Công ty trách nhiệm Thương mại Khánh Lý, có số vốn điều lệ 2 tỷ đồng được thành lập cuối năm 1999 do Phùng Khánh Lý làm giám đốc. Đến khoảng giữa năm 2000, Lý lại lập tiếp Công ty Khánh Tuyền, vốn đăng ký kinh doanh 1 tỷ đồng, nhưng đến cuối năm, DN Khánh Tuyền đã không còn hoạt động. Thế nhưng, Lý vẫn lợi dụng pháp nhân của cả hai công ty do mình lập ra để ký hợp đồng kinh tế với Dương Ngọc Anh, Giám đốc Chi nhánh Công ty kim khí và vật tư tổng hợp miền trung tại Quảng Ngãi (Chi nhánh Quảng Ngãi).
Từ tháng 3 đến 5-2000, Lý đã dùng cả hai pháp nhân của hai công ty trên ký hai hợp đồng mua sắt, thép các loại của Chi nhánh Quảng Ngãi. Kết quả thực hiện hai hợp đồng đến tháng 9-2000, Chi nhánh Quảng Ngãi đã làm hóa đơn GTGT, xuất bán cho Công ty TNHH Khánh Lý nhiều lần tổng số sắt thép các loại có giá trị tổng cộng là 13,5 tỷ đồng (số tròn). Lý mới thanh toán trả cho Công ty Quảng Ngãi 11,7 tỷ đồng, còn nợ 1,8 tỷ đồng. Với pháp nhân Công ty Khánh Tuyền, Lý cũng mua tổng giá trị sắt thép là hơn 2,6 tỷ, nhưng mới thanh toán trả 850,7 triệu đồng, còn nợ 1,76 tỷ đồng. Ngoài ra, Ngọc Anh còn chỉ đạo nhân viên dưới quyền bán cho Phùng Khánh Lý 449.120 kg sắt thép các loại, trị giá 1,77 tỷ đồng, chưa kịp lập hóa đơn GTGT thì bị Công ty Kim khí vật tư tổng hợp miền trung đình chỉ do nghi ngờ về khả năng chi trả cho Phùng Khánh Lý. Giám đốc công ty yêu cầu Dương Ngọc Anh phải tập trung thu hồi dứt điểm công nợ của hai hợp đồng đã ký.
Lo sợ bị công ty xuất toán khoản sắt thép chưa xuất hóa đơn GTGT (số sắt thép 449.120 kg nêu trên Lý đã thông đồng với Ngọc Anh lập danh sách ghi nợ khống cho 11 cá nhân và đơn vị đúng bằng 1,77 tỷ đồng là trị giá số sắt thép. Trên thực tế, số sắt thép này Lý đã nhận rồi đem bán trả nợ và chi tiêu cá nhân, chỉ thanh toán trả cho Chi nhánh Quảng Ngãi một phần. Số tiền còn lại không có khả năng chi trả, và Khánh đã ôm luôn món nợ rồi bỏ trốn, mãi đến ngày 24-10-2003 mới bị cơ quan công an bắt được theo lệnh truy nã.
Trong quá trình thực hiện hợp đồng mua bán sắt thép với Phùng Khánh Lý, mặc dù đã có lệnh của Giám đốc Công ty yêu cầu phải đốc thúc thu hồi công nợ, nhưng Giám đốc Chi nhánh Quảng Ngãi Dương Ngọc Anh đã không những không tuân thủ, mà còn tiếp tục tìm cách bán hàng cho Lý. Lý và Ngọc Anh bàn nhau tìm các công ty TNHH hoặc công ty cổ phần để nhờ ký hợp đồng mua sắt thép với Chi nhánh Quảng Ngãi, làm cơ sở để Ngọc Anh ký xuất hóa đơn GTGT bán sắt thép cho DN đã ký hợp đồng. Sau đó Lý lại ký hợp đồng mua lại số sắt thép của các DN này nhằm hợp thức hóa thủ tục mua, bán và theo dõi công nợ.
Thực tế, sắt thép xuất kho đều do người của Công ty Khánh Lý trực tiếp đến nhận, do đã thông đồng với Lý, Ngọc Anh đều chỉ đạo cho nhân viên dưới quyền trực tiếp giao hàng và xuất hóa đơn GTGT. Ngọc Anh còn có hành vi tiếp tay nghiêm trọng hơn là trước khi ký hợp đồng, Lý điện báo cho Ngọc Anh biết và cung cấp các thông tin về công ty đứng tên trong hợp đồng (tên công ty, địa chỉ, người đại diện, mã số thuế và các thông tin khác). Ngọc Anh chỉ đạo nhân viên soạn thảo hợp đồng mua bán đưa cho Lý, Lý đưa cho công ty được yêu cầu đứng tên, ký đóng dấu rồi trao lại cho Ngọc Anh. Ngọc Anh ký tên đóng dấu Chi nhánh Quảng Ngãi rồi giao cho bộ phận giao nhận xuất hàng. Xong xuôi thủ tục giao nhận, Lý làm động tác giả ký hợp đồng mua lại toàn bộ số hàng này.
Với thủ đoạn tương tự, trong năm 2000, Lý và Ngọc Anh đã dùng 8 hợp đồng mang tên tám doanh nghiệp ở TP Hồ Chí Minh và Cần Thơ để ký với Chi nhánh Quảng Ngãi tổng cộng 1.609.296 kg sắt thép xây dựng các loại, trị giá 6,96 tỷ đồng, nhưng mới thanh toán trả được hơn một tỷ đồng, còn lại tới 5,89 tỷ đồng Lý chiếm đoạt sử dụng cá nhân và trả nợ.
Hành vi nghiêm trọng của Phùng Khánh Lý và Dương Ngọc Anh đã bị VKSND TP Đà Nẵng truy tố về các tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản", "Lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản" và "Cố ý làm trái quy định của Nhà nước gây hậu quả nghiêm trọng" theo các điều 139, 140 và 165 BLHS. Vụ án không chỉ gây thất thoát tiền của của Nhà nước mà còn cảnh báo về "lỗ hổng" trong quản lý và sử dụng cán bộ.