với công tác điều tra, xử lý các đối tượng phạm tội xâm phạm an ninh quốc gia, Cục An ninh điều tra còn được Bộ Chính trị, Chính phủ và lãnh đạo Bộ Công an giao điều tra nhiều vụ án kinh tế, tham nhũng, đã tập trung lực lượng điều tra, thu hồi số lượng lớn tài sản cho Nhà nước, được lãnh đạo các cấp và dư luận tin tưởng, đánh giá cao, như: vụ buôn lậu Tân Trường Sanh, vụ buôn lậu vàng tại sân bay Tân Sơn Nhất, vụ Mai Văn Huy cùng đồng bọn buôn lậu, tham ô, đưa hối lộ và cố ý làm trái gây hậu quả nghiêm trọng; vụ cố ý làm lộ bí mật nhà nước, lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ trong quá trình điều tra vụ án PMU18; vụ cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng xảy ra tại Tập đoàn Công nghiệp tàu thủy Việt Nam (Vinashin); vụ Giang Kim Ðạt và đồng phạm tham ô tài sản, rửa tiền xảy ra tại Công ty TNHH một thành viên Vận tải viễn dương Vinashin; vụ cố ý làm trái các quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng, tham ô tài sản, xảy ra tại Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN) và Tổng công ty cổ phần Xây lắp dầu khí Việt Nam (PVC); vụ tham ô tài sản, cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng xảy ra tại Công ty cổ phần Bọc ống dầu khí Việt Nam; vụ lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ xảy ra tại Công ty cổ phần Ðầu tư hạ tầng và Ðô thị dầu khí Petroland; vụ vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng xảy ra tại Công ty cổ phần Hóa dầu và Nhiên liệu sinh học dầu khí (vụ Ethanol Phú Thọ),... Qua đó, đã góp phần thiết lập kỷ cương trên lĩnh vực kinh tế; bảo vệ lợi ích, tài sản của Nhà nước trong bối cảnh hội nhập; bảo vệ chính trị nội bộ, an ninh kinh tế tại những địa bàn, lĩnh vực xung yếu như giao thông, xây dựng, dầu khí, thương mại, ngân hàng, đầu tư, tài chính và bảo vệ lợi ích quốc gia Việt Nam ở nước ngoài.
Ðảng ủy, lãnh đạo Cục An ninh điều tra luôn coi trọng công tác xây dựng Ðảng, xây dựng lực lượng, làm tốt công tác chính trị, tư tưởng; dù trong bất kỳ hoàn cảnh nào cũng luôn đoàn kết một lòng, khắc phục mọi khó khăn, anh dũng, mưu trí tiến hành các hoạt động điều tra tội phạm xâm phạm an ninh quốc gia, thi đua hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ mà Ðảng, Nhà nước và ngành công an giao phó. Mỗi cán bộ Cục An ninh điều tra luôn không ngừng tu dưỡng rèn luyện phẩm chất đạo đức: "cần, kiệm, liêm, chính, chí công, vô tư", "thượng công, thủ pháp", phát huy cao độ tinh thần tự lập, tự chủ, tự cường, tận tụy với công việc, vượt qua mọi khó khăn, thử thách, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ; nội bộ đoàn kết, thống nhất, dân chủ, kỷ luật nghiêm minh, phối hợp hiệp đồng chặt chẽ với các cấp, các ngành, các lực lượng; luôn luôn nêu cao tinh thần cảnh giác; mưu trí, dũng cảm, kiên quyết, khôn khéo, tích cực học hỏi, chủ động tiến công kẻ địch, không bỏ lọt tội phạm; không ngừng học tập, nâng cao trình độ chính trị, nghiệp vụ, năng lực công tác; tiếp thu và vận dụng sáng tạo, hiệu quả các thành tựu khoa học kỹ thuật và công nghệ phục vụ công tác chiến đấu.
Những thành tích, cống hiến của Cục An ninh điều tra đã được Ðảng, Nhà nước, nhân dân ghi nhận, biểu dương, đánh giá cao và tặng nhiều phần thưởng cao quý: Huân chương Hồ Chí Minh (năm 2011); Huân chương Chiến công hạng nhất (2009); hai Huân chương Chiến công hạng ba (2006, 2007); hai Huân chương Quân công hạng nhất (1996, 2001); Huân chương Quân công hạng nhì (2007); Huân chương Quân công hạng ba (1996); ba đơn vị của Cục được tặng thưởng danh hiệu Anh hùng Lực lượng vũ trang nhân dân. Nhiều tập thể, cá nhân thuộc Cục đã được Chủ tịch nước, Thủ tướng Chính phủ và Bộ Công an tặng thưởng hàng trăm huân chương, huy chương và bằng khen các loại.
Ðặc biệt, ngày 7-8-2020, Chủ tịch nước CHXHCN Việt Nam đã ký Quyết định phong tặng danh hiệu Anh hùng Lực lượng vũ trang nhân dân cho Cục An ninh điều tra - Bộ Công an, một phần thưởng cao quý dành cho những nỗ lực, cố gắng của tập thể và cán bộ, chiến sĩ trong suốt chặng đường dài phấn đấu, với những thành tích đặc biệt xuất sắc trong công tác giữ gìn an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội, góp phần vào sự nghiệp xây dựng chủ nghĩa xã hội và bảo vệ Tổ quốc.
Trung tướng,
Ts Lý Anh Dũng
Cục trưởng Cục An ninh điều tra
