Theo đó, đề nghị truy tố các bị can: Ngô Thanh Phong, sinh năm 1956, chức vụ khi phạm tội: Trưởng phòng CSÐT, Phó Thủ trưởng thứ nhất Cơ quan CSÐT, Chánh Văn phòng Cơ quan CSÐT, Phó Thủ trưởng thường trực Cơ quan CSÐT Công an tỉnh Tiền Giang; Nguyễn Văn Nên, sinh năm 1965, chức vụ khi phạm tội: Phó Trưởng phòng CSÐT, phụ trách Ðội án truy xét, xây dựng lực lượng, hậu cần, Phó Thủ trưởng Cơ quan CSÐT Công an tỉnh Tiền Giang; Phạm Văn Út, sinh năm 1969, chức vụ khi phạm tội: Thủ kho Vật chứng, Thủ quỹ Phòng CSÐT Công an tỉnh Tiền Giang về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" quy định tại Khoản 2, Ðiều 281 Bộ luật Hình sự.
Theo bản kết luận điều tra, ngày 28-10-2002, Cơ quan CSÐT Công an tỉnh Tiền Giang ra Quyết định số 40, khởi tố vụ án hình sự "Buôn lậu" xảy ra tại Công ty TNHH Thành Phát, TP Mỹ Tho, tỉnh Tiền Giang, gọi tắt là vụ án 502X. Sau khi ra quyết định khởi tố vụ án, ngày 30-10-2002, ông Ngô Thanh Phong, Trưởng phòng CSÐT, với tư cách là Phó Thủ trưởng thứ nhất Cơ quan CSÐT Công an tỉnh Tiền Giang, trực tiếp chỉ đạo điều tra vụ án, ký Quyết định số 225, phân công 10 Ðiều tra viên Cơ quan CSÐT và cán bộ Phòng cảnh sát kinh tế tiến hành điều tra vụ án. Quá trình điều tra vụ án đã ra Quyết định khởi tố 38 bị can về các tội "Buôn lậu", "Ðưa hối lộ", "Nhận hối lộ"... Vụ án đã được kết thúc điều tra, truy tố, xét xử. Riêng đối với hành vi mua bán tài liệu của cơ quan Nhà nước (hóa đơn thuế giá trị gia tăng) của Nguyễn Thị Phỉ, Cơ quan CSÐT có quyết định tách vụ án hình sự để tiến hành điều tra xử lý sau.
Theo quy định của pháp luật, thì Cơ quan điều tra chỉ được phép thu giữ, tạm giữ tài sản là vật chứng của vụ án. Tài sản không phải là vật chứng thì không được phép thu giữ. Nếu đã thu giữ thì phải trả lại ngay cho chủ sở hữu... Ðối với vật chứng là tiền thì Cơ quan tiến hành tố tụng chuyển cho Kho bạc Nhà nước để bảo quản. Nhưng tại Phòng Cảnh sát điều tra và Cơ quan CSÐT Công an tỉnh Tiền Giang trước tháng 10-2004 không mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước để bảo quản các khoản tiền thu giữ trong vụ án. Do vậy, các khoản tiền thu giữ trong các vụ án hình sự không được quản lý, bảo quản đúng quy định. Có trường hợp sử dụng vào các mục đích trái pháp luật.
Nhận thấy vụ án buôn lậu nêu trên có quy mô lớn. Tiền, tài sản thu giữ trong vụ án nhiều. Do vậy, ngày 15-11-2002, UBND tỉnh Tiền Giang ra Quyết định thành lập Hội đồng định giá tài sản chuyên án 502X, do một Phó Chủ tịch UBND tỉnh làm Chủ tịch Hội đồng, để xử lý số tài sản là vật chứng, tài sản bị kê biên trong quá trình điều tra, truy tố, xét xử vụ án. Hội đồng định giá đã mở tài khoản tạm gửi tại Kho bạc Nhà nước tỉnh Tiền Giang, để gửi số tiền thu được khi xử lý tài sản thu giữ trong vụ án 502X. Trong quá trình giải quyết vụ án, Hội đồng định giá tài sản đã gửi vào tài khoản này số tiền 22.906.065.708 đồng.
Trong khi đó, tại Phòng CSÐT Công an tỉnh Tiền Giang, trong quá trình điều tra vụ án cũng thu giữ, tạm giữ tiền, tài sản, kê biên tài sản của các bị can, đương sự trong vụ án, nhưng không mở tài khoản tạm gửi tại Kho bạc Nhà nước để quản lý, bảo quản mà đem gửi tiết kiệm tại ngân hàng thương mại lấy lãi, nhập quỹ riêng đơn vị để chi tiêu và chia nhau, chiếm hưởng cá nhân trái pháp luật.
Ngay sau khi vụ án được khởi tố, Cơ quan CSÐT đã tiến hành thu giữ tiền mặt. Ngô Thanh Phong, Trưởng phòng và Nguyễn Văn Nên, Phó trưởng phòng CSÐT phụ trách đội án truy xét, xây dựng lực lượng và hậu cần đã bàn bạc, quyết định, sau đó chỉ đạo việc thực hiện: sử dụng toàn bộ số tiền thu giữ của các bị can, đương sự trong vụ án 502X gửi tiết kiệm, thu giữ lúc nào thì gửi tiết kiệm ngay để lấy lãi, nhập quỹ riêng của đơn vị.
Thực hiện chỉ đạo của Ngô Thanh Phong và Nguyễn Văn Nên, Ðiều tra viên Bùi Văn Nhứt, là người không được phân công điều tra vụ án nhưng là thành viên trong tổ chuyên viên giúp việc được giao nhiệm vụ thống kê vật chứng do Phòng CSÐT thu giữ, tiếp quản tiền do các Ðiều tra viên trong chuyên án thu giữ của các bị can, đương sự trong vụ án, đã đem toàn bộ số tiền thu được trong quá trình điều tra, gửi tiết kiệm tại Ngân hàng Ðầu tư và Phát triển, Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Chi nhánh tỉnh Tiền Giang. Chỉ đạo ban đầu của lãnh đạo phòng là gửi không kỳ hạn, để tiện rút ra bất cứ lúc nào khi phát sinh yêu cầu. Nhưng thấy gửi kỳ hạn ba tháng lãi suất cao hơn, khi cần, rút tiền bất cứ lúc nào cũng được tính lãi suất theo thời hạn thực gửi, do vậy Ngô Thanh Phong và Nguyễn Văn Nên thống nhất chỉ đạo gửi tiết kiệm kỳ hạn ba tháng. Khi Bùi Văn Nhứt đi vắng, Ngô Thanh Phong trực tiếp giao cho Nguyễn Trường Sơn, Ðiều tra viên Phòng CSÐT (nhưng không được phân công điều tra vụ án) đem tiền thu giữ gửi tiết kiệm tại ngân hàng. Khi gửi tiết kiệm tại ngân hàng, Bùi Văn Nhứt, Nguyễn Trường Sơn đứng tên cá nhân để gửi tiền. Các sổ tiết kiệm của mỗi lần gửi, Bùi Văn Nhứt và Nguyễn Trường Sơn đem về giao nộp vào kho vật chứng do Phạm Văn Út, thủ kho vật chứng, thủ quỹ Phòng CSÐT tiếp nhận quản lý.
Tổng số tiền Phòng CSÐT thu giữ của các bị can, đương sự trong vụ án 502X từ tháng 10-2002 đến năm 2004 gồm 12.597.821.136 đồng và 249.419 USD.
Bùi Văn Nhứt và Nguyễn Trường Sơn đã gửi tiết kiệm đứng tên cá nhân, tổng cộng 11.400.516.000 đồng và 206.050 USD tại Ngân hàng Ðầu tư và Phát triển, Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn - Chi nhánh tỉnh Tiền Giang.
Ngô Thanh Phong và Nguyễn Văn Nên chỉ đạo, số tiền ngoại tệ khi thu giữ lập biên bản không ghi số sê-ri thì gửi tiết kiệm, số có ghi sê-ri thì nhập kho vật chứng, không gửi. Số tiền 1.197.305.136 còn lại (12.597.821.136 đồng trừ đi 11.400.516.000 đồng) một phần có nhập kho vật chứng do Phạm Văn Út quản lý, còn lại Ngô Thanh Phong giao cho Bùi Văn Nhứt giữ hơn 800 triệu đồng tiền mặt, dùng tạm ứng chi tiêu (không thông qua kế toán, thủ quỹ của phòng) cho chuyên án 502X, khi nào xin được kinh phí do UBND tỉnh cấp thì hoàn lại.
Ðến kỳ trả lãi, Phạm Văn Út đưa sổ tiết kiệm cho Bùi Văn Nhứt, Nguyễn Trường Sơn ra ngân hàng rút tiền lãi về nhập quỹ và trả lại sổ cho Phạm Văn Út quản lý. Phạm Văn Út lập phiếu thu tiền lãi, Ngô Thanh Phong ký phiếu thu. Ðến cuối tháng 5-2004, khi vụ án chuẩn bị kết thúc điều tra, Ngô Thanh Phong chỉ đạo rút toàn bộ số tiền đã gửi tiết kiệm về để nhập kho vật chứng.
Cuối tháng 6-2004, do chưa chuyển tiền (vật chứng) của vụ án 502X cho Cơ quan thi hành án tỉnh Tiền Giang; Theo chỉ đạo của chỉ huy Phòng CSÐT: Ngô Thanh Phong, Nguyễn Văn Nên và Nguyễn Chí Kiến, Phạm Văn Út trực tiếp đứng tên cá nhân, tiếp tục gửi tổng số tiền 12.100.000.000 đồng vào Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn - Chi nhánh tỉnh Tiền Giang, dưới hình thức mua kỳ phiếu có kỳ hạn 3 tháng. Ðến kỳ hạn, Phạm Văn Út đã rút cả gốc lẫn lãi về. Tiền lãi thu được là 199.650.000 đồng. Trong thời gian gửi tiền tiết kiệm, phát sinh việc phải trả lại đương sự 1,707 tỷ đồng. Theo chỉ đạo của Ngô Thanh Phong, Út đã thế chấp sổ tiết kiệm (kỳ phiếu gửi 11,8 tỷ đồng) để vay lại 1,8 tỷ đồng của Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn - Chi nhánh tỉnh Tiền Giang để trả đương sự.
Tổng số tiền lãi thu được trong hai đợt gửi tiền này nộp vào quỹ riêng của Phòng CSÐT Công an tỉnh Tiền Giang là 1.168.549.900 đồng, do Phạm Văn Út trực tiếp quản lý.
Số tiền lãi nhập quỹ riêng của Phòng CSÐT đã được chi dùng chủ yếu theo sự chỉ đạo, yêu cầu của Ngô Thanh Phong và Nguyễn Văn Nên. Trong đó, Ngô Thanh Phong chi tiếp khách nhiều lần, hết hơn 100 triệu đồng. Chi tiền sử dụng cá nhân không rõ mục đích, không có chứng từ gốc 58.750.000 đồng. Chi 100 triệu đồng để mua bốn xe máy Honda Future, đăng ký biển trắng cấp cho bốn cán bộ lãnh đạo phòng sử dụng. Các tài sản này không được vào sổ theo dõi tài sản của đơn vị. Cá nhân Ngô Thanh Phong, lúc đó đang sử dụng một chiếc xe máy Honda Future do phòng cấp năm 2002, nhưng vẫn nhận thêm một chiếc nữa. Ngô Thanh Phong, Nguyễn Văn Nên duyệt, cấp cho ông Nguyễn Chí Phi lúc đó là Phó giám đốc (hiện là Giám đốc Công an tỉnh Tiền Giang) một xe máy Honda Future. Biết ông Phi đã có xe máy công, nên duyệt chi tiền mặt 25 triệu đồng, đưa cho ông Phi. Các dịp Tết, chỉ huy phòng quyết định chia cho cán bộ, chiến sĩ trong phòng mỗi người 500.000 đồng. Chỉ huy phòng vẫn ký nhận 500.000 đồng cùng anh em cán bộ, nhưng sau đó lại duyệt chi riêng mỗi cán bộ chỉ huy phòng và ông Nguyễn Chí Phi năm triệu đồng/người. Tết năm 2004, còn chi cho ông Phi bảy triệu đồng.
Tháng 10-2004, khi thực hiện Pháp lệnh tổ chức điều tra hình sự mới, Phòng CSÐT chuyển đổi thành Văn phòng Cơ quan CSÐT. Ngô Thanh Phong, Nguyễn Văn Nên đã quyết định chia nốt quỹ riêng của phòng (số tiền còn 382.876.500 đồng) theo bốn mức: Bốn cán bộ chỉ huy phòng và ông Nguyễn Chí Phi, mỗi người 23 triệu đồng; 14 cán bộ chỉ huy đội, mỗi người tám triệu đồng; 34 cán bộ công tác lâu năm, mỗi người bốn triệu đồng; chín cán bộ mới về công tác tại phòng, mỗi người 2.208.500 đồng.
Do tiền vật chứng không gửi kho bạc, nên Phòng CSÐT đã tùy tiện cho cán bộ vay mượn để sử dụng cá nhân. Số tiền hơn 800 triệu đồng, Bùi Văn Nhứt được giao quản lý để tạm ứng chi tiêu cho đơn vị. Do không có nhu cầu chi tiêu ngay một lúc hết số tiền này, Nguyễn Văn Nên đã chỉ đạo Bùi Văn Nhứt đem gửi tiết kiệm lấy lãi làm quỹ riêng cho đội án kinh tế.
Như vậy, trong quá trình điều tra, xử lý vụ án 502X, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Tiền Giang đã ba lần gửi tiền thu trong vụ án vào ngân hàng dưới hình thức gửi tiết kiệm có kỳ hạn. Tổng cộng tiền lãi đã thu được là 1.368.539.312 đồng. Số tiền này đã sử dụng chi tiêu mua sắm, chi phí phục vụ sinh hoạt trong đơn vị, tiếp khách..., trong đó chia nhau và chiếm hưởng cá nhân tổng cộng 623.626.000 đồng.
Hành vi nêu trên của Ngô Thanh Phong, Nguyễn Văn Nên, Phạm Văn Út đã phạm tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" thuộc trường hợp có tổ chức, phạm tội nhiều lần và gây hậu quả nghiêm trọng.
Ðối với trường hợp ông Nguyễn Chí Phi được chia tổng cộng 80 triệu đồng, kết luận điều tra xét thấy ông Nguyễn Chí Phi không được Ngô Thanh Phong và Phòng CSÐT báo cáo việc gửi tiền thu giữ trong vụ án "502X" vào ngân hàng lấy lãi, nộp quỹ riêng; số tiền trên được đưa làm tám lần, nhiều lần đưa vào các dịp lễ, Tết. Khi đưa, cấp dưới không nói đó là tiền có được từ việc gửi tiền vật chứng vào ngân hàng dưới dạng gửi tiết kiệm để lấy lãi, nên ông Phi nghĩ đó là tiền quỹ của Phòng CSÐT có từ các khoản tiền thưởng của cấp trên do thành tích phá án. Sau khi biết số tiền trên có nguồn gốc từ tiền thu lợi bất chính, ông Nguyễn Chí Phi đã trả lại văn phòng Cơ quan CSÐT Công an tỉnh Tiền Giang để nộp Cơ quan điều tra Viện Kiểm sát Nhân dân tối cao, chờ xử lý theo pháp luật. Do vậy, không có cơ sở xác định ông Nguyễn Chí Phi là đồng phạm trong vụ án này. Tuy nhiên, ông Nguyễn Chí Phi có phần trách nhiệm, nhưng chưa đến mức xem xét trách nhiệm hình sự; Cơ quan điều tra Viện Kiểm sát Nhân dân tối cao đã kiến nghị cơ quan có thẩm quyền xử lý kỷ luật để phòng ngừa tội phạm.
Ngày 24-5-2012, Cơ quan điều tra Viện Kiểm sát nhân dân tối cao cũng đã ra quyết định tách vụ án hình sự. Theo đó, tách phần hành vi có dấu hiệu tội phạm: "Lạm quyền trong khi thi hành công vụ" và hành vi "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn giam, giữ người trái pháp luật" theo quy định tại các Ðiều 282, 303 Bộ luật Hình sự trong vụ án hình sự đã khởi tố tại quyết định khởi tố vụ án hình sự số 04/VKSTC-C6(P4) ngày 27-5-2011 của Cơ quan điều tra Viện Kiểm sát Nhân tối cao, để khởi tố, điều tra, xử lý thành một vụ án khác.
Bản kết luận điều tra nói trên đã được gửi đến các bị can trong ngày 28-5 vừa qua.