Theo công bố của Kiểm toán Nhà nước, tổng mức đầu tư được duyệt cho cả giai đoạn là 3.836,085 tỷ đồng, với dự toán ngân sách trung ương cấp cho đề án là 1.000 tỷ đồng, phần còn lại là ngân sách của các bộ, ngành, địa phương.
Tính đến thời điểm công bố kết quả kiểm toán, tổng kinh phí được cấp phát từ ngân sách là 1.534,325 tỷ đồng và đã chi hết 1.159,636 tỷ đồng.
Về tình hình chấp hành chế độ quản lý đầu tư, mua sắm và quản lý tài sản thuộc đề án, báo cáo cho biết còn nhiều thiếu sót và sai phạm, dẫn đến đề án không đạt được mục tiêu đề ra cho giai đoạn2001-2005, thậm chí năm 2006, Bộ Kế hoạch và Đầu tư phân bổ vốn đầu tư cho Ban điều hành đề án với mức là 150 tỷ đồng khi đề án còn chưa được đồng ý phê duyệt triển khai ở giai đoạn hai, vi phạm Luật Ngân sách Nhà nước.
Nhiều đơn vị nghiệm thu, thanh quyết toán hợp đồng không đúng quy định, thiếu hóa đơn tài chính vẫn được thanh toán. Nhiều bộ, ngành, địa phương tự tiện chỉ định thầu, duyệt kết quả đấu thầu trước khi phê duyệt dự án, không đấu giá, báo giá, chào hàng cạnh tranh, để nhà thầu cung cấp hàng hóa, dịch vụ sai nguồn gốc xuất xứ, chọn nhà thầu không đủ năng lực; chấp nhận cả hồ sơ thầu sau thời gian đóng thầu.
Hệ thống tích hợp dữ liệu ở hầu hết các tỉnh, thành phố, ngành chưa đáp ứng được yêu cầu chỉ đạo, lãnh đạo, điều hành quản lý hành chính và thúc đẩy cải cách hành chính như mục tiêu của đề án đề ra. Các phần mềm được đặt hàng viết chưa phù hợp với nội dung quản lý hành chính, do đó hiệu quả sử dụng còn rất thấp.
Trong giai đoạn thực hiện đề án tiếp theo, nếu không đánh giá, chỉnh sửa lại các phần mềm trên để đưa vào sử dụng, sẽ gây thất thoát và lãng phí lớn cho ngân sách. Nhiều địa phương xây dựng đề án ở quy mô lớn chỉ để tiếp cận và thu hút vốn từ ngân sách Trung ương.
Trong quá trình triển khai đề án, không có sự phối hợp, trao đổi cần thiết để liên kết, tích hợp, dẫn đến hiệu quả sử dụng thiết bị và công nghệ thấp, phầm mềm quản lý được đặt hàng không gắn kết với công tác cải cách hành chính, không được định hướng về chuẩn hóa thông tin giao dịch, chuẩn hóa quy chế và quy trình công tác, dẫn đến việc các phần mềm này không thể được triển khai trên diện rộng.
Kiểm toán Nhà nước cũng đề nghị thực hiện các kiến nghị nêu trong biên bản kiểm toán với các bộ, ngành, địa phương và ban điều hành Đề án 112 của Chính phủ, thu hồi, nộp trả ngân sách Trung ương kinh phí xây dựng cơ bản của ngân sách Trung ương chưa sử dụng, sử dụng sai chế độ, sử dụng chi vượt định mức.
Đề nghị Ban điều hành Đề án 112 của Bộ Giáo dục và Đào tạo đôn đốc nhà thầu hoàn thành và bàn giao phần mềm hoặc thu hồi lại số tiền đã chi là 444,5 triệu đồng nếu nhà thầu không thể thực hiện được hợp đồng đã ký. Ban điều hành Đề án 112 của các bộ, ngành và địa phương thu hồi nộp ngân sách Trung ương kinh phí xây dựng cơ bản của ngân sách trung ương chưa sử dụng là 22,452 tỷ đồng; Ban điều hành 112 Chính phủ thu hồi nộp ngân sách 2,3979 tỷ đồng nộp ngân sách Nhà nước vì các khoản chi này sai nguyên tắc, không thuộc nhiệm vụ chi và chi mà không có sản phẩm nghiệm thu, loại khỏi quyết toán các khoản chưa chi và chi trùng, tổng số 38,3438 tỷ đồng và thực hiện kiến nghị, kết luận của các cơ quan có thẩm quyền đối với các khoản chi trị giá 126,9797 tỷ đồng, đồng thời yêu cầu Ban chỉ đạo đề án kiểm điểm trách nhiệm cá nhân về những vi phạm, thiếu sót và tồn tại trong quá trình thực hiện đề án.
Thông qua kết quả kiểm toán, đề nghị Bộ Tài chính chỉ đạo, hướng dẫn, phối hợp Ban điều hành Đề án 112 của Chính phủ tổng kết, đánh giá chế độ tài chính áp dụng cho đề án này, ban hành văn bản áp dụng định mức và đơn giá cho các hoạt động của dự án. Kiểm toán Nhà nước cũng đề nghị Bộ Tài chính và Bộ Kế hoạch và Đầu tư kiểm điểm, xem xét trách nhiệm về quản lý nhà nước đối với Đề án 112, đề nghị Bộ Kế hoạch và Đầu tư phải tuân thủ Luật Ngân sách Nhà nước và Luật Xây dựng và các văn bản pháp luật có liên quan khi phân bổ vốn đầu tư.
Báo cáo kiểm toán được thực hiện ở 23 đơn vị mang tính đại diện, dựa trên kết quả đó để thực hiện việc kiểm toán cho các đơn vị còn lại, phát hiện những tồn tại để kịp thời chấn chỉnh. Lãnh đạo Kiểm toán Nhà nước cũng cho biết trong quá trình thực hiện nhiệm vụ các kiểm toán viên không chịu bất kỳ sức ép nào, làm việc độc lập, khách quan và không né tránh.
Tại thời điểm kiểm toán, Đề án 112 của Chính phủ chưa có báo cáo quyết toán và do vậy Kiểm toán Nhà nước chỉ kiểm toán báo cáo thực hiện, số kế toán, các chứng từ kế toán và các tài liệu liên quan do các đơn vị được kiểm toán cung cấp.
Kiểm toán Nhà nước không trực tiếp chứng kiến, đối chiếu, xác nhận các khoản công nợ, không giám sát việc kiểm kê, kiểm quỹ của đơn vị, không kiểm tra chất lượng thiết bị được mua sắm cũng như không đối chiếu, xác nhận với các đơn vị cung cấp tài sản, dịch vụ cho đề án và không chứng kiến khối lượng công việc nghiệm thu hoàn thành.
Tổng Kiểm toán Nhà nước Vương Đình Huệ cho biết, quan điểm của Kiểm toán Nhà nước là Đề án 112 nằm trong chương trình tổng thể về cải cách hành chính đến năm 2010. Việc triển khai đề án này là chủ trương đúng đắn và cần thiết. Đây cũng là dự án mang tính đặc thù, những yếu kém, vướng mắc và sai phạm chủ yếu nằm ở khâu chuẩn bị và điều hành đề án, nhiều mục tiêu của đề án đặt ra là quá tầm và vì chưa có kinh nghiệm tổ chức thực hiện nên kết quả thực hiện đề án chưa được như mong muốn. Ông cũng đề nghị báo chí cần đưa ra đánh giá công bằng đối với dự án. Sau nhiều năm triển khai, Đề án 112 đã đạt được một số kết quả khẳng định là: xây dựng được hệ thống hạ tầng công nghệ thông tin, đặc biệt là ở các địa phương miền núi còn nhiều khó khăn, phục vụ công tác quản lý điều hành cải cách hành chính, từng bước tạo được sự chuyển biến trong nhận thức của lãnh đạo và cán bộ, công chức về việc áp dụng tin học phục vụ công tác cải cách hành chính, v.v... Thông qua kiểm toán, kiến nghị những vấn đề còn bất cập để phát triển đồng bộ đề án và rút kinh nghiệm đối với những dự án diện rộng, cần có sự tham gia của những chuyên gia có đủ tầm, có cơ chế xây dựng và thẩm định dự án và cần thiết lấy ý kiến rộng rãi của các tầng lớp nhân dân đối với các dự án đó.
