Nguyên tắc phân bổ vốn ngân sách Trung ương là ưu tiên hỗ trợ cho các xã, các huyện chưa đạt chuẩn nông thôn mới, nhất là các xã an toàn khu (trừ các xã an toàn khu thuộc khu vực I, khu vực II, khu vực III vùng dân tộc thiểu số và miền núi đã được bố trí vốn ngân sách Trung ương của Chương trình mục tiêu quốc gia phát triển kinh tế-xã hội vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi giai đoạn 2021-2030 theo các tiêu chí, hệ số ưu tiên phân bổ được quy định tại Quyết định số 39/2021/QÐ-TTg ngày 30/12/2021 của Thủ tướng Chính phủ), xã đạt dưới 15 tiêu chí; hỗ trợ các xã đã đạt chuẩn nông thôn mới tiếp tục hoàn thiện các tiêu chí nông thôn mới đã đạt chuẩn nhưng mức đạt chuẩn của một số chỉ tiêu còn chưa cao để nâng cao chất lượng các tiêu chí và bảo đảm bền vững. Các tỉnh chủ động cân đối nguồn vốn ngân sách địa phương và huy động các nguồn lực hợp pháp để thực hiện mục tiêu đạt chuẩn nông thôn mới nâng cao và nông thôn mới kiểu mẫu.
Vốn ngân sách Trung ương được bố trí để thực hiện các chương trình chuyên đề được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt; Chương trình đầu tư phát triển mạng lưới y tế cơ sở vùng khó khăn vay vốn Ngân hàng Phát triển châu Á (Chương trình vốn vay ADB) sau khi được Quốc hội cho phép bổ sung vào Kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2021-2025; các nhiệm vụ đột xuất, phát sinh được cấp có thẩm quyền phê duyệt trong quá trình triển khai Chương trình.
Về cơ chế hỗ trợ ngân sách Trung ương cho ngân sách địa phương thực hiện Chương trình, nguồn vốn ngân sách Trung ương năm 2021 (chuyển sang thực hiện năm 2022) được tiếp tục thực hiện theo cơ chế hỗ trợ như giai đoạn 2016-2020 và căn cứ theo dự toán ngân sách nhà nước năm 2014, theo nguyên tắc: Ðối với các tỉnh có điều tiết về ngân sách Trung ương, không hỗ trợ vốn từ ngân sách Trung ương (trừ tỉnh Quảng Ngãi).
Ðối với các tỉnh nhận hỗ trợ từ ngân sách Trung ương với mức từ 50% trở lên, ưu tiên bố trí ở mức độ cao phù hợp tổng số xã; xã khu vực III vùng dân tộc thiểu số và miền núi đã được phê duyệt tại Quyết định số 861/QÐ-TTg ngày 4/6/2021 của Thủ tướng Chính phủ (trừ các phường, thị trấn, xã đã được cấp có thẩm quyền công nhận đạt chuẩn nông thôn mới), các xã đặc biệt khó khăn vùng bãi ngang ven biển và hải đảo đã được phê duyệt tại Quyết định số 353/QÐ-TTg ngày 15/3/2022 của Thủ tướng Chính phủ (xã đặc biệt khó khăn)...
