Theo phương án mới nhất của Tổng công ty Cơ khí Giao thông vận tải Sài Gòn-TNHH Một thành viên (Samco), từ ngày 11/10, đơn vị này sẽ di dời tiếp 75 tuyến xe hiện đang hoạt động tại Bến xe Miền Đông hiện hữu (ngoại trừ xe có hành trình theo quốc lộ 14) ra Bến xe Miền Đông mới. 75 tuyến này tương đương gần 1.700 xe, thuộc 89 đơn vị vận tải, chiếm hơn 50% tổng số tuyến đang hoạt động ở Bến xe Miền Đông hiện hữu. Trước đó, Bến xe Miền Đông mới chính thức hoạt động giai đoạn 1 kể từ ngày 10/10/2020 với 29 tuyến (các tuyến từ tỉnh Quảng Trị trở ra các tỉnh phía bắc) di dời từ Bến xe Miền Đông hiện hữu ra nhưng trên thực tế hành khách đi lại rất ít, bến xe vắng khách, nhất là trong thời gian bị tác động của dịch Covid-19. Với kế hoạch di dời sắp tới, ông Nguyễn Đăng Tấn Ái, Phó Giám đốc Hợp tác xã Xe khách liên tỉnh và du lịch Miền Đông khai thác tuyến đi Bình Định và Phú Yên chia sẻ: "Chúng tôi lo lắng nhất là việc hành khách di chuyển đoạn đường dài từ nội ô thành phố ra bến xe mới vì sẽ phát sinh thêm chi phí đi ta-xi, xe công nghệ, kể cả việc dùng phương tiện cá nhân để ra bến". Theo ông Ái, chủ trương thành phố di dời bến xe cũ và hoạt động ở Bến xe Miền Đông mới là phù hợp nên các đơn vị kinh doanh vận tải phải chấp hành. Song, để hành khách không phát sinh tâm lý ngần ngại cũng như tăng hiệu quả khai thác, rất cần sự vào cuộc hỗ trợ của các đơn vị quản lý như hỗ trợ xe trung chuyển từ bến cũ ra bến mới, tổ chức các tuyến xe buýt chuyên chở hành khách và hàng hóa… Hiện Hợp tác xã xe khách liên tỉnh và du lịch Miền Đông khai thác 40 tuyến xe đi các tỉnh miền trung tại Bến xe Miền Đông hiện hữu với 80 đầu xe chủ yếu là giường nằm. Hợp tác xã này cũng đang lên kế hoạch trang bị thêm xe trung chuyển trong trường hợp thành phố không đáp ứng được xe để hỗ trợ hành khách di chuyển từ nội đô ra bến xe mới.
Là một trong những doanh nghiệp vận tải chạy tuyến Thành phố Hồ Chí Minh-Hà Nội, Công ty TNHH Vận tải Hiền Phước đã thực hiện chủ trương đưa tuyến ra hoạt động tại Bến xe Miền Đông mới từ tháng 10/2020. Đại diện công ty cho biết, hiện mỗi ngày công ty khai thác 20 chuyến xe giường nằm chạy tuyến Hà Nội nhưng chỉ khai thác được dưới 40% số lượng chỗ trên xe. Hành khách đến bến đều than vì chi phí đi ta-xi từ trong thành phố ra bến xe mất vài trăm nghìn đồng trong khi giá vé xe gần một triệu đồng/chuyến. Theo công ty này, để hỗ trợ hành khách đến bến đi xe thuận tiện, nhà xe có tổ chức xe trung chuyển nhưng mỗi chuyến chỉ trung chuyển được 16 hành khách nên cũng hạn chế việc đưa đón hành khách từ trong thành phố ra bến xe, dẫn đến lượng khách sụt giảm. Cũng như Công ty Hiền Phước, hiện nhiều đơn vị vận tải có tuyến hoạt động ở Bến xe Miền Đông mới mong muốn thành phố sớm hoàn thiện và khai thác tuyến metro Bến Thành-Suối Tiên, tăng cường mạng lưới xe buýt ra Bến xe Miền Đông mới cũng như hoàn thiện hệ thống hạ tầng giao thông kết nối trên tuyến Xa lộ Hà Nội. Có như vậy, mới bảo đảm được công suất khai thác và thu hút hành khách vào Bến xe Miền Đông mới.
Tổng Giám đốc Công ty TNHH Một thành viên Bến xe Miền Đông Nguyễn Hoàng Huy cho rằng, hiện nay tình trạng "xe trá hình", "xe dù" hoạt động trong thành phố vẫn tồn tại đã ảnh hưởng không nhỏ đến việc khai thác hoạt động tại Bến xe Miền Đông mới, dẫn đến việc cạnh tranh không công bằng giữa các doanh nghiệp vận tải. Do đó, Sở Giao thông vận tải thành phố cần chỉ đạo lực lượng thanh tra giao thông phối hợp cùng công an giao thông tăng cường kiểm tra, xử phạt nghiêm; đồng thời, tiến tới hạn chế và cấm xe chở khách liên tỉnh, xe hợp đồng vào trung tâm thành phố, lập lại trật tự vận tải ở các bến xe trên địa bàn thành phố. Bên cạnh đó, Samco đã có văn bản kiến nghị Sở Giao thông vận tải thành phố có văn bản gửi Bộ Giao thông vận tải đề nghị công bố tuyến đường vận tải hành khách liên tỉnh cố định hoạt động tại Bến xe Miền Đông mới giai đoạn 2; đồng thời, ban hành quy định xe vận chuyển hành khách vào nội đô thành phố như hình thức City tour, cấp tem nội đô, xe trung chuyển, hạn chế xe 16 chỗ trở lên hoặc kích thước tương đương vào trung tâm thành phố; có giải pháp xử lý triệt để các điểm xe đón trả khách trong nội thành, các bãi đậu, giữ xe thực hiện đúng chức năng trông giữ xe theo quy định. Riêng Sở Giao thông vận tải cần xem xét tổ chức gom các đầu bến trong khu vực và điều chỉnh, mở mới các tuyến xe buýt kết nối vào Bến xe Miền Đông mới. Đối với các tuyến xe buýt trung chuyển, Trung tâm Quản lý giao thông công cộng cần tổ chức khảo sát lại để bổ sung phương án tổ chức, bố trí phương tiện cho phù hợp với lưu lượng hành khách, nhất là đặc thù của hành khách liên tỉnh (thường mang theo hàng hóa, hành lý) đi lại giữa hai bến xe và hành khách từ các khu vực khác có nhu cầu về Bến xe Miền Đông mới. Bến xe Miền Đông cũ sẽ ưu tiên bố trí diện tích cho phương tiện giao thông công cộng gồm xe buýt, ta-xi đậu, đỗ để đón, trả khách, văn phòng điều hành và nhà chờ cho hành khách.