Theo hồ sơ vụ án, vào ngày 26-6-2005, khi anh Nguyễn Đình Sơn và chị Đoàn Thị Liễu (cùng thôn Yên Lý) phát hiện con gái đầu của mình là Nguyễn Thị Y., 5 tuổi bị mất tích. Sáng hôm sau, xác cháu Y. được phát hiện ở một mương nước ngoài đồng. Gần bốn tháng sau, Hàn Đức Long được mời lên Công an huyện Tân Yên để điều tra về hành vi “hiếp dâm” đối với bà Ngô Thị K., một phụ nữ 75 tuổi và con gái bà K. là chị Trương Thị N., là hàng xóm của Hàn Đức Long.
Ngày 19-10-2005, Hàn Đức Long đã làm đơn đầu thú về việc hiếp, giết cháu Nguyễn Thị Y. Sau đó, cơ quan Công an tỉnh Bắc Giang đã ra quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can đối với hành vi hiếp dâm, giết người, hiếp dâm trẻ em của Hàn Đức Long. Với sáu bản kết luận điều tra và điều tra bổ sung, cơ quan Công an và đại diện VKS buộc tội Hàn Đức Long với ba tội danh trên.
Tại hai phiên tòa sơ thẩm và phúc thẩm của Tòa án nhân dân (TAND) tỉnh Bắc Giang và Tòa Phúc thẩm (TAND Tối cao) đều tuyên án tử hình với Hàn Đức Long với các tội danh “hiếp dâm trẻ em”, “giết người”. Trong quá trình xét xử, Hàn Đức Long một mực kêu oan, bị ép cung, dùng nhục hình trong quá trình điều tra.
Ngày 29-7-2009, Hội đồng thẩm phán TAND Tối cao đã quyết định giám đốc thẩm, hủy các bản án sơ thẩm và phúc thẩm năm 2007 để điều tra lại. Hai phiên tòa sơ thẩm và phúc thẩm mở năm 2011 tiếp tục khẳng định Long phạm tội và tuyên án tử hình đối với Long. Gia đình Hàn Đức Long lại tiếp tục kêu oan.
Năm 2014, Hội đồng thẩm phán TAND Tối cao lại quyết định một lần nữa hủy hai bản án này đối với Hàn Đức Long để điều tra lại. Tại bản kết luận điều tra mới đây của Công an tỉnh Bắc Giang một lần nữa khẳng định ông Hàn Đức Long vẫn phạm tội giết người, hiếp dâm trẻ em.
Đến ngày 20-12-2016, VKSND tỉnh Bắc Giang đã ra quyết định đình chỉ điều tra với Hàn Đức Long và hiện ông Long đã được đưa về đoàn tụ với gia đình. Còn vụ án giết người, hiếp dâm trẻ em vẫn chưa được làm rõ nên không đình chỉ điều tra đối với vụ án này.
