Theo Nghị định, lộ trình “tính đúng tính đủ” giá dịch vụ công đang và sẽ được triển khai theo ba bước với ba mức: Đến năm 2016 sẽ tính đủ chi phí tiền lương, chi phí trực tiếp; đến năm 2018 sẽ tính đủ chi phí tiền lương, chi phí trực tiếp và chi phí quản lý; đến năm 2020 sẽ tính đủ chi phí tiền lương, chi phí trực tiếp, chi phí quản lý và chi phí khấu hao tài sản cố định. Căn cứ vào tình hình thực tế, nếu đơn vị nào có đủ điều kiện, năng lực thì được thực hiện ngay mức giá dịch vụ có tính đúng, tính đủ các chi phí, bảo đảm có lợi nhuận, chứ không phải chờ theo đúng lộ trình.
Tuy nhiên, tăng tự chủ của đơn vị sự nghiệp công, nhất là trong các lĩnh vực y tế, giáo dục - đào tạo, dạy nghề, văn hóa - thể thao và du lịch, thông tin - truyền thông và báo chí, khoa học và công nghệ, sự nghiệp kinh tế và sự nghiệp khác đang và sẽ bộc lộ rõ nét những tác động hai chiều đối với đơn vị và xã hội:
Một mặt, tăng tự chủ của các đơn vị sự nghiệp công là yêu cầu tự thân và góp phần hoàn thiện thể chế và phát triển cơ chế thị trường đồng bộ hơn; cải thiện cơ cấu chi thường xuyên, giảm bớt áp lực bội chi ngân sách nhà nước và đổi mới cơ chế chi ngân sách nhà nước, cũng như cơ chế quản lý các đơn vị sự nghiệp công lập; khuyến khích bình đẳng hóa và đẩy mạnh xã hội hóa đầu tư, nâng cao hiệu quả đầu tư xã hội, cải thiện số lượng và chất lượng dịch vụ công, bảo đảm quyền tiếp cận, hưởng thụ các dịch vụ công với chất lượng cao hơn, công bằng hơn, đáp ứng nhu cầu ngày càng cao của người dân và sự phát triển của xã hội...
Mặt khác, tăng tự chủ cho đơn vị sự nghiệp công lập có thể ảnh hưởng trực tiếp tới việc làm và thu nhập của hàng trăm nghìn lao động; dễ kích thích các hoạt động và cả sự lạm dụng chuyên môn để tăng thu, đồng nghĩa với tăng giá, phí các dịch vụ công, gây thêm khó khăn cho yêu cầu giảm nghèo đa chiều bền vững mà Việt Nam chính thức triển khai từ đầu năm 2016. Một số dịch vụ công rất khó tự chủ tài chính (như y tế dự phòng). Việc đòi hỏi cứng nhắc yêu cầu tự chủ tài chính, nhất là trong y tế và giáo dục, có thể phá vỡ hệ thống dịch vụ công ở cấp cơ sở, gây khó khăn cho dân nghèo và gia tăng bức xúc về công bằng xã hội; hoặc làm tăng giá dịch vụ y tế, trong đó có bảo hiểm y tế và đe dọa phá vỡ quỹ bảo hiểm y tế. Trong khi một số dịch vụ có tính độc quyền cao dễ bị đẩy giá, gây thiệt hại cho người dân hay doanh nghiệp khi tiếp cận.
Như vậy, cần tăng cường quy chuẩn hóa chất lượng dịch vụ công; minh bạch thông tin; đẩy mạnh kiểm tra, giám sát và xử lý, chế tài nghiêm khắc các vi phạm và tranh chấp trong cung cấp và quản lý dịch vụ công, kể cả tập thể và cá nhân có liên quan, nhất là người đứng đầu. Nhà nước tiếp tục hỗ trợ một số đối tượng chính sách trong tiếp cận và thụ hưởng một số dịch vụ công thiết yếu, bảo đảm an sinh xã hội và tạo đồng thuận xã hội cao.
Bên cạnh đó, cần phân định rõ thẩm quyền và nâng cao trách nhiệm, sự phối hợp trong quản lý nhà nước giữa các cơ quan quản lý dịch vụ công, tránh chồng lấn hoặc tạo “khoảng trống pháp lý” làm phát sinh sự lạm dụng, đổ gánh nặng chi phí lên đầu người dân và doanh nghiệp.
Thực tiễn đòi hỏi quá trình tăng tính tự chủ của các đơn vị sự nghiệp công cần được đẩy nhanh, không né tránh, nhưng cũng không duy ý chí và cần được thực hiện thống nhất, có danh sách đơn vị thực hiện, theo lộ trình và cơ chế cụ thể, được luật hóa, bảo đảm hài hòa giữa các lợi ích, tránh biến độc quyền nhà nước thành độc quyền doanh nghiệp, tránh tạo ra “sốc giá” và “sốc xã hội”; hài hòa giữa yêu cầu đẩy mạnh xã hội hóa, thực hiện cơ chế hạch toán thị trường, với yêu cầu bảo đảm an sinh, công bằng và đồng thuận xã hội cao, vì mục tiêu con người, lợi ích cộng đồng và lâu dài trong phát triển các dịch vụ công.