Cục Chăn nuôi (Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn) cho biết, hiện nay cả nước có khoảng 27 nghìn cơ sở giết mổ động vật nhỏ lẻ, tập trung chủ yếu ở một số địa phương phía bắc. Tại các cơ sở giết mổ này, tỷ lệ kiểm soát dịch bệnh, an toàn thực phẩm ở mức thấp (5%), hoặc không kiểm soát được (không có đăng ký kinh doanh), không truy xuất được nguồn gốc đối với sản phẩm chăn nuôi và còn gây ra các vấn đề về ô nhiễm môi trường. Theo Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Hà Nội, trên địa bàn hiện có 749 cơ sở, điểm, hộ giết mổ gia súc, gia cầm (61 cơ sở giết mổ trâu, bò; 220 cơ sở giết mổ lợn; 456 cơ sở giết mổ gia cầm; 12 cơ sở giết mổ động vật khác). Với số dân khoảng 10 triệu người, nhu cầu tiêu thụ thịt gia súc, gia cầm mỗi ngày ở thành phố là rất lớn. Lượng thịt gia súc, gia cầm hằng ngày được cung cấp từ các cơ sở giết mổ được kiểm soát chỉ đáp ứng khoảng 60% nhu cầu; 40% còn lại được giết mổ tại các hộ, điểm giết mổ nhỏ lẻ, nguồn thịt nhập khẩu và từ ngoại tỉnh nhập vào thành phố. Chi cục trưởng Chi cục Chăn nuôi và Thú y Hà Nội Nguyễn Ngọc Sơn cho biết, công việc kiểm soát giết mổ chủ yếu từ 11 giờ đêm hôm trước đến 6 giờ sáng hôm sau, nhiều điểm giết mổ nằm phân tán trên địa bàn rộng, cho nên việc đi lại khó khăn. Các chủ hộ giết mổ tự phát khá “rắn mặt” khiến cán bộ thú y khó tiếp cận. Tại các chợ “cóc”, chợ tạm trong thành phố còn nhiều điểm giết mổ gia súc, gia cầm nhỏ lẻ mất vệ sinh, nhất là giết mổ gia cầm. Mỗi điểm thường có một nồi nước sôi dùng cả ngày cho hàng trăm con gà, vịt, ngan và một vài chiếc chậu cáu bẩn để làm lông. Chung quanh khu vực nhốt gia cầm, phân và nước thải lênh láng, bốc mùi hôi thối. Như điểm giết mổ gia cầm của chị Lê Thị Hồng (quê Hưng Yên) ở chợ tạm gần chợ Long Biên (Hà Nội) mỗi ngày giết mổ trung bình hơn 60 con gia cầm cho khách. Chị Hồng chia sẻ, tôi mua gà, ngan, vịt của người chăn nuôi để bán và làm thịt cho người mua. Làm nghề này nhiều năm vì miếng cơm, manh áo chứ lúc nào tôi cũng lo bị nhiễm dịch bệnh, nhất là khi dịch cúm gia cầm đã xuất hiện ở một số tỉnh, thành phố từ đầu năm đến nay. Không chỉ ở Hà Nội, nhiều địa phương khác cũng lâm vào tình trạng tương tự. Tại chợ “cóc” ở các huyện: Lạng Giang (Bắc Giang), Giao Thủy (Nam Định), Hương Khê, Vũ Quang (Hà Tĩnh) vẫn xuất hiện nhiều điểm giết mổ gia cầm nhỏ lẻ, mất vệ sinh. Bên cạnh đó, do một số nơi buông lỏng công tác quản lý các cơ sở giết, mổ nhỏ, lẻ (CSGMNL) không phép, dẫn đến các cơ sở giết mổ tập trung được đầu tư bài bản không cạnh tranh được, khó duy trì hoạt động như ở các tỉnh: Gia Lai, Yên Bái, Thái Nguyên...
Nhiều ý kiến cho rằng, công tác quản lý các CSGMNL dường như đang nằm ngoài tầm kiểm soát của các cơ quan chức năng bởi lực lượng thú y quá “mỏng” mà các điểm giết mổ này lại quá nhiều. Tình trạng bảo đảm VSATTP, kiểm dịch đối với sản phẩm chăn nuôi còn nhiều hạn chế. Thêm vào đó, việc chậm trễ xây dựng các cơ sở giết mổ tập trung, vị trí cơ sở giết mổ không thuận tiện giao thông, cách thức tổ chức phân phối sản phẩm sau giết mổ chưa hợp lý, cũng như thói quen tiêu dùng thịt nóng của người dân được xem là những nguyên nhân để các CSGMNL có đất sống. Chính quyền ở một số nơi còn lơ là trong việc xử lý nghiêm các điểm giết mổ chui; chưa thật sự quan tâm công tác quản lý giết mổ và triển khai thực hiện quy hoạch giết mổ trên địa bàn quản lý; chưa có cơ chế, chính sách phù hợp thu hút các doanh nghiệp đầu tư vào lĩnh vực giết mổ. Bên cạnh đó, việc xử lý vi phạm về kiểm dịch, kiểm soát giết mổ, kiểm tra vệ sinh thú y, VSATTP của các cấp, ngành chức năng chưa triệt để, chế tài chưa đủ mạnh để răn đe. Ngoài ra, các hộ giết mổ chưa nhận thức đúng về vệ sinh thú y, VSATTP mà chỉ chạy theo lợi ích trước mắt để kiếm lời, chưa ủng hộ việc đưa động vật vào giết mổ tập trung. Số lượng chợ đầu mối buôn bán sản phẩm gia súc, gia cầm chưa đáp ứng nhu cầu, cho nên hiện tượng buôn bán, kinh doanh sản phẩm động vật ở các chợ “cóc”, chợ tạm phục vụ đời sống dân sinh vẫn diễn ra thường xuyên, lại được vận chuyển bằng xe máy cho nên không bảo đảm các điều kiện vệ sinh thú y...
Theo các chuyên gia trong ngành chăn nuôi và thú y, để khắc phục những bất cập nêu trên, các tỉnh, thành phố cần tổ chức hệ thống giết mổ và chế biến gia súc, gia cầm theo hướng tập trung, công nghiệp gắn với vùng chăn nuôi hàng hóa, bảo đảm yêu cầu về vệ sinh thú y, an toàn thực phẩm, bảo vệ môi trường và đối xử nhân đạo với vật nuôi. Lực lượng liên ngành (nông nghiệp, công an, quản lý thị trường, y tế), UBND các huyện, thị xã, thành phố..., cần vào cuộc quyết liệt hơn nữa. Nếu kiểm tra các “lò mổ chui” không đủ điều kiện vệ sinh thú y, chưa có giấy phép thì kiên quyết đề xuất chính quyền địa phương buộc dừng hoạt động; đồng thời triển khai tiếp kế hoạch, vận động đưa các điểm, hộ, CSGMNL vào giết mổ tại các cơ sở giết mổ tập trung trên địa bàn. Tiếp tục xây dựng chuỗi liên kết giữa các cơ sở giết mổ với hộ chăn nuôi quy mô lớn để tạo liên kết từ chăn nuôi - giết mổ - tiêu thụ sản phẩm. Nâng cao nhận thức của cộng đồng, tổ chức, cá nhân hoạt động trong lĩnh vực giết mổ. Khuyến khích phát triển công nghiệp chế biến, chế biến sâu các sản phẩm chăn nuôi nhằm đa dạng hóa và nâng cao giá trị sản phẩm phù hợp nhu cầu của thị trường tiêu thụ trong nước và xuất khẩu.