Theo quyết định, tổng giá trị tài sản hình thành sau đầu tư và trong giai đoạn kinh doanh khai thác Dự án BOT cầu Đồng Nai là hơn 2.276 tỷ đồng. Sau thời gian sử dụng, đến nay tổng giá trị tài sản còn lại được xác định là hơn 1.825 tỷ đồng.
Đối với tài sản được xác lập sở hữu toàn dân, Bộ Giao thông vận tải giao Cục Đường bộ Việt Nam quản lý, sử dụng và khai thác tài sản kết cấu hạ tầng giao thông đường bộ theo quy định.
Ngoài ra, với các tài sản khác, Cục Đường bộ Việt Nam có trách nhiệm quản lý, bảo quản; thực hiện rà soát và báo cáo Bộ Giao thông vận tải phương án xử lý phù hợp với quy định về tiêu chuẩn, định mức, chế độ về quản lý, sử dụng tài sản công.
Riêng tài sản chuyển giao cho nhà đầu tư trong quá trình thực hiện dự án, Cục Đường bộ Việt Nam thực hiện việc tiếp nhận lại để quản lý, sử dụng và khai thác phù hợp theo quy định.
Dự án BOT cầu Đồng Nai được khởi công vào tháng 6/2008, gồm các hạng mục: nút giao Tân Vạn, cầu Đồng Nai mới, nút giao Vũng Tàu, nâng cấp cầu Đồng Nai cũ và đường gom kết nối vào dự án.
Từ 13 giờ 30 phút ngày 24/8/2020, Trạm thu phí BOT cầu Đồng Nai trên Quốc lộ 1 (thu phí cho dự án trên) đã tạm dừng thu phí theo yêu cầu của Tổng Cục Đường bộ Việt Nam (nay là Cục Đường bộ Việt Nam).
Liên quan đến Dự án BOT cầu Đồng Nai, Kiểm toán Nhà nước từng kiến nghị giảm thời gian thu phí từ 18 năm 4 tháng 10 ngày như trong hợp đồng, xuống còn 7 năm 8 tháng 16 ngày. Nguyên nhân, do nhà đầu tư tính sai lưu lượng xe và xác định sai tổng mức đầu tư.
