Theo sự chỉ đạo của UBND thành phố, công tác giải phóng mặt bằng xây dựng cầu vượt sẽ phải hoàn thành vào cuối năm nay để khởi công vào quý 1 năm 2005, nhưng hiện nay nhiều hộ dân bất hợp tác với chủ đầu tư không cho vào điều tra, đo đạc, đòi nâng mức đền bù và được tái định cư ở khu tái định cư Nam Trung Yên. Hiện tại mới chỉ có 230 hộ dân và cơ quan nhận tiền đền bù và chuyển đến nơi ở mới.
Công tác GPMB trong dự án lớn này phải chia làm nhiều đợt. Trong đó, kế hoạch đợt một là 268 hộ và đợt hai là 480 hộ (quận Đống Đa 358 hộ và quận Thanh Xuân 120 hộ). Được biết, trong đợt một, hiện nay đã phê duyệt xong 207/269 phương án, 181 hộ đã nhận tiền đền bù và di chuyển đến nơi tái định cư. Đợt hai khoảng 480 hộ đã điều tra khảo sát và đang tiến hành lập phương án đền bù, còn lại hơn 50 hộ chưa cho cán bộ vào đo đạc để xác định diện tích đất bồi thường.
Nguyên nhân mà các hộ dân đưa ra ngăn cản không cho cán bộ dự án vào đo đạc là: UBND thành phố Hà Nội có "hứa" với dân "thu hồi nhà ở thì trả bằng nhà ở, cửa hàng kinh doanh thì trả bằng cửa hàng kinh doanh", nhưng thực tế Hội đồng giải phóng mặt bằng không giải quyết như vậy. Khung giá đền bù trong quy định của các văn bản hiện hành chênh lệch khá cao so với mức đền bù thực tế và thông báo ban đầu của UBND thành phố di dời các hộ dân thuộc diện GPMB về định cư ở khu vực Nam Trung Yên, nhưng hiện tại dân phải di dời đến khu Định Công, Đền Lừ, Đại Kim...
Giải thích lý do thứ nhất các hộ dân đưa ra, Ban quản lý dự án cho biết, thông báo 20/TB-VP ngày 19-02-2001 của UBND thành phố Hà Nội là nghiên cứu theo hướng trên, chứ không phải nhất thiết phải thực hiện theo phương án đó khi điều kiện không cho phép. Còn về chính sách giá đền bù, ngày 2-11, Ban chỉ đạo giải phóng mặt bằng thành phố đã có Công văn số 335/TB- BCĐ:
"Trả lời ý kiến của các hộ dân thuộc dự án nút giao thông Ngã Tư Sở" khẳng định: Hội đồng GPMB quận Đống Đa, quận Thanh Xuân và Ban quản lý các dự án trọng điểm và phát triển đô thị đã áp dụng chính sách bồi thường, hỗ trợ tái định cư để lập và duyệt phương án bồi thường thiệt hại của dự án xây dựng cải tạo nút giao thông Ngã Tư Sở là đúng với quy định hiện hành. Chính sách đền bù giá đất được căn cứ vào điểm I trong văn bản số 7760/TC-QLNS của Bộ Tài chính ngày 14-7-2004 về việc thực hiện Luật Đất đai năm 2003. Nguyên tắc điều chỉnh giá căn cứ vào Nghị định 87/CP ngày 17-8-1994 của Chính phủ, Quyết định 302/CP và quyết định số 17/CP... cho phép điều chỉnh tăng thêm tối đa không quá 1 lần...".
Để triển khai thực hiện các văn bản trên, UBND thành phố Hà Nội đã có Quyết định số 119/2004/QĐ-UB ngày 04-8-2004 "Quy định tạm thời về điều chỉnh khung giá đất làm cơ sở bồi thường hỗ trợ khi Nhà nước thu hồi đất, thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, thuế chuyển quyền sử dụng đất và lệ phí trước bạ đất; thu tiền sử dụng đất khi bán nhà ở chung cư cao tầng phục vụ giải phóng mặt bằng". Điều 1 của quyết định quy định tạm thời về điều chỉnh khung giá đất làm cơ sở bồi thường hỗ trợ khi Nhà nước thu hồi đất, thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, thuế chuyển quyền sử dụng đất và lệ phí trước bạ đất trên địa bàn thành phố Hà Nội kể từ ngày 1-7-2004 đến ngày 31-12-2004. Giá đền bù đất theo chính sách quy định trên không chỉ áp dụng cho dự án Ngã Tư Sở mà đã áp dụng cho gần 30 dự án từ tháng 7-2004, đến nay với diện tích đất thu hồi khoảng hơn 200 ha, hàng nghìn hộ dân đã nhận tiền đền bù và di chuyển đến nơi tái định cư. Hiện nay, dự án này đã trả tiền đền bù cho 203 hộ dân và bốn cơ quan. Ban quản lý dự án sẽ tiếp tục trả tiền đền bù cho 300 hộ dân từ nay đến ngày 20-11.
Việc bố trí nhà tái định cư cho các hộ dân thuộc dự án Ngã Tư Sở, hiện nay UBND thành phố đã cân đối bố trí đủ số lượng hơn 1.000 căn hộ tái định cư. Nhưng, do khối lượng nhà tái định cư lớn, nên phải bố trí ở nhiều địa điểm tái định cư. Cụ thể 104 căn ở Làng quốc tế Thăng Long, 264 căn ở khu di dân Đền Lừ, 286 căn ở Đại Kim và 480 căn ở khu Nam Trung Yên.
Do khu Nam Trung Yên 56 ha đến năm 2005 mới hoàn thiện, hộ dân nào có nguyện vọng về nơi tái định cư tại khu Nam Trung Yên gửi đơn về Hội đồng giải phóng mặt bằng quận Đống Đa, quận Thanh Xuân và chủ đầu tư để đăng ký mua căn hộ ở khu tái định cư trên với điều kiện các hộ phải có đất ở hợp pháp, hợp lệ nơi bị thu hồi đất. Đồng thời gia đình phải tự lo nơi ở tạm trong thời gian chờ hoàn thiện khu nhà trên và sẽ được hỗ trợ tiền thuê nơi ở tạm theo chính sách quy định.
Riêng đối với những hộ được xét mua thêm căn hộ thì áp dụng theo chính sách đã quy định về số lượng, diện tích, địa điểm tái định cư và giá theo quyết định của UBND thành phố.