85 tuổi đời, 60 năm tuổi Ðảng, GS, TSKH Ðặng Huy Huỳnh vẫn không ngừng huy động cộng đồng tham gia bảo tồn đa dạng sinh học (ÐDSH). Ông chia sẻ: "Không kể bảy năm tham gia các trận đánh ở chiến trường khu 5 và Hạ Lào (1947 - 1954), cuộc đời tôi hầu như gắn với nghiên cứu khoa học. Thành quả đạt được là do tôi luôn học tập phong cách, lề lối làm việc, và đam mê khoa học của Bác Hồ.
20 năm trên cương vị Phó viện trưởng, Viện trưởng, dù phải tham gia các tổ chức chuyên ngành trong nước và quốc tế như Hội Bảo vệ thiên nhiên và môi trường Việt Nam, Hội Ðộng vật học Việt Nam, Tổng hội các ngành sinh học Việt Nam, nhóm chuyên gia quốc tế nghiên cứu bảo tồn thú linh trưởng IPS…, GS, TSKH Ðặng Huy Huỳnh chủ trì và trực tiếp thực hiện hàng chục đề tài cấp Nhà nước, cấp bộ. Vượt lên công việc bề bộn của một cán bộ quản lý, ông đã dành nhiều tháng ngồi xuồng, lội bộ ở vùng rừng ngập mặn Ngọc Hiển, Năm Căn (Cà Mau); thực hiện những chuyến thực địa dài ngày tận rừng sâu, núi thẳm các tỉnh Ðác Lắc, Gia Lai, Kon Tum thập niên 70. Chính từ việc hằng năm dành ra bốn đến năm tháng để thâm nhập thực tế đã giúp GS, TSKH Ðặng Huy Huỳnh hoàn thành tốt nhiều đề tài, nhiệm vụ khoa học thuộc chương trình Tây
Nguyên 1 và Tây Nguyên 2 (giai đoạn 1978 - 1988); chương trình sử dụng hợp lý tài nguyên thiên nhiên và bảo vệ môi trường; nghiên cứu cơ bản, điều tra khu hệ động vật, ký sinh trùng và côn trùng khu vực các tỉnh phía bắc Việt Nam; cơ sở sinh thái học làm nền tảng cho việc phục hồi hệ sinh thái rừng bị suy thoái, phát triển, nhân nuôi các loài động vật quý hiếm có giá trị bảo tồn và kinh tế, góp phần bảo vệ nguồn gen động vật hoang dã…
Ði nhiều, miệt mài nghiên cứu, GS, TSKH Ðặng Huy Huỳnh đã công bố hơn 150 công trình khoa học trên các tạp chí uy tín trong nước và quốc tế. Theo đó, hàng chục cuốn sách chuyên khảo của ông lần lượt ra đời như: Sinh học và sinh thái thú ở Việt Nam, Hươu sao ở Việt Nam, Danh lục thú Việt Nam, Bảo vệ và phát triển bền vững nguồn tài nguyên động vật Việt Nam,… Những năm quản lý Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật, GS, TSKH Ðặng Huy Huỳnh đồng thời là thành viên của các tổ chức như: Nhóm chuyên gia giáo dục môi trường quốc tế, Nhóm chuyên gia quốc tế nghiên cứu bảo tồn thú linh trưởng IPS, đồng thời là Ủy viên Hội đồng quản trị Chương trình Hợp tác nghiên cứu tài nguyên thực vật các nước Ðông - Nam Á. Ở chương trình hợp tác nghiên cứu tài nguyên thực vật các nước Ðông - Nam Á (PROSEA), giai đoạn 1991 - 1999, GS, TSKH Ðặng Huy Huỳnh đã tập hợp cán bộ có trình độ ở các trường đại học, viện Nghiên cứu trong cả nước kết hợp các chuyên gia trong khu vực tổ chức hơn 10 hội nghị, hội thảo khoa học. Tại đây, không ít nhà khoa học khu vực ASEAN và quốc tế đã trao đổi và chia sẻ kinh nghiệm trong nghiên cứu, công tác quản lý tài nguyên, vấn đề sử dụng bền vững tài nguyên thực vật, bảo tồn động vật quý hiếm có nguy cơ tuyệt chủng.
Trong giai đoạn 1990 - 2010, GS, TSKH Ðặng Huy Huỳnh chỉ đạo và tổ chức cán bộ Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật phối hợp các cơ quan hữu quan điều tra, khảo sát và đánh giá hiện trạng ÐDSH ở các vùng biên giới thuộc các tỉnh miền núi phía bắc và dãy Trường Sơn, nhằm bảo tồn ÐDSH thuộc các vùng xuyên biên giới, vùng hạ lưu sông Mê Công. Những kết quả nghiên cứu góp phần đề xuất các bộ, ngành thành lập một số khu bảo tồn thiên nhiên xuyên biên giới, như: Khu bảo tồn thiên nhiên Mường Nhé (Lai Châu) có diện tích 100 nghìn ha với khu bảo tồn thiên nhiên Phoudendinh (Lào); khu bảo tồn thiên nhiên Vũ Quang (Hà Tĩnh) diện tích 54 nghìn ha với khu bảo tồn Na Kai Nam Thanh (tỉnh Khăm Muộn, Lào); vườn quốc gia Chư Mom Ray (Kon Tum), diện tích hơn 97 nghìn ha với khu bảo tồn thiên nhiên Via Ra Chay (Cam-pu-chia)… Ðây là những địa bàn được Tổ chức Quỹ quốc tế bảo vệ thiên nhiên (WWF) đánh giá là vùng chứa đựng sự độc đáo và giàu có về ÐDSH; nơi phát hiện ra nhiều loài thú, chim mới và quý hiếm (Sao la, Mang Trường Sơn, Voọc Hà Tĩnh).
Tiến sĩ Nguyễn Ngọc Sinh, Chủ tịch Hội Bảo vệ thiên nhiên và Môi trường Việt Nam cho biết, là người có khả năng truyền cảm mạnh mẽ, GS, TSKH Ðặng Huy Huỳnh đồng thời là người khởi xướng và góp phần quan trọng vào việc công nhận gần 3.000 cây di sản thuộc hơn 100 loài phân bố ở 52 trong số 63 tỉnh, thành phố trong cả nước. GS, TSKH Ðặng Huy Huỳnh hai lần nhận Giải thưởng Hồ Chí Minh về khoa học - công nghệ (năm 2005 với Tập ATLAS Quốc gia, và năm 2010 với Bộ Ðộng vật chí, Thực vật chí, Sách đỏ Việt Nam).