Các đồng phạm là Hoàng Văn Sửu (SN 1973); Nguyễn Thanh Tuấn (SN 1980); Nguyễn Thành Anh (SN 1978); Nguyễn Quốc Nam (SN 1978); Trần Nhật Ký (SN 1982); Trần Vĩnh Trị (SN 1948) và Nguyễn Ly (SN 1982). Cả tám bị cáo đều bị truy tố về tội "Cố ý gây thương tích", riêng Thọ và Trị còn bị truy tố thêm về tội "Tàng trữ, sử dụng, mua bán trái phép vũ khí quân dụng".
Trong tám bị cáo, chỉ có Nguyễn Ly không phải là người địa phương (đăng ký thường trú ở xã Bình Châu, huyện Bình Sơn, tỉnh Quảng Ngãi), bảy bị cáo còn lại đều có hộ khẩu ở các xã Tân Nghĩa, Tân Hà và Sông Phan thuộc huyện Hàm Tân (Bình Thuận).
Theo cáo trạng, do có mâu thuẫn từ trước, vào đêm 25-11-2001, Thọ tổ chức cho Sửu, Tuấn, Anh, Nam, Ký, Trị và Lê Tấn Phước mang theo một mã tấu, ba cây rựa, một đèn pin đến quán Ngọc Huệ ở xã Tân nghĩa để chém anh Lê Văn Tuyền. Anh Tuyền chạy thoát, bọn chúng đã đuổi theo và chém anh Nguyễn Minh Dũng, SN 1977, quê quận Thủ Đức (TP Hồ Chí Minh) gây thương tích cho anh Dũng với tỷ lệ thương tật 31%, để lại cố tật.
Cũng do có mâu thuẫn với anh Nguyễn Ngọc Thơ, SN 1964 cùng ở Tân nghĩa, chiều 9-4-2004, Thọ đã chỉ đạo cho Nguyễn Ly cùng tên Cường (chưa rõ lai lịch, đã bỏ trốn) dùng đoạn cây gỗ và búa đến quán cà phê Mỹ Tâm ở xã Sông Phan đánh anh Thơ bị thương với tỷ lệ thương tật 14,64%. Trước đó, vào năm 1995, Thọ cùng Tri đã mua của Taâ Chân Tâm một khẩu súng dài quân dụng để săn bắn.
Trong hai lần cố ý gây thương tích đều có đông người tham gia, tổ chức thành băng nhóm, có kế hoạch phạm tội và đối phó với các cơ quan bảo vệ pháp luật. Ở đây, Nguyễn Công Thọ là kẻ tổ chức, cầm đầu và trực tiếp phân công cho đồng bọn thực hiện tội phạm.
Trước Tòa, cả tám bị cáo đều nhận tội. Sau thời gian thẩm vấn và tranh luận, thay mặt Hội đồng xét xử, Thẩm phán Trần Thị Ánh Tuyết, Chủ tọa phiên tòa, đã tuyên phạt tù tám bị cáo. Theo đó, Nguyễn Công Thọ và Trần Vĩnh Trị bị xử phạt 12 năm và 5 năm tù về tội "Cố ý gây thương tích"; cùng một năm tù về tội "Tàng trữ, sử dụng, mua bán trái phép vũ khí quân dụng".
Tổng hợp hình phạt, Thọ lĩnh án 13 năm tù và Trị sáu năm tù. Sáu bị cáo còn lại đều bị xử phạt tù về tội "Cố ý gây thương tích", mức án cụ thể cho từng bị cáo như sau: Hoàng Văn Sửu, 11 năm, Nguyễn Thanh Tuấn, tám năm; Nguyễn Thành Anh, Nguyễn Quốc Nam và Trần Nhật Ký cùng bị phạt sáu năm tù; Nguyễn Ly, ba năm tù. Tòa cũng tuyên buộc các bị cáo liên đới chịu trách nhiệm bồi thường chi phí điều trị thương tích cho anh Nguyễn Minh Dũng 27.449.000 đồng và cho anh Nguyễn Ngọc Thơ 29.790.000 đồng.