Sửa đổi nguyên tắc thu thuế dựa trên cơ sở nguồn phát sinh thu nhập
Dự thảo Thông tư đã sửa đổi đối tượng áp dụng Thông tư là tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam hoặc có thu nhập tại Việt Nam thay cho quy định đối tượng áp dụng tại Thông tư 169/1998/TT-BTC là các tổ chức, cá nhân nước ngoài hoạt động kinh doanh tại Việt Nam vì trên thực tế việc thu thuế đối với nhà thầu nước ngoài từ trước đến nay vẫn được thực hiện theo nguyên tắc khấu trừ tại nguồn (trừ một số trường hợp có văn bản hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính). Việc thu thuế theo nguồn phát sinh thu nhập là phù hợp với thông lệ quốc tế nên từ khi ban hành Thông tư hướng dẫn về thuế đối với NTNN (1992) việc thu thuế theo nguồn phát sinh thu nhập không gặp phải sự phản đối của NTNN cũng như nhà đầu tư.
Việc sửa đổi như trên không mở rộng phạm vi áp dụng mà chỉ đảm bảo đầy đủ cơ sở pháp lý để thu thuế cho phù hợp với thực tế kinh doanh của các nhà thầu vì trên thực tế có các nhà thầu nước ngoài kinh doanh và có thu nhập từ Việt Nam nhưng không phụ thuộc vào địa điểm kinh doanh như cung cấp dịch vụ (hoa hồng môi giới, thu nhập tiền bản quyền, lãi tiền cho vay) vẫn phải nộp thuế tại Việt Nam theo quy định tại TT 169/1998/TT-BTC. Hơn nữa, theo quy định của Hiệp định tránh đánh thuế 2 lần đã ký với các nước thì nếu NTNN có thu nhập phát sinh tại Việt Nam và không nộp thuế TNDN tại Việt Nam thì vẫn phải nộp thuế tại nước mà NTNN có cơ sở thường trú, như vậy, DN Việt Nam đầu tư không giảm được chi phí nếu NTNN không nộp thuế tại Việt Nam.
Hoàn thiện hướng dẫn về nộp thuế đối với trường hợp NTNN cung cấp máy móc, thiết bị:
Tại Dự thảo Thông tư đã hướng dẫn cụ thể hơn, khắc phục các vướng mắc trong quá trình thực hiện Thông tư 169/1998 TT-BTC như: phân biệt trường hợp cung cấp hàng hóa dưới hình thức nhập khẩu thuần túy và hàng hóa được cung cấp tại thị trường Việt Nam; giảm bớt gánh nặng về thuế bằng cách: doanh thu của thiết bị, vật tư nhập khẩu thuộc loại Việt Nam chưa sản xuất được không chịu thuế GTGT, áp dụng thuế suất thấp (1%) đối với giá trị thiết bị; giá trị dịch vụ tách riêng để tính thuế;
Sửa đổi bổ sung quy định thu thuế TNDN tiền bản quyền, không thu thuế GTGT đối với hoạt động cho thuê thiết bị:
Theo hướng dẫn hiện hành của Bộ Tài chính thì hoạt động cho thuê tàu phải chịu thuế TNDN đối với tiền bản quyền. Hướng dẫn như nêu trên nhằm phù hợp với quy định của Hiệp định tránh đánh thuế 2 lần ký với một số nước. Nội dung này tại Dự thảo Thông tư chỉ có tính chất nâng tính pháp lý của văn bản đã được ban hành, không có tính chất đưa ra quy định pháp lý mới.
Hoàn thiện các thủ tục hành chính tạo thuận lợi cho NTNN và cơ quan thuế khi xác định nghĩa vụ thuế.
Thực hiện chủ trương cải cách hành chính thuế, dự thảo Thông tư tập trung hướng dẫn chi tiết các thủ tục hồ sơ, phương pháp kê khai nộp thuế nhằm đảm bảo nguyên tắc rõ ràng, minh bạch thuận lợi cho đối tượng nộp thuế và cơ quan thuế, hạn chế tối đa các quy định không rõ ràng gây "khó hiểu" khi thực hiện, ảnh hưởng đến việc kê khai nộp thuế và môi trường kinh doanh của NTNN cũng như môi trường đầu tư nói chung.
