Cùng với sự trưởng thành của lực lượng Công an tỉnh (nay là Công an thành phố Cần Thơ), lực lượng An ninh chính trị nội bộ đã góp phần cùng toàn thể cán bộ, chiến sĩ bảo vệ thành quả sự nghiệp cách mạng của Ðảng và nhân dân địa phương. Trong kháng chiến chống Mỹ, cứu nước cũng như trong hòa bình xây dựng và bảo vệ Tổ quốc, các thế hệ nối tiếp nhau đã nêu cao tinh thần đoàn kết nhất trí, sẵn sàng nhận và hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao, luôn xứng đáng với lòng tin yêu của Ðảng, của ngành, của nhân dân, mỗi giai đoạn lịch sử đều ghi lại dấu ấn vào trang sử vẻ vang của toàn lực lượng.
Từ năm 1965 đến Tổng tiến công Tết Mậu Thân 1968, lực lượng Bảo vệ nội bộ thuộc An ninh tỉnh Cần Thơ đã phối hợp chặt chẽ các tiểu ban khác và an ninh các huyện để phát hiện, tiêu diệt nhiều tên tình báo, gián điệp, mật báo… của địch chui vào phá hoại nội bộ ta, bảo vệ an toàn căn cứ cách mạng và các đồng chí lãnh đạo. Sau năm 1968, lực lượng chuyên làm nhiệm vụ công tác bảo vệ nội bộ, bảo vệ các cơ quan và nơi cư trú đóng quân của bộ đội, rà soát địa bàn, lập hồ sơ đối tượng và phương án đấu tranh để bóc gỡ mạng lưới gián điệp của địch cài cắm trong nội bộ ta. Sau ngày miền nam hoàn toàn giải phóng, cùng với công tác xây dựng chính quyền các cấp, công tác bảo vệ an ninh chính trị được đưa lên hàng đầu trong đó có nhiệm vụ bảo vệ an toàn cho các đồng chí lãnh đạo, cơ quan đảng, chính quyền, đoàn thể.
Tháng 5/1975, đơn vị chính thức được thành lập, lúc đầu có tên là Bảo vệ nội bộ - An ninh Tây Nam Bộ. Sau nhiều lần tách, nhập và đổi tên, từ ngày 27/12/2010 chính thức đổi thành Phòng An ninh chính trị nội bộ. Phòng đã tham mưu cho Ủy ban nhân dân, Giám đốc Công an thành phố thực hiện tốt công tác tuyên truyền, kiểm tra, đôn đốc, hướng dẫn các đơn vị, cơ quan, tổ chức trên địa bàn nắm vững quy định của pháp luật trong công tác bảo vệ bí mật nhà nước, tổ chức bốn đợt tập huấn cho hơn 470 cán bộ, lãnh đạo, cán bộ, chiến sĩ trực tiếp làm công tác bí mật nhà nước của các sở, ngành, Công an thành phố và cơ quan trung ương đóng trên địa bàn. Phối hợp các đơn vị liên quan phát hiện 43 trường hợp có hành vi đăng tải tin, bài viết, video clip, bình luận có nội dung sai sự thật, xuyên tạc lực lượng chức năng, xúc phạm uy tín lãnh đạo Ðảng, Nhà nước và thành phố Cần Thơ hoặc có nội dung nhạy cảm, phức tạp, tạo dư luận xấu làm ảnh hưởng an ninh trật tự xã hội. Kết quả, đã bắt, khởi tố một đối tượng, xử phạt vi phạm hành chính hai trường hợp với số tiền 14 triệu đồng; mời làm việc 17 trường hợp, giáo dục, răn đe không tái phạm; phối hợp Thanh tra Sở Thông tin và Truyền thông xử phạt vi phạm hành chính một trường hợp với số tiền 5.000.000 đồng; nhắc nhở, giáo dục ba trường hợp. Riêng năm 2022, đơn vị đã phối hợp thực hiện công tác bảo đảm an ninh, an toàn tuyệt đối cho 91 lượt đoàn lãnh đạo Ðảng, Nhà nước, Chính phủ, khách quốc tế; 30 sự kiện chính trị, văn hóa, kinh tế, lễ hội, hội nghị, hội thảo khoa học cấp quốc gia tổ chức trên địa bàn thành phố…
Từ sự phấn đấu nỗ lực của tập thể cán bộ, chiến sĩ, hằng năm đơn vị đều hoàn thành tốt và hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ. Các thế hệ cán bộ, chiến sĩ có nhiều đồng chí được bổ nhiệm các chức vụ quan trọng trong lực lượng công an. 65 năm qua, Phòng An ninh chính trị nội bộ Công an thành phố Cần Thơ vinh dự được Ðảng, Nhà nước tặng thưởng nhiều phần thưởng cao quý, như: Huân chương Chiến công hạng nhất; Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ; Bằng khen của Tổng cục An ninh, Bộ Nội vụ (Bộ Công an), lãnh đạo các bộ, ngành trung ương và địa phương… cho tập thể, cá nhân cán bộ, chiến sĩ.
