Trong khi đó, công tác quản lý thì chưa theo kịp, hiện chưa có văn bản nào mang tính đồng bộ, thống nhất để quản lý tất cả các vấn đề liên quan đến TTBYT. Một số vấn đề chưa có quy định để quản lý là: thử nghiệm lâm sàng; lưu hành; truy xuất nguồn gốc, xuất xứ; kiểm định TTBYT... Đáng chú ý, hiện nay việc quản lý cấp giấy phép nhập khẩu chỉ thực hiện đối với 50 chủng loại TTBYT nhưng trên thực tế thì số lượng chủng loại TTBYT lớn hơn số đang quản lý rất nhiều.
Việc quản lý TTBYT nhập khẩu cũng chưa đáp ứng các yêu cầu về quản lý chất lượng đối với sản phẩm hàng hóa nhập khẩu cũng như các quy định hội nhập khu vực và thế giới. Nhiều quy định về quản lý TTBYT hiện hành chưa đáp ứng đầy đủ các yêu cầu và thông lệ quốc tế. Hầu hết TTBYT đang sử dụng tại các cơ sở y tế chưa được định kỳ kiểm chuẩn, bảo dưỡng và sửa chữa… Trong khi đó, các doanh nghiệp sản xuất TTBYT trong nước còn ít, chủng loại sản xuất còn nghèo nàn, chất lượng chưa cao; hệ thống kinh doanh, xuất nhập khẩu chưa hoàn chỉnh, thiếu vốn, thiếu thông tin, thiếu cán bộ có trình độ chuyên môn sâu về kỹ thuật về TTBYT.
Do những đặc thù cũng như cơ chế quản lý thực tế hiện nay, nhiều chuyên gia cho rằng việc quản lý TTBYT cần vừa phù hợp thực tế vừa đáp ứng được yêu cầu hội nhập quốc tế. TTBYT phải được quản lý chặt chẽ theo chu trình vòng đời của sản phẩm, từ giai đoạn sản xuất, thử nghiệm, lưu thông trên thị trường đến quá trình sử dụng và bảo hành, bảo dưỡng. Để đạt được mục tiêu đó, cần có văn bản quy định cụ thể về quản lý TTBYT để tạo hành lang pháp lý. Ở đó, nguyên tắc quản lý TTBYT là luôn xác định được một chủ thể chịu trách nhiệm về chất lượng của TTBYT trong quá trình lưu thông trên thị trường. TTBYT cần có số lưu hành để quản lý và truy xuất được nguồn gốc, được công khai hồ sơ kỹ thuật. Đồng thời quy định rõ, trong quá trình sử dụng, TTBYT cần được kiểm định, hiệu chuẩn định kỳ.
Một vấn đề liên quan đến TTBYT cũng cần được quan tâm, đó là nâng cao hiệu quả khai thác, sử dụng TTBYT vì qua khảo sát và báo cáo của Hội Thiết bị y tế Việt Nam cho thấy hiệu quả khai thác, sử dụng thấp dần từ tuyến trung ương xuống tuyến tỉnh, thành phố và tuyến huyện. Tại một số địa phương xảy ra tình trạng mua TTBYT về, nhưng không phát huy được hiệu quả, thậm chí “đắp chiếu” để đó. Để khai thác, sử dụng hiệu quả TTBYT, góp phần nâng cao chất lượng các dịch vụ y tế, cần tăng cường đào tạo, bồi dưỡng đội ngũ nhân lực khai thác, sử dụng TTBYT; phát triển dịch vụ bảo dưỡng, sửa chữa TTBYT (có thể thí điểm thành lập một vài trung tâm bảo dưỡng, sửa chữa TTBYT tại một số tỉnh hoặc một số vùng); đẩy mạnh công tác kiểm chuẩn TTBYT, không chỉ tại các đơn vị hiện có mà còn có thể mở rộng hơn, kể cả có sự tham gia của các đơn vị ngoài công lập. Hoạt động tư vấn cần được chú trọng hơn để giúp chủ đầu tư mua những TTBYT “trúng” và “đúng” yêu cầu.
Những năm qua bằng các nguồn vốn, rất nhiều TTBYT được đầu tư mua sắm cho các cơ sở điều trị, dự phòng, nghiên cứu khoa học và đào tạo. Đã đến lúc cần tổng kiểm kê về số lượng và đánh giá chất lượng TTBYT tại các cơ sở y tế để điều hòa, lồng ghép các dự án đầu tư một cách khoa học và kinh tế.