Đây là bước "cải cách" khá quan trọng có nhiều sửa đổi căn bản trên lĩnh vực phí, lệ phí hải quan theo hướng linh hoạt và thông thoáng, tạo thuận lợi tối đa cho hoạt động xuất nhập khẩu của các doanh nghiệp.
Theo Quyết định 64/2005/QĐ-BTC đang có hiệu lực thì phí, lệ phí trong lĩnh vực hải quan bao gồm hai loại: Phí lưu kho mang tính chất kinh doanh dịch vụ và loại phí, lệ phí liên quan đến công tác quản lý Nhà nước về hải quan. Việc sửa đổi sẽ theo hướng tách riêng khoản thu phí lưu kho hải quan (quy định bằng một quyết định), một quyết định khác quy định rõ về các khoản phí, lệ phí liên quan đến công việc quản lý Nhà nước về hải quan, bao gồm: Lệ phí làm thú tục hải quan; lệ phí áp tải hải quan; lệ phí hàng hóa, hành lý, phương tiện vận tải quá cảnh Việt Nam và phí niêm phong, kẹp chì hải quan.
Khi quy định mới được thực hiện thì mức thu các khoản phí, lệ phí hải quan được thu theo từng lần làm thủ tục xuất nhập khẩu, được điều chỉnh thu gọn theo hàng không phân biệt theo khối lượng, trọng lượng và từng loại hàng hóa (hàng hóa thông thường, hàng đựng trong container, hàng là ô-tô, xe máy), không phân biệt theo phương tiện vận chuyển (chở bằng ô-tô, tàu thủy, tàu hỏa...) như trước, với mức thu chi tính đủ bù đắp chi phí để đảm bảo phù hợp với Điều VIII của hiệp định GATT mà chúng ta đã ký kết.
Sở dĩ chúng ta khẩn trương sủa đổi vấn đề này vì quy định hiện hành về phí, lệ phí hải quan đã bộc lộ nhiều bất cập. Cụ thể là việc thu phí hải quan phụ thuộc vào lượng hàng hóa nhập khẩu chứ không phụ thuộc vào chi phí hải quan bỏ ra. Thí dụ: nếu nhập khẩu lô hàng khối lượng một tấn thì mức thu khác nhưng lô hàng hơn một tấn cho đến 100 tấn thì mức thu lại được tính luỹ tiến theo quy định. Hoặc hai tấn đá granit nhân tạo xuất khẩu thì mức thu phí phải khác so với một tấn bông...
Theo bà Đặng Thị An Bình - Phó Tổng cục trưởng thì Tổng cục Hải quan đang ráo riết rà soát những bất hợp lý, bỏ bớt những vướng mắc gây phiền hà cho doanh nghiệp trong quá trình tham gia xuất nhập khẩu nhằm bảo đảm thông thoáng linh hoạt trong hoạt động hải quan.
Về nhận thức, bây giờ chúng ta không coi thu phí hải quan là khoản thu nộp ngân sách nữa, mà phải hiểu và thực hiện đứng nghĩa phí hải quan để bù đắp cho chi phí hải quan. Một điều quan trọng mà Tổng cục Hải quan đang đề nghị sửa đổi theo nguyên tắc không phân biệt giữa hàng nhập với hàng xuất; cách tính mức thu phí trước đây theo đơn vị khối lượng phải thay bằng cách thu trên đầu tờ khai, tức mỗi lần mở tờ khai hải quan là thu một mức, không phân biệt chở bằng phương tiện gì.
Chung quanh vấn đề phí, lệ phí này còn nhiều ý kiến đóng góp khác theo hướng tích cực. Tổng cục Thuế cho rằng, nếu gộp chung tất cả các loại ô-tô, xe máy, máy điều hòa, máy tính... từ điểm 1 đến điểm 7 biểu phí lưu kho hải quan tại Quyết định số 64/QĐ-BTC vào một loại là hàng hóa, hành lý (tính theo m3) thì mức thu sẽ tăng rất cao so với mức thu cũ do thể tích của các loại hàng này cồng kềnh.
Vì thế, cần báo cáo, nghiên cứu kỹ trước khi quyết định vì điều này ảnh hưởng không nhỏ tới chi phí đầu vào của các doanh nghiệp xuất nhập khẩu. Trường hợp nếu không gộp chung thì phải quy định chi tiết tránh hiểu lầm khi thực hiện thu nộp.
Còn có ý kiến nêu, đối với phí lưu kho hải quan - vấn đề lâu nay các doanh nghiệp tham gia xuất nhập khẩu va vấp nhiều, bản chất không phải là phí của Nhà nước, mà là giá dịch vụ cho thuê kho hải quan. Vì vậy, đề nghị trình Bộ Tài chính giao cho Tổng cục Hải quan có quy định cụ thể, linh hoạt cho phù hợp với giá lưu kho của các kho tư nhân trên cùng địa bàn ở cùng thời điểm.
Cho dù còn có nhiều ý kiến, nhưng tinh thần của việc sửa đổi này là "cách mạng" tất cả những bất cập, bất hợp lý trong lĩnh vực phí, lệ phí hải quan từng bước tiếp cận với chuẩn mực quốc tế, tạo mọi thuận lợi, thông thoáng trong hoạt động xuất nhập khẩu, cho mọi doanh nghiệp trong và ngoài nước.
