Kết quả thanh tra cho thấy, Vinataba Thăng Long chưa nộp số tiền hơn 58 tỷ đồng là phần lợi nhuận được chia theo vốn của Tổng công ty Vinataba về Quỹ hỗ trợ sắp xếp doanh nghiệp do Tổng công ty Vinataba quản lý theo quy định. Vinataba Thăng Long có sai phạm trong việc chuyển đổi mục đích sử dụng đất tại số 235 Nguyễn Trãi, Hà Nội và việc thực hiện dự án đầu tư xây dựng chung cư, dịch vụ thương mại tại số 3 Nguyễn Huy Tưởng, Hà Nội. Cụ thể, Vinataba Thăng Long chưa thực hiện di dời Nhà máy, cơ sở độc hại khỏi nội đô theo ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ để dự án chậm tiến độ; không chuyển đổi mục đích sử dụng đất tại số 235 Nguyễn Trãi để đầu tư dự án, không tổ chức đấu giá theo quy định mà ký hợp đồng hợp tác đầu tư với năm công ty cổ phần để xây dựng Tổ hợp văn phòng, trung tâm thương mại và nhà ở. Đối với dự án đầu tư xây dựng chung cư tại số 3 Nguyễn Huy Tưởng, Vinataba Thăng Long không chuyển đổi mục đích sử dụng đất, không tổ chức đấu giá hoặc đấu thầu để lựa chọn nhà đầu tư, trái với quy định của pháp luật.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Công thương, các cơ quan liên quan chỉ đạo, xử lý sai phạm phát hiện qua thanh tra. Đồng thời, yêu cầu Vinataba Thăng Long nộp số tiền hơn 58 tỷ đồng về Quỹ hỗ trợ sắp xếp doanh nghiệp hợp lý theo quy định.