Kết thúc phiên tòa, Hội đồng xét xử quyết định chấp nhận một phần kháng nghị của Viện Kiểm sát nhân dân cấp cao tại Hà Nội, tăng hình phạt đối với bị cáo Nguyễn Ngọc Minh về tội “Cưỡng đoạt tài sản” và Quách Văn Lộc về tội “Tàng trữ trái phép vũ khí quân dụng”. Các bị cáo còn lại giữ nguyên hình phạt như đã bị tuyên tại phiên tòa sơ thẩm.
Tại phiên tòa xét xử phúc thẩm, các bị cáo đều thành khẩn khai báo, nhận tội. Hội đồng xét xử xét thấy bị cáo Nguyễn Ngọc Minh là người tổ chức, cầm đầu, tự đề ra thu phí bến bãi, tuy nhiên do thành khẩn khai báo, ăn năn hối cải, tự nguyện nộp toàn bộ số tiền đã chiếm đoạt cho người bị hại; gia đình bị cáo có công với cách mạng, bản thân bị cáo Minh đã được tặng thưởng nhiều bằng khen,... cho nên được hưởng bốn tình tiết giảm nhẹ như bản án sơ thẩm là có căn cứ.
Hội đồng xét xử đã tuyên phạt bị cáo Nguyễn Ngọc Minh 36 tháng tù giam về tội “Cưỡng đoạt tài sản”; bị cáo Quách Văn Lộc 30 tháng tù giam về tội “Tàng trữ trái phép vũ khí quân dụng”. Các bị cáo khác đều có vai trò giúp sức cho Minh và làm việc theo sự chỉ đạo của Minh, thậm chí có những hành động vượt quá sự chỉ đạo của Minh.
Tuy nhiên, xét thấy các bị cáo đều làm công ăn lương, số tiền cưỡng đoạt không lớn, có thái độ thành khẩn khai báo cho nên Hội đồng xét xử giữ nguyên hình phạt như bản án sơ thẩm.
Trước đó, tại phiên tòa xét xử sơ thẩm do Tòa án nhân dân tỉnh Bắc Ninh tiến hành, bị cáo Nguyễn Ngọc Minh, SN 1960, hộ khẩu thường trú phường Lê Ðại Hành, quận Hai Bà Trưng, TP Hà Nội bị phạt 24 tháng tù giam; Nguyễn Văn Tùng, SN 1966, hộ khẩu thường trú tại phường Võ Cường, TP Bắc Ninh, tỉnh Bắc Ninh và Vũ Quốc Khánh, SN 1990, ở phường Ðông Ngàn, thị xã Từ Sơn, tỉnh Bắc Ninh cùng chịu mức án 18 tháng 13 ngày tù; Nguyễn Thu Hằng, SN 1992, hộ khẩu thường trú phường Lê Ðại Hành, quận Hai Bà Trưng, TP Hà Nội (con gái Nguyễn Ngọc Minh) bị phạt 17 tháng 19 ngày tù...
Các bị cáo trên cùng bị truy tố về tội “Cưỡng đoạt tài sản”. Riêng đối với bị cáo Quách Văn Lộc, SN 1975, trú tại phường Phù Khê, thị xã Từ Sơn bị phạt 18 tháng 6 ngày tù với tội danh “Tàng trữ trái phép vũ khí quân dụng”.