Ở thị trấn Xuân Mai, Chương Mỹ (Hà Tây), Công ty TNHH thương mại và dịch vụ sản xuất Thảo Nhung (gọi tắt Thảo Nhung) nổi tiếng là một doanh nghiệp ăn nên làm ra. Từ tháng 11-2001, Trần Hồng Hải đã thành lập doanh nghiệp tư nhân chuyên buôn bán lương thực ở xóm 5, xã Lưu Phương, huyện Kim Sơn (Ninh Bình). Khi thủ đoạn kinh doanh mờ ám của Hải là kê khai chênh lệch thuế GTGT giữa liên 1 và liên 2 bị lật tẩy và Hải lĩnh án 15 tháng tù cho hưởng án treo, doanh nghiệp đã giải thể.
Tuy nhiên, ngày 23-12-2003, Hải tiếp tục thành lập Công ty Thảo Nhung, có trụ sở tại thị trấn Xuân Mai, Chương Mỹ (Hà Tây), do Hải làm Giám đốc và con trai là Trần Mạnh Hà làm Phó giám đốc. Mặt hàng kinh doanh chủ đạo của công ty là nông sản: gạo, ngô, thóc, sắn, cám... thu gom từ các chủ tàu ở Mộc Châu (Sơn La), thị xã Hòa Bình, huyện Ba Vì (Hà Tây) và một số địa phương khác để bán cho các Công ty TNHH Charoen Phokhand, nông sản Bắc Ninh, nhà máy chế biến thức ăn gia súc NEWHOP...
Vì mua hàng hầu hết đều không có hóa đơn GTGT đầu vào, nhưng khi bán phải xuất hóa đơn GTGT cho khách hàng, trong đó có 5% thuế GTGT, các đơn vị mua hàng đã thanh toán, trả khoản tiền thuế nói trên. Do vậy, theo quy định, Công ty Thảo Nhung phải nộp toàn bộ số tiền thuế này cho cơ quan thuế, nhưng Hải đã không nộp mà âm mưu chiếm đoạt số tiền thuế GTGT nói trên.
Cơ quan điều tra đã phát hiện từ khi công ty chính thức hoạt động số tiền nộp thuế chỉ có hơn 100 triệu đồng, không tương xứng với lượng hàng bán ra. Kiểm tra giữa liên 1, liên 3 hóa đơn bán hàng của công ty, phát hiện không trùng khớp ngày tháng và số lượng hàng hóa bán ra. Tại cơ quan điều tra, Hải giải trình rằng, y thường xuyên kết hợp với Nguyễn Hữu Ðức (tức Phi) ở đường Chế Lan Viên, phường Tây Thạnh, quận Tân Phú (TP Hồ Chí Minh) là người cùng quê buôn bán hàng nông sản. Mỗi lần, sau khi ký hợp đồng, Ðức tiến hành thu gom nguồn hàng tại miền nam, sau đó vận chuyển hàng bằng xe ô-tô chở ra giao cho Hải cùng hợp đồng và thanh lý hợp đồng, phiếu xuất kho và phiếu thu tiền, hóa đơn.
Còn Ðức thì giải trình về hoạt động thu gom nông sản rằng, các công ty đều có trụ sở ở TP Hồ Chí Minh, nhưng thu mua hàng tại các tỉnh Tây Nguyên. Ðể minh chứng cho việc làm ăn của mình, Ðức khai đã thuê hàng trăm đợt xe ô-tô chở hàng ra bắc. Cơ quan điều tra xác minh thực tế một số biển số xe cho thấy, không phải là xe chuyên dùng để chở hàng hóa, mà có cả xe tải loại 15 tấn, xe container, xe du lịch và xe bốn chỗ. Các chủ xe đều không quen biết Ðức, không chở hàng, thậm chí có chủ xe chưa bao giờ ra bắc.
Qua đấu tranh khai thác, đã xác định Hải đã đặt vấn đề với Nguyễn Hữu Ðức mua hóa đơn GTGT khống để hợp thức nguồn hàng nông sản do Công ty Thảo Nhung mua trôi nổi trên thị trường, nhưng không có hóa đơn GTGT đầu vào, rồi làm thủ tục kê khai khấu trừ chiếm đoạt tiền thuế GTGT mà lẽ ra Hải phải nộp cho Nhà nước. Còn Ðức đã có sẵn nguồn hóa đơn GTGT của các công ty TNHH: Phúc Kim, Kim Hòa Phú, Hưng Thanh, An Kim, Phú Minh Huy, Hoàng Thuận Phát, Hoàng Sinh, Dương Hòa, nên chấp thuận.
Hai bên thống nhất hằng tháng, Hải thông báo lượng hàng bán ra của Công ty Thảo Nhung để Ðức viết hóa đơn GTGT khống và thủ tục hợp thức khác như hợp đồng kinh tế, thanh lý hợp đồng, phiếu xuất kho, phiếu thu tiền, giấy biên nhận. Sau đó, chuyển ra để Hải kê khai hợp thức thuế đầu vào nguồn hàng nông sản theo số lượng mà Công ty Thảo Nhung đã xuất bán cho các công ty, nhà máy và Chi cục Dự trữ quốc gia. Về tỷ lệ ăn chia, Ðức được hưởng 1,7/5% thuế GTGT.
Từ tháng 1-2004 đến tháng 8-2005, Ðức đã cung cấp cho Hải 94 tờ hóa đơn GTGT khống của 12 công ty ở TP Hồ Chí Minh, cùng một số chứng từ khác. Nhiều nhất là công ty TNHH Dịch vụ thương mại cơ khí Phúc Kim ở phường Tân Tạo, quận Bình Tân, (TP Hồ Chí Minh) với 49 tờ hóa đơn GTGT, tổng số tiền hàng hơn 62 tỷ đồng, trong đó có ba hóa đơn trị giá từ hai tỷ đồng trở lên.
Với số hóa đơn trên, Hải đã sử dụng hợp thức đầu vào hàng nông sản tại Công ty Thảo Nhung, sau đó kê khai khấu trừ chiếm đoạt 4,83 tỷ đồng tiền thuế GTGT. Trừ 1,64 tỷ đồng trả cho Ðức theo thỏa thuận, Hải hưởng 3,18 tỷ đồng.
Do số lượng hóa đơn GTGT mua khống của các Công ty TNHH ở TP Hồ Chí Minh để hợp thức đầu vào hàng nông sản đã nhiều; để tránh bị kiểm tra phát hiện, Hải bàn với Nguyễn Duy Vinh là chủ doanh nghiệp tư nhân Vinh Thu ở tiểu khu 68, thị trấn nông trường Mộc Châu, (Sơn La) sẽ mua hóa đơn GTGT khống cùng các thủ tục khác như hợp đồng kinh tế, thanh lý hợp đồng, phiếu thu tiền, phiếu xuất kho, vận chuyển hàng của các công ty TNHH ở TP Hồ Chí Minh để hợp thức đầu vào hàng nông sản cho doanh nghiệp Vinh Thu.
Doanh nghiệp Vinh Thu sẽ kê khai khấu trừ với Chi cục thuế huyện Mộc Châu và viết hóa đơn GTGT bán khống hàng cho Công ty Thảo Nhung để hợp thức tiền thuế đầu vào nguồn hàng nông sản của Công ty Thảo Nhung và làm thủ tục kê khai khấu trừ thuế GTGT tại Cục Thuế tỉnh Hà Tây (hình thức khấu trừ qua doanh nghiệp trung gian). Hải thỏa thuận sẽ trả cho Vinh 1,25/5% thuế GTGT.
Sau đó, Hải điện cho Ðức để mua hóa đơn GTGT khống, thông báo toàn bộ số lượng hàng, loại hàng để Ðức viết hóa đơn GTGT bán hàng cho doanh nghiệp tư nhân Vinh Thu, sau đó chuyển hóa đơn cùng thủ tục để Vinh hợp thức đầu vào. Từ tháng 10-2004 đến tháng 5-2005, Vinh đã sử dụng 22 tờ hóa đơn khống của năm công ty tại TP Hồ Chí Minh để hợp thức đầu vào với tổng số tiền viết trên hóa đơn là 21,9 tỷ đồng.
Sau khi đã hợp thức tiền thuế đầu vào, Vinh đã nhờ vợ là Hoàng Thị Trung Thu cùng em vợ là Hoàng Ðức Huân viết hộ nhiều lần phiếu thu, chi và tổng số 22 tờ hóa đơn bán hàng khống cho Công ty Thảo Nhung với doanh số bán hàng 21,15 tỷ đồng để Hải hợp thức thuế đầu vào nguồn hàng nông sản của Công ty Thảo Nhung và làm các thủ tục kê khai khấu trừ thuế với Cục Thuế tỉnh Hà Tây, chiếm đoạt hơn một tỷ đồng tiền thuế GTGT. Hải đã trả cho Ðức 1,7/5% thuế GTGT đầu vào là gần 356 triệu đồng, Vinh hưởng 250 triệu đồng, còn Hải được hưởng 440 triệu đồng.
Cũng với thủ đoạn nói trên, Hải đã cấu kết với Vũ Văn Tư, Giám đốc Công ty TNHH Tư Vấn ở khu Tân Mai, thị trấn Xuân Mai, huyện Chương Mỹ (Hà Tây) chiếm đoạt hàng trăm triệu đồng tiền thuế GTGT. Trong vụ án này, Hải và đồng bọn đã chiếm đoạt trót lọt tổng cộng 6,4 tỷ đồng tiền thuế của Nhà nước.