Công tác nghiên cứu khoa học của ngành Hải quan đã phát triển cả chất lượng lẫn số lượng, đơn cử như trong 10 năm từ 2011-2020, đã có 35 đề tài cấp Bộ Tài chính, 121 đề tài cấp Tổng cục Hải quan, 31 đề tài cấp Viện. Và từ năm 2021 tới nay, Tổng cục Hải quan đã phê duyệt và giao nhiệm vụ nghiên cứu khoa học và công nghệ cho 78 đề tài. Hầu hết các đề tài nghiên cứu do cán bộ Viện chủ trì đều nhằm giải quyết các vấn đề vướng mắc trong thực tiễn và tuân thủ các quy định quốc tế mà Việt Nam đã ký kết hoặc tham gia, chẳng hạn như đề tài “Bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ về nhãn hiệu hàng hóa” của đồng chí Nguyễn Anh Tuấn, Viện trưởng Viện nghiên cứu Hải quan, đã chỉ rõ cách nhận biết nhãn hiệu của một số mặt hàng nổi tiếng như Philip, Lacose, Adidas.
Các đề tài “Hoàn thiện các biện pháp kiểm tra xuất xứ của Hải quan Việt Nam”, “Nâng cao hiệu quả quản lý trước thông quan của Hải quan Việt Nam đối với hàng nhập khẩu”, “Tác động của các Hiệp định thương mại tự do (FTA) đến công tác quản lý thu Ngân sách của Hải quan Việt Nam giai đoạn 2016-2020”, “Giải pháp nhằm nâng cao công tác nghiên cứu dự báo tại Viện Nghiên cứu Hải quan”… cũng được đề xuất thực hiện trên cơ sở khảo sát vướng mắc từ các địa phương.
Các đề tài sau khi được công nhận đã được ứng dụng ngay vào công tác quản lý hải quan, một số đề tài trở thành cơ sở lý luận và tài liệu tham khảo để xây dựng các văn bản quy phạm pháp luật của ngành Hải quan. Với những kết quả và thành tích đó, Viện Nghiên cứu Hải quan đã được các cấp, các ngành trao tặng Huân chương Lao động hạng Ba năm 2014, Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ năm 2012, Bằng khen của Bộ trưởng Tài chính cho các giai đoạn 2014-2015, giai đoạn 2016-2017 và giai đoạn 2018-2019.
