Cùng với việc đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin trong cải cách thủ tục hành chính, phục vụ người dân, doanh nghiệp, Tổng cục Hải quan cũng đã tập trung triển khai các hoạt động để từng bước ứng dụng công nghệ thông tin một cách toàn diện vào tất cả các mặt công tác nghiệp vụ của ngành như: Giám sát quản lý về hải quan; Quản lý thu thuế xuất nhập khẩu; Về quản lý giá tính thuế; Về quản lý rủi ro; Kiểm tra sau thông quan và điều tra, chống buôn lậu, xử lý vi phạm...
Tổng cục Hải quan đã hoàn thành mục tiêu 5E (E-Declaration; E-Payment; E-C/O; E-Permit và E-Manifest) về ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý nhà nước về hải quan, xây dựng được một hệ thống công nghệ thông tin tập trung cấp Tổng cục phục vụ công tác giám sát hải quan tự động, chống ùn tắc hàng hóa tại biên giới...
Với những kết quả đạt được, năm 2019, Tổng cục Hải quan đã được Hội Truyền thông số Việt Nam (VDCA) trao Giải thưởng Cơ quan Nhà nước chuyển đổi số xuất sắc năm 2019.
Nhằm tiếp tục tạo thuận lợi cho người dân và doanh nghiệp, từ năm 2017, Tổng cục Hải quan đã tập trung nguồn lực triển khai Đề án nộp thuế điện tử và thông quan 24/7. Số thu ngân sách bằng phương thức điện tử đạt 98,4% tổng số thu ngân sách của Tổng cục Hải quan.
Trong những năm gần đây, Tổng cục Hải quan đã cung cấp 215/237 dịch vụ công trực tuyến mức độ 3, 4 (gần 91% tổng số thủ tục hành chính do cơ quan hải quan thực hiện), trong đó có 209 thủ tục hành chính được cung cấp dịch vụ công trực tuyến ở mức độ 4 (đạt tỷ lệ 88%), cho phép người dân, doanh nghiệp nộp hồ sơ và nhận kết quả trực tuyến thông qua mạng Internet. Tổng cục Hải quan đã hoàn thành tích hợp 98 dịch vụ công trực tuyến mức độ 4 lên Cổng Dịch vụ công quốc gia.
Việc triển khai Cơ chế một cửa quốc gia, Cơ chế một cửa ASEAN đã giúp giảm thiểu giấy tờ, rút ngắn thời gian, giảm chi phí thực hiện các thủ tục hành chính trong lĩnh vực xuất nhập khẩu, làm thay đổi căn bản phương thức quản lý, kiểm tra chuyên ngành; đồng thời đẩy mạnh phát triển Chính phủ điện tử, nâng cao chất lượng, hiệu quả hoạt động của các cơ quan nhà nước, phục vụ người dân và doanh nghiệp ngày càng tốt hơn.
Trong năm 2018, việc trao đổi chính thức thông tin e-C/O đã tiết kiệm 7,89 triệu đô-la Mỹ, trong đó tiết kiệm 2,95 triệu đô-la Mỹ đối với hàng nhập khẩu và 4,94 triệu đô-la Mỹ đối với hàng xuất khẩu.
Đến nay, Việt Nam đã thực hiện trao đổi Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O) mẫu D bản điện tử (e-C/O form D) với 09 nước ASEAN: Indonesia, Malaysia, Singapore, Thái Lan, Brunei, Campuchia, Myanmar, Lào, Phillipines. Đồng thời, Tổng cục Hải quan đang phối hợp với Ban thư ký ASEAN và các nước ASEAN để triển khai kết nối trao đổi tờ khai Hải quan ASEAN theo đúng kế hoạch, lộ trình chung của ASEAN.
Trong thời gian tới, ngành hải quan sẽ đẩy mạnh thực hiện nhiệm vụ quan trọng khác trong Kế hoạch chuyển đổi số. Cụ thể như: xây dựng cơ sở dữ liệu quốc gia về hải quan; phát triển các hệ thống nền tảng đáp ứng yêu cầu triển khai hệ thống kết nối, chia sẻ số ngành hải quan phục vụ kết nối, chia sẻ dữ liệu hệ thống thông tin nội ngành theo mô hình kết nối chia sẻ tập trung; xây dựng các dịch vụ nền tảng để triển khai chính phủ điện tử cơ quan hải quan và hoàn thiện nền tảng cung cấp dịch vụ công trực tuyến…
