Chương trình liên kết thạc sĩ khoa học dược các nước tiểu vùng sông Mekong được tổ chức luân phiên tại ba nước Đông-Nam Á gồm Việt Nam, Lào và Cambodia với sự tham gia giảng dạy của đội ngũ giảng viên đến từ các trường ĐH hàng đầu của Pháp. Khung chương trình được sử dụng là chương trình giáo dục hiện đang được áp dụng chính thức trong đào tạo thạc sĩ tại các Trường ĐH Paris Descarte, Aix- Marseille; Toulouse Paul-Sabatier, Angers với bốn chuyên ngành: hóa dược, dược động học, dược lý và khoa học thuốc, công nghệ dược và bào chế thuốc. Bằng được cấp trong chương trình được chấp nhận trong chương trình đào tạo sau ĐH của tất cả các nước thuộc khối EU.
Hiệu trưởng ĐH Dược Hà Nội, Nguyễn Thanh Bình cho biết, chương trình khóa thạc sĩ được thực hiện từ năm 2012 đến nay, kết quả đã đào tạo được 133 chuyên gia dược trình độ cao, trong đó có các học viên đến từ Việt Nam, Lào và Cambodia. Số học viên sau khi tốt nghiệp đều có việc làm ở những vị trí phù hợp với chuyên môn, một số học viên tiếp tục học ở những bậc học cao hơn. Đây là nguồn bổ sung nhân lực có chất lượng cao cho ngành dược của Việt Nam, Lào và Cambodia.
Hằng năm có từ bốn đến sáu lượt các giảng viên của ba nước được tham gia trợ giảng cùng với các giảng viên Pháp. Thông qua hoạt động này, các giảng viên vừa được cập nhật kiến thức vừa được bồi dưỡng về kỹ năng giảng dạy. Một số môn học đã được các trường ĐH của Pháp chuyển giao cho các giảng viên Việt Nam giảng dạy bằng tiếng Pháp, đáp ứng được yêu cầu chương trình.
Ngoài ra, một số môn học, nội dung giảng dạy được tích hợp trong chương trình đào tạo của Trường ĐH Dược Hà Nội ở bậc sau ĐH. Ngoài những kết quả trên, chương trình đã tạo ra mối liên hệ của khoảng 20 nhà khoa học của bốn trường ĐH ở Pháp và khoảng 20 nhà khoa học của bốn trường ĐH ở các nước Đông Dương. Mối liên hệ này giúp cho giảng viên các trường ĐH Đông Dương tiếp cận được các chương trình giảng dạy tiên tiến, từng bước hội nhập quốc tế.
