Năm học 2006-2007 là năm đầu tiên triển khai đại trà phân ban THPT và theo chỉ đạo của Bộ, các địa phương đã lập phương án phân ban của từng trường THPT (những trường có điều kiện thì có đủ ba ban, nếu khó khăn thì có một trong hai ban khoa học tự nhiên hoặc khoa học xã hội và nhân văn cùng ban cơ bản, nơi chưa có điều kiện thì chỉ có ban cơ bản), công bố trước kỳ tuyển sinh.
Tại hội nghị này, Vụ Trung học phổ thông đã chỉ đạo, sau khi triệu tập học sinh trúng tuyển, căn cứ vào phương án đó, nhà trường hướng dẫn chọn ban và cho học sinh đăng ký ban (có thể là 2 nguyện vọng theo mức độ quan tâm). Các trường sẽ căn cứ kết quả tuyển sinh, sắp xếp học sinh vào từng ban. Nhưng Bộ cũng cho phép, khi cần, các trường có thể đề nghị điều chỉnh phương án cho phù hợp với thực tế.
Học sinh học theo ban cơ bản sẽ đăng ký tiếp nguyện vọng lựa chọn hình thức phân hóa (học 3, 2, 1 môn tự chọn nâng cao hoặc chỉ học các chủ đề tự chọn nâng cao, bám sát) để sắp xếp các loại lớp. Đây chính là vấn đề mà đại biểu của nhiều địa phương cho rằng khó thực hiện vì thiếu cơ sở vật chất, đội ngũ chưa đáp ứng được, cán bộ quản lý chưa có kinh nghiệm. Một vấn đề nữa mà nhiều địa phương phản ánh rằng chưa hợp lý là kế hoạch dạy học.
Theo hướng dẫn, ngoài số tiết quy định cho các môn là 30 tiết/tuần hoặc xấp xỉ 30 tiết, còn có hai hoạt động là hoạt động ngoài giờ lên lớp và hướng nghiệp với tổng số 7 tiết/tháng nên phải bố trí chéo buổi, rất khó khăn cho các trường đang học hai ca. Ngoài ra không còn quỹ thời gian để các trường bố trí sinh hoạt chuyên môn và họp hội đồng giáo dục.
Việc đưa tin học vào chính khóa cũng vấp phải sự thiếu thốn về giáo viên và cơ sở vật chất, nhất là máy tính. Các địa phương đều chưa có đội ngũ chuyên trách công tác hướng nghiệp, nếu mời chuyên gia thì không có kinh phí mà giáo viên môn khác thực hiện thì khó đảm đương tất cả lĩnh vực.
Để đảm bảo thực hiện phân ban THPT thì phòng học và thiết bị dạy học là điều kiện quan trọng, cho nên Bộ yêu cầu các trường chuẩn bị đầy đủ trước khi năm học mới bắt đầu, những trường có điều kiện thì cần xây dựng phòng học bộ môn.
Tại hội nghị này, Vụ Trung học phổ thông cũng đã ban hành hai dự thảo: Hướng dẫn dạy học tự chọn cấp THCS và cấp THPT và Quy chế đánh giá, xếp loại học sinh THCS và THPT để lấy ý kiến đóng góp của các địa phương.
Về công tác thiết bị dạy học, Bộ GD-ĐT đã có văn bản hướng dẫn tổ chức mua sắm thiết bị dạy học phục vụ cho năm học 2006-2007. Về số lượng, chỉ đạo của Bộ là phải rà soát thiết bị dạy học còn sử dụng được, điều kiện về cơ sở vật chất hiện có để quyết định số lượng hợp lý. Bộ cũng yêu cầu các địa phương căn cứ tiêu chuẩn kỹ thuật cơ bản; tổ chức tập huấn cho cán bộ, giáo viên làm công tác nghiệm thu để đảm bảo chất lượng thiết bị. Bộ cũng đã giao cho Giám đốc Sở GD-ĐT chịu trách nhiệm về việc tổ chức mua sắm đảm bảo số lượng, chất lượng và kịp tiến độ, tránh lãng phí, tiêu cực và Bộ GD-ĐT sẽ tăng cường giám sát, kiểm tra, thanh tra việc mua sắm.
