Nguyên nhân chủ yếu là do nguyên liệu không bảo đảm chất lượng; quá trình chế biến, bảo quản không đúng quy trình... dẫn tới thức ăn bị ôi, mốc, thậm chí có giòi. Những học sinh bị ngộ độc thực phẩm thường có các biểu hiện buồn nôn, nôn, đau bụng, đi ngoài, đau đầu, chóng mặt... Để xảy ra ngộ độc thực phẩm trong trường học và khu vực ngoài trường học là do chính quyền địa phương và ban giám hiệu các trường học chưa nêu cao tinh thần trách nhiệm; chưa thường xuyên kiểm tra, giám sát quy trình sơ chế, chế biến thức ăn. Nhiều nơi chưa quản lý tốt an toàn thực phẩm.
Thực tế hiện nay, tùy theo điều kiện các trường học có nhiều cách tổ chức bếp ăn cho học sinh. Phổ biến nhất là các trường tự tổ chức bếp ăn tập thể, tự mua thực phẩm, thuê người nấu. Hình thức thứ hai là trường ký hợp đồng với cơ sở kinh doanh dịch vụ ăn uống nấu ăn tại trường. Hình thức thứ ba ít phổ biến hơn là trường học ký hợp đồng với các công ty suất ăn công nghiệp để cung cấp bữa ăn cho học sinh. Mặc dù ngành giáo dục và đào tạo cùng ngành y tế đã có một số giải pháp nhằm bảo đảm an toàn thực phẩm, nhưng năm 2017, số vụ ngộ độc thực phẩm, số học sinh bị nhập viện vẫn tiếp tục tăng.
Để tăng cường công tác bảo đảm an toàn thực phẩm, các trường học cần lựa chọn đơn vị cung cấp thực phẩm uy tín; kiểm soát chặt chẽ nguồn gốc, chất lượng, định lượng thực phẩm đầu vào (thực hiện chế độ kiểm tra ba bước để bảo đảm khẩu phần ăn cho trẻ không bị bớt xén, dẫn tới việc cung cấp thực phẩm chạy theo giá rẻ, không bảo đảm chất lượng); giao cán bộ y tế trường học giám sát hằng ngày đối với quá trình nhập, chế biến thức ăn; phối hợp ban đại diện cha, mẹ học sinh kiểm soát thường xuyên bữa ăn của học sinh. Nguồn nguyên liệu có chất lượng tốt, sơ chế, chế biến, bảo quản đúng cách, đúng quy định sẽ giúp bữa ăn của học sinh bảo đảm an toàn, hạn chế đến mức thấp nhất ngộ độc thực phẩm. Đối với những cửa hàng, hàng rong bán đồ ăn, uống chung quanh trường học, cần sự vào cuộc tích cực của các lực lượng y tế, công an để khắc phục tình trạng ngộ độc thực phẩm cho học sinh.
Sức khỏe, thậm chí cả tính mạng của trẻ, đòi hỏi tinh thần trách nhiệm của các trường, cần sự phối hợp của các cơ quan quản lý, người sản xuất, cung ứng thực phẩm và ban đại diện cha, mẹ học sinh. Các cơ sở giáo dục cần tăng cường hơn nữa công tác tuyên truyền để học sinh biết cách phân biệt, lựa chọn thực phẩm sạch, thực phẩm an toàn; đầu tư cải tạo, nâng cấp cơ sở hạ tầng, bổ sung trang, thiết bị chế biến, bảo quản thực phẩm đối với bếp ăn tập thể, căng-tin trong trường học.