Theo quy hoạch, ngoài các dự án thủy điện nhỏ, Thừa Thiên - Huế có năm công trình thủy điện chính là A Lưới, Hương Ðiền, Bình Ðiền, A Lin B1 và Tả Trạch với tổng công suất 360 MW, chiếm tỷ lệ 80%. Trong đó, công trình Tả Trạch vừa là công trình thủy lợi, nhiệm vụ chính là phòng, chống lũ, lụt và cấp nước cho hạ lưu, vừa kết hợp phát điện, còn lại đều có nhiệm vụ chính là phát điện thương mại. Ðến nay, tỉnh Thừa Thiên - Huế đã cấp giấy chứng nhận đầu tư cho mười dự án phát triển thủy điện; trong đó có bốn dự án được triển khai, gồm: thủy điện Bình Ðiền 44 MW, thủy điện Hương Ðiền 81 MW, thủy điện A Lưới 170 MW và thủy điện A Lin B1 40 MW. Dự án thủy điện Bình Ðiền đưa vào hoạt động từ cuối năm 2009. Dự án thủy điện Hương Ðiền đã phát tổ máy số 1 là 27MW vào tháng 10-2010; hai tổ máy còn lại phát điện vào cuối quý IV-2010 và đầu quý I-2011. Dự án thủy điện A Lưới 170 MW, hoàn thành khoảng 70% công việc; dự kiến tích nước vào quý IV-2011, phát điện năm 2012. Dự án thủy điện A Lin B1 40MW, do Công ty cổ phần thủy điện Trường Phú làm chủ đầu tư đang thực hiện xây dựng các hạng mục, dự kiến hoàn thành trong giai đoạn từ 2012-2013.
Bên cạnh mặt tích cực, vẫn còn những hệ lụy kéo theo cần phải khắc phục. Thực tế, ngoài công trình đầu mối, các hồ chứa nước đều được xây dựng trên một lưu vực rộng khoảng vài trăm ha/hồ. Trong đó, chỉ tính riêng hồ Truồi, một công trình thủy lợi của Thừa Thiên - Huế có diện tích lưu vực 360 ha ngập nước, đồng nghĩa với chừng ấy diện tích rừng bị ngập và hư hại theo. Nếu tính trọn gói cả 21 dự án thủy điện, thì số diện tích rừng ở Thừa Thiên - Huế bị mất, lên tới hàng nghìn ha. Tại hội thảo khoa học 'Ðánh giá tác động và đề xuất giải pháp tăng cường quản lý, khai thác hiệu quả các hồ chứa nước ở Bắc Trung Bộ' mới đây do Hội Bảo vệ thiên nhiên và Môi trường Việt Nam (VACNE) phối hợp Viện Tài nguyên môi trường và Công nghệ sinh học - Ðại học Huế tổ chức tại TP Huế, thì hiệu quả cắt giảm lũ của các công trình thủy điện là rất thấp hoặc không rõ ràng. Hội Bảo vệ thiên nhiên và Môi trường Việt Nam khuyến nghị, cần khẩn trương xây dựng quy trình vận hành liên hồ chứa trên lưu vực sông Hương - sông Bồ. Bởi lẽ, bên cạnh những lợi ích hiển nhiên do khai thác, sử dụng tài nguyên nước các hồ chứa mang lại, thực tế cho thấy do còn nhiều bất cập trong quy hoạch phát triển, xây dựng, quản lý, bảo vệ, khai thác hồ chứa, việc phát triển 'nóng' và xây dựng thiếu quy hoạch thống nhất các hồ chứa nước phục vụ các nhà máy thủy lợi và nhất là các hồ chứa nước của các thành phần kinh tế đang gây ra tình trạng hủy hoại nghiêm trọng tài nguyên đất, rừng đầu nguồn, khoáng sản, đa dạng sinh học và nhiều tài nguyên thiên nhiên khác. Theo đó, việc lập quy trình vận hành hồ chứa nước ngoài quy trình vận hành của từng hồ chứa riêng biệt, cần sớm xây dựng và thực hiện quy trình vận hành liên hồ trên địa bàn để vận hành và quản lý một cách tổng thể, khoa học và hiệu quả hơn...
Không riêng gì rừng đầu nguồn, mà một số vấn đề khác cũng cần được quan tâm là: Sau khi các công trình thủy điện tích nước, hạ lưu các con sông mất đi nguồn cát sỏi trong xây dựng, bởi các hồ chứa nước trở thành bể lắng. Theo lẽ tự nhiên từ trước đến nay, nguồn cung cấp cát sỏi trên các con sông ở Thừa Thiên - Huế luôn được bồi đắp sau các mùa lũ, ước tính mỗi năm có khoảng từ 1,3 triệu m3 đến 1,7 triệu m3 do mưa lũ trôi về bổ sung vào lòng sông. Tuy nhiên, từ năm 2010 trở đi, khi các dự án thủy điện, thủy lợi đã xây dựng xong và đi vào hoạt động thì lượng cát sỏi từ thượng nguồn bổ sung về hạ nguồn các con sông sẽ không còn, chính đây là nguyên nhân gây nên tình trạng thiếu cát xây dựng trầm trọng. Ðối với môi trường tự nhiên của các con sông, sau khi các công trình về phía thượng nguồn như: hồ Tả Trạch và các hồ đập thủy điện, cũng như đập ngăn mặn Thảo Long (phía hạ nguồn con sông) đi vào hoạt động thì quá trình trao đổi nước giữa sông và biển bị hạn chế làm giảm đáng kể các loại động, thực vật thủy sinh. Trên sông Hương, theo một nghiên cứu mới đây nhất cho thấy: Các nhóm sống trôi nổi trên mặt nước (bèo) và sống chìm (rong) đã phát triển mạnh cả về quần thể và vùng phân bố. Bên cạnh đó, nhóm sống chìm (rong) gồm các loài rong cám, rong tóc tiên và rong mái chèo phát triển thành những thảm lớn và dày ở ven bờ. Sự bùng phát thực vật thủy sinh ở sông Hương đã làm giảm đi phần nào tính thẩm mỹ và cảnh quan của sông Hương. Theo các nghiên cứu về tác động của các dự án thủy điện, thì việc sử dụng nước của thủy điện làm biến đổi rất nhiều chất lượng nước trong thời gian đầu tích nước vào lòng hồ do quá trình phân hủy thực vật trong lòng hồ. Quá trình này làm ảnh hưởng rất lớn đến nguồn nước phục vụ sản xuất và sinh hoạt của nhân dân vùng hạ lưu các con sông.
Ở một khía cạnh khác, nghiên cứu việc sử dụng nước của thủy điện cho thấy làm biến đổi rất nhiều chất lượng nước trong thời gian đầu tích nước vào lòng hồ do quá trình phân hủy thực vật trong lòng hồ. Quá trình này làm ảnh hưởng rất lớn đến nguồn nước phục vụ sản xuất và sinh hoạt của nhân dân vùng hạ lưu các con sông. Giám đốc Công ty Cấp nước Thừa Thiên - Huế, Trương Công Nam cho biết: Kết quả quan trắc của đơn vị cho thấy, hàm lượng các kim loại như sắt, măng-gan trong nước sông Hương đoạn sau đập Bình Ðiền qua TP Huế tăng lên đáng kể. Tuy hàm lượng của các kim loại nặng này đang nằm trong giới hạn cho phép, nhưng khi có thêm các hồ chứa Tả Trạch, hồ thủy điện Hương Ðiền, thủy điện A Lưới đi vào vận hành thì đây là vấn đề cần phải được lưu tâm. Về chất lượng nước sông Hương theo kết quả của các đơn vị nghiên cứu như Viện Tài nguyên sinh học, Ban Quản lý dự án sông Hương cho thấy, chất lượng nước sông Hương cũng đang có xu hướng giảm, nguy cơ ô nhiễm nguồn nước ngày càng tăng nhất là vào các tháng mùa khô và đặt ra rất nhiều vấn đề liên quan khác về an toàn của các hồ chứa nước tác động đến môi trường. Trong khi đó, việc thu dọn lòng hồ trước khi tích nước chưa được chủ đầu tư các dự án thủy điện nói trên thực hiện nghiêm túc và chưa được kiểm soát chặt chẽ, gây ô nhiễm nguồn nước không chỉ cho lòng hồ mà cả phía hạ lưu các con sông. Mặt khác, các dự án thủy điện đều chặn dòng vào mùa khô, dễ làm cho vùng hạ lưu bị thiếu nước. Ðiển hình là thủy điện Hương Ðiền do tích nước sớm trong tháng 12-2009, cho nên ở hạ du đã xảy ra tình trạng thiếu nước nghiêm trọng, ảnh hưởng đến sản xuất nông nghiệp trong năm 2010 cho hạ lưu sông Bồ. Sau khi các dự án thủy điện được chặn dòng, sự thay đổi chế độ dòng chảy hạ lưu còn làm tăng tốc độ bồi lắng trên các con sông cũng đang là vấn đề nan giải hiện nay cần được khắc phục...
