Ông Ðỗ Ngọc Oánh, kiểm sát viên Viện KSND thành phố Hồ Chí Minh thừa ủy quyền của Viện KSND tối cao, giữ quyền công tố tại tòa. Ba luật sư Trần Vũ Hải, Phạm Quốc Hưng và Nguyễn Ðăng Trừng tham gia bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của các bị cáo. Ba người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan có mặt tại phiên tòa.
Căn cứ các chứng cứ thu thập tại cơ quan điều tra và những lời khai nhận tội tại phiên tòa, Hội đồng xét xử khẳng định việc truy tố, xét xử các bị cáo là đúng người, đúng tội, đúng pháp luật. Các bị cáo đã phạm tội khủng bố, cần thiết phải có bản án nghiêm khắc tương xứng với hành vi phạm tội mà các bị áo đã gây ra.
Tuy nhiên, tại cơ quan điều tra cũng như tại tòa, các bị cáo đã thành khẩn nhận tội, tỏ ra ăn năn hối cải, hứa không tái phạm, nên Hội đồng xét xử áp dụng chính sách khoan hồng của Nhà nước Việt Nam, giảm nhẹ một phần hình phạt cho các bị cáo.
Ngoài hình phạt tù, bị cáo Nguyễn Quốc Quân bị tuyên phạt buộc trục xuất ra khỏi lãnh thổ nước Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Việt Nam trong vòng một ngày sau khi chấp hành xong hình phạt tù. Các vật chứng liên quan vụ án đều bị tịch thu.
