Năm 1993, Trường ÐHQN đã liên kết với Trường đại học Khoa học tự nhiên Hà Nội đào tạo cao học ngành phương pháp, toán sơ cấp khóa I với 15 học viên đầu tiên. Ðến 1998, trường chính thức được Bộ Giáo dục và Ðào tạo giao nhiệm vụ đào tạo thạc sĩ chuyên ngành phương pháp toán sơ cấp.
Năm 2001, trường được mở thêm ngành giải tích, đại số và lý thuyết đại số, lịch sử Việt Nam, sinh lý thực vật, văn học Việt Nam và sau đó là ngành quản lý giáo dục, đến nay cũng đã có khóa đầu tiên bảo vệ luận văn thạc sĩ. Số lượng tuyển sinh cao học cũng ngày càng tăng. Nếu như từ giai đoạn 1992-1996, mới có 14 học viên tốt nghiệp cao học và đến giai đoạn 1997-2001 là 44 học viên thì đến nay, trường đã và đang đào tạo được 400 học viên.
Trong năm 2008, ngoài bảy chuyên ngành đã có, trường dự kiến sẽ mở thêm các chuyên ngành đào tạo thạc sĩ ngôn ngữ, kinh tế, lịch sử thế giới,... với chỉ tiêu khoảng 250 học viên. Phần lớn đối tượng được đào tạo thạc sĩ ở trường đều là những cán bộ, giáo viên đang công tác, đi học theo hình thức vừa học, vừa làm. Nhiều người sau đó đã tiếp tục làm nghiên cứu sinh tiến sĩ. Do đó chương trình và nội dung đào tạo thạc sĩ đã luôn được nghiên cứu để giảng dạy cho phù hợp.
PGS, TS Nguyễn Ðức Minh, Phó Trưởng phòng Ðào tạo đại học và sau đại học, cho biết: "Trường luôn chú trọng xây dựng chương trình đào tạo vừa có tính chất cơ bản, hiện đại đồng thời thật mềm dẻo phù hợp với đối tượng theo học từng chuyên ngành để có bước thay đổi thật sự trong năng lực tư duy và tự nghiên cứu của người học. Từ đó, phục vụ công tác tốt chứ không đơn giản là đi học để lấy bằng cấp". Việc giảng dạy môn ngoại ngữ ở hệ cao học, trường đã tổ chức dạy cả ba ngôn ngữ: tiếng Anh, Nga và tiếng Trung với cả hai phần cơ bản và chuyên ngành. Học viên có thể lựa chọn ngoại ngữ chuyên ngành phù hợp, thiết thực với chuyên môn công tác sau này. Môn Tin học cũng được giảng dạy theo hướng có thể ứng dụng tốt cho công việc chuyên môn sau khi tốt nghiệp...
Ðể bảo đảm chất lượng, bên cạnh đội ngũ cán bộ giảng dạy hiện có, trường mời các giáo sư đầu ngành ở Viện Toán học và các trường đại học làm giảng viên kiêm nhiệm, nhất là những giáo sư dạy những môn mới, hiện đại. Lực lượng này vừa trực tiếp dạy cao học vừa giúp trường đào tạo cán bộ giảng dạy trẻ. Nhu cầu đào tạo nhân lực có trình độ cao ở Quy Nhơn nói riêng và cả nước nói chung rất lớn. Nhưng không vì thế mà trường chạy theo số lượng. Cùng với những chính sách ưu đãi, khuyến khích của mỗi tỉnh đối với người học sau đại học, việc "được học gần nhà và gần nơi công tác" cũng là một thế mạnh của đào tạo sau đại học của Trường ÐHQN một khi trường tiếp tục nâng cao chất lượng và mở rộng được các chuyên ngành đào tạo.
Năm 2008 sẽ đào tạo tiến sĩ
PGS, TS Nguyễn Ðức Minh cho biết: "Ðể mở một ngành đào tạo tiến sĩ, trường phải có ít nhất năm tiến sĩ thuộc chuyên ngành đó, trong đó, phải có ba phó giáo sư, tiến sĩ khoa học trở lên làm giảng viên cơ hữu. Trường ÐHQN hiện nay có số lượng tiến sĩ khá đông (gần 60 người) nhưng lại rải ra ở nhiều khoa, ngành, lực lượng tiến sĩ cùng một chuyên ngành ít. Ðây là một khó khăn lớn của trường để mở rộng các chuyên ngành đào tạo sau đại học... Tuy nhiên, trường đã từng bước xây dựng đội ngũ, phát triển cơ sở vật chất, trang thiết bị để có thể mở ngành đào tạo tiến sĩ trong năm 2008 này".
Ðể thực hiện mục tiêu đào tạo tiến sĩ, trước hết là các ngành thuộc lĩnh vực toán học, trường đã có kế họach tăng đầu tư cơ sở vật chất, tài liệu tham khảo, sách vở giáo trình, phòng thí nghiệm cho các ngành khoa học thực nghiệm. Phủ sóng in-tơ-nét, xây dựng thư viện hiện đại. Những ngành mở đầu tiên chắc chắn sẽ liên quan đến sư phạm vì trường "gốc" là trường sư phạm cho nên lực lượng giảng viên ở lĩnh vực này rất mạnh. Trong tương lai, trường sẽ chuẩn bị các điều kiện để có thể đào tạo những ngành gắn với sự phát triển kinh tế - xã hội của địa phương như sinh học thực nghiệm, kinh tế...