Theo số liệu tổng hợp từ các cơ quan chức năng thì hiện nay, mỗi ngày, hệ thống kênh rạch của thành phố phải gánh chịu khoảng 40 tấn rác thải các loại và 70.000 m3 nước thải công nghiệp chưa qua xử lý. Trước đây, chỉ có các dòng kênh ở khu vực nội thành như Nhiêu Lộc - Thị Nghè, kênh Ðôi - kênh Tẻ, kênh Tàu Hủ, Tân Hóa - Lò Gốm bị ô nhiễm, thì bây giờ đến khu vực ngoại thành từ Bình Chánh, Hóc Môn đến Củ Chi... Theo Phòng Tài nguyên - Môi trường huyện Bình Chánh, trong hệ thống 72 tuyến kênh trên địa bàn huyện đến nay không còn bất cứ dòng kênh nào mà không bị ô nhiễm nặng. Hậu quả này là do trên địa bàn có đến hơn 1.000 cơ sở sản xuất hằng ngày đua nhau xả thải xuống hệ thống kênh này. Hệ quả là, thông tin từ Chi cục Bảo vệ môi trường thành phố cho biết, mức độ nhiễm kim loại nặng đang tăng mạnh về nồng độ so với năm trước, tại tầng nước ngầm thành phố ở một số khu vực ngoại thành như: các sân golf, quận 2, quận 12, quận Thủ Ðức, huyện Củ Chi. Riêng tại tầng nước ngầm Pleistocen - nguồn cung cấp nước sinh hoạt chính cho thành phố - nồng độ pH và tổng Coliform không đạt quy chuẩn tại đa số khu vực quan trắc, cũng chủ yếu ở các quận ngoại thành như 12, 9, 2, Thủ Ðức, huyện Hóc Môn, Củ Chi. Ngoài ra, ô nhiễm do chất thải hữu cơ tăng mạnh ở nước ngầm các khu vực đông dân cư sinh sống và khu vực gần kênh tiêu thoát nước, ở các quận như: 12, Gò Vấp, Phú Nhuận, 11, 2 và huyện Củ Chi. Những thông số cơ bản đó cho thấy, tình trạng ô nhiễm nguồn nước, nhất là nguồn nước ngầm cung cấp cho sinh hoạt cộng đồng đang ở mức độ trầm trọng, nếu không sớm được xử lý triệt để thì sẽ ảnh hưởng nghiêm trọng đến sức khỏe người dân trên địa bàn.
Biện pháp trước mắt và làm được ngay là phải hạn chế nguyên nhân gây ô nhiễm nguồn nước, bắt đầu từ việc làm sạch bề mặt, nhất là ở các khu chế xuất - khu công nghiệp. Tiến hành kiểm tra, xử lý kịp thời những nhà máy, xí nghiệp chưa xây dựng hệ thống xử lý nước thải hoặc đã có nhưng không bảo đảm chất lượng, dứt khoát đóng cửa các doanh nghiệp chưa có hệ thống xử lý nước thải riêng. Ngoài ra, thành phố cần phân công rõ trách nhiệm của từng ngành, từng cấp tăng cường công tác kiểm tra, thanh tra, xử phạt các hành vi vi phạm môi trường của cá nhân, hộ gia đình và các doanh nghiệp. Kiên quyết không cấp phép mới cho các ngành nghề sản xuất gây ô nhiễm môi trường. Ðồng thời tuyên truyền, vận động nhân dân không vứt rác bừa bãi, nhất là không xả rác xuống kênh, rạch. Tổ chức thu gom, xử lý rác thành từng tổ, đội theo hướng gọn, nhẹ và rải khắp hầu hết các địa bàn không để diễn ra tình trạng rác ùn ứ lâu ngày dẫn đến phân hủy, thấm xuống đất rồi làm ô nhiễm nguồn nước ngầm.