HĐXX đã tuyên phạt bị cáo Nguyễn Minh, SN 1958, Chủ tịch HĐQT, kiêm Giám đốc Công ty Cảng Vũng Rô 13 năm tù; Ngô Minh Dũng, SN 1968, Kế toán trưởng Công ty Cảng Vũng Rô 5 năm 6 tháng tù; Nguyễn Trần Phong, SN 1965, Phó Giám đốc Chi nhánh Công ty Cảng Vũng Rô tại TP Hồ Chí Minh 6 năm tù; Huỳnh Thanh, SN 1952, Phó Phòng Kế toán Chi nhánh Công ty Cảng Vũng Rô tại thành phố Hồ Chí Minh 6 năm tù, Nguyễn Vũ Thùy Trang, SN 1972, Nhân viên văn thư kiêm thủ quỹ Chi nhánh Công ty Cảng Vũng Rô tại TP Hồ Chí Minh 5 năm tù; Triệu Vũ Khiêm, SN 1977, Giám đốc Công ty Đại Lộc 5 năm tù, Phạm Nhiêm, SN 1959, Kế toán trưởng Công ty Đại Lộc 5 năm tù và Hồ Thị Hằng, SN 1977, Thủ quỹ Công ty Đại Lộc 5 năm tù.
Ngoài ra các bị cáo phải bồi thường thiệt hại cho Công ty Cảng Vũng Rô với số tiền hơn 37,4 tỷ đồng, trong đó bị cáo Nguyễn Minh chịu mức bồi thường là 95%.
Liên quan vụ án này còn có 11 người khác bị xử lý vi phạm hành chính vì không thực hiện đúng nguyên tắc trong quản lý kinh tế tài chính; thiếu kiểm tra giám sát nợ công; vi phạm việc rút séc tiền mặt…