Câu chuyện cần cơ chế đặc thù để “cởi trói” cho thành phố Thủ Đức đã được đặt ra từ lâu, các cơ quan, ban, ngành của Thành phố Hồ Chí Minh cũng đã có nhiều kiến nghị nhưng chưa được giải quyết triệt để. Sau khi thành lập, bộ máy nhà nước của thành phố Thủ Đức vẫn hoạt động giống như đơn vị hành chính cấp quận, huyện trước đây cho nên không những chưa có bệ phóng để phát triển mà còn bị kìm chân trong thể chế chật chội. Thành phố Thủ Đức cần “cơ chế đặc thù” cũng giống như Thành phố Hồ Chí Minh cần “cơ chế đặc biệt” để phát triển.
Trong những năm gần đây, sự phát triển của Thành phố Hồ Chí Minh chưa thật sự đáp ứng được như kỳ vọng. Vai trò đầu tàu, động lực phát triển, sức lan tỏa, dẫn dắt liên kết các tiểu vùng trong vùng Đông Nam Bộ và với các vùng khác trong cả nước có dấu hiệu chững lại, thậm chí bị suy giảm. Thành phố đầu tàu kinh tế của cả nước mất rất nhiều thời gian để loay hoay bởi câu chuyện cơ chế: Cơ chế điều tiết ngân sách cho thành phố chưa tương xứng; hỗ trợ nguồn thu xuất nhập khẩu chưa đúng mức; hỗ trợ cho các dự án trọng điểm không đáng kể, phân cấp, phân quyền chưa tương xứng; biên chế cán bộ còn cào bằng, quá tải…
Nói như đồng chí Võ Văn Thưởng, Ủy viên Bộ Chính trị, Thường trực Ban Bí thư: Phá dỡ, khơi thông các điểm nghẽn là cách duy nhất để thành phố lấy lại vị thế phát triển. Còn theo đồng chí Nguyễn Văn Nên, Ủy viên Bộ Chính trị, Bí thư Thành ủy Thành phố Hồ Chí Minh: Thành phố không áp dụng đặc thù nữa, vì đặc thù ở đâu cũng có, thay vào đó Thành phố Hồ Chí Minh sẽ "đăng cai" thực hiện thí điểm những vấn đề mới, thực hiện chung cho cả nước.
Thế nhưng, thành phố vẫn còn vấp phải một số ít quan điểm trái chiều, đơn cử như vấn đề dôi dư hơn 5.700 công chức, viên chức so với số lượng biên chế được Trung ương giao tại thành phố. Thành phố Hồ Chí Minh cho rằng, 5.700 công chức, viên chức này không phải dôi dư, mà là số biên chế thực tế, cần thiết nhưng chưa có sự phê duyệt chính thức của Trung ương. Trong khi đó, theo quan điểm của Bộ Nội vụ, thành phố đã quản lý không chặt chẽ dẫn đến là địa phương duy nhất trên cả nước còn tồn tại tình trạng một số biên chế không đúng cơ quan thẩm quyền, dẫn đến chênh với số lượng biên chế theo quy định.
Số liệu thực tế về biên chế từ cơ sở đã thấy được cái khó của Thành phố Hồ Chí Minh. Xã Vĩnh Lộc A, huyện Bình Chánh có dân số 167.000 người, bằng nửa dân số tỉnh Bắc Kạn và tương đương dân số quận Phú Nhuận. Tuy nhiên, số biên chế cán bộ, công chức xã chỉ là 36 (11 cán bộ, 11 công chức, 14 người hoạt động không chuyên trách). Trong khi đó, tỉnh Bắc Kạn có 1.489 biên chế công chức, gấp hơn 41 lần; quận Phú Nhuận có 436 cán bộ cho 13 phường, gấp 12 lần.
Thành phố Hồ Chí Minh gặp khó, gặp trở ngại trong quá trình thực thi công việc nhưng lại không thể chủ động giải quyết vì vướng quy định. Lời giải duy nhất lúc này cho Thành phố Hồ Chí Minh là cơ chế để tăng tính tự chủ. Tất nhiên, sự tự chủ cao đồng nghĩa với trách nhiệm cũng phải cao. Khi đó, những điểm nghẽn mà thành phố đang gặp phải sẽ tự thành phố trả lời, chứng minh bằng chính sự phát triển của mình mà không phải chờ bộ, ngành giải quyết. Nhiều chuyên gia kinh tế cho rằng: Một thành phố năng động, phát triển, dư dôi năng lực sáng tạo, đổi mới như Thành phố Hồ Chí Minh nếu tạo được sự hỗ trợ về cơ chế thì chắc chắn cùng với sự quyết tâm của cả hệ thống chính trị, sự đồng lòng của người dân sẽ tạo nên động lực phát triển vượt trội so với nhiều địa phương khác.