Hoạt động của các HTX giao thông vận tải chủ yếu theo hai loại mô hình: dịch vụ hỗ trợ có 866 HTX (chiếm 82,3%); HTX quản lý tập trung và HTX hỗn hợp ngành nghề kinh doanh xây dựng công trình giao thông và cơ khí sửa chữa phương tiện cơ giới đường bộ, đường sông có 187 HTX. Các tỉnh, thành phố có nhiều HTX giao thông vận tải là TP Hồ Chí Minh, có 174 HTX và một Liên hiệp HTX vận tải, tiếp đến là các tỉnh, thành phố Hà Nội 56 HTX, Hải Phòng 32 HTX, Ðà Nẵng 24, Cần Thơ 33; các tỉnh Nam Ðịnh 42, Hải Dương 27, Ðác Lắc 36, Gia Lai 32... Một số địa phương miền núi, miền trung, Tây Nguyên và các tỉnh Nam Bộ có từ ba đến 10 HTX vận tải là Lai Châu, Ðiện Biên, Sơn La, Cao Bằng, Bắc Cạn, Phú Thọ, Yên Bái, Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Bình, Quảng Trị, Kom Tum, Ðác Nông, Ninh Thuận, Bạc Liêu, Hậu Giang, Sóc Trăng...
Việc phát triển nhanh các HTX, Liên hiệp HTX vận tải đã tạo điều kiện cho việc tăng nhanh số lượng phương tiện vận tải tham gia giao thông tới gần 60 nghìn xe khách và 10 nghìn xe tải, tương đương với 800 nghìn ghế và 500 nghìn tấn trọng tải; đứng đầu là TP Hồ Chí Minh. Nhờ phát triển nhanh cả về số lượng và chất lượng, các HTX giao thông vận tải đường bộ của TP Hồ Chí Minh đã đáp ứng 77% nhu cầu vận tải hành khách và hơn 80% vận tải hàng hóa. Các HTX vận tải đường bộ, vận tải đường sông ở nhiều địa phương trong thời gian qua cũng phát triển mạnh, tiêu biểu như Nam Ðịnh có HTX cổ phần đường thủy Mùa Xuân với hơn 100 tàu thuyền, 16 nghìn tấn trọng tải; HTX Trung Hải có 66 phương tiện, tổng trọng tải hơn 10 nghìn tấn. Tỉnh Tiền Giang có HTX vận tải đường sông Rạch Gầm với 175 tàu thuyền đủ sức chuyên chở gần 23 nghìn tấn hàng hóa và hành khách. HTX vận tải Vàm Cỏ (Long An) có 232 tàu, thuyền vận tải, tổng trọng tải hơn 22 nghìn tấn...
Các HTX vận tải trong thời gian qua đã góp phần bổ sung phương tiện, tăng năng lực vận chuyển, đáp ứng nhu cầu vận tải hàng hóa, hành khách của toàn xã hội, từng bước cải thiện điều kiện đi lại của nhân dân. Tuy nhiên hoạt động của các HTX vận tải cũng còn nhiều bất cập, hầu hết hoạt động theo mô hình dịch vụ hỗ trợ. Quan hệ giữa Chủ nhiệm HTX và xã viên không chặt chẽ; HTX không chủ động về hoạt động và kết quả kinh doanh, không quản lý kinh doanh, khai thác phương tiện của lái xe. Nhiều HTX chỉ là sự tập hợp những người có phương tiện vận tải, không quan tâm đến cơ sở vật chất và điều hành, không có tài sản chung, hoặc chưa có khả năng tích lũy để tái đầu tư, thu nhập của xã viên thấp, không ổn định. Các HTX vận tải ít có hình thức liên doanh, liên kết với nhau mà hoạt động chủ yếu là cung cấp dịch vụ hoặc tập trung sản xuất trong nội bộ. Trong khi đó công tác đào tạo cán bộ lãnh đạo, quản lý cho khối HTX của ngành, địa phương chưa được quan tâm đúng mức. Thể hiện từ cách thức, nội dung, chương trình tổ chức đào tạo cho cán bộ HTX chưa phù hợp với thực tế, do đó hầu hết trình độ của đội ngũ cán bộ quản lý HTX chưa đáp ứng yêu cầu điều hành sản xuất, kinh doanh. Chính quyền địa phương chưa quan tâm toàn diện đến phát triển của các HTX, các chính sách, quy định của địa phương chưa tạo điều kiện cho hoạt động vận tải, chưa có các ưu đãi để chủ xe tư nhân thấy lợi ích khi vào HTX. Các HTX giao thông vận tải chủ yếu hoạt động trong lĩnh vực vận tải, chưa phát triển sang các lĩnh vực có liên quan như xây dựng công trình giao thông, cơ khí, sửa chữa, kinh doanh vật tư, xăng dầu... Tình hình vi phạm các quy định pháp luật về bảo đảm an toàn giao thông vận tải đường bộ, đường thủy của các HTX còn xảy ra phổ biến. Chỉ riêng tháng 7 vừa qua, xe chở khách BKS 89K-2532 của HTX dịch vụ hỗ trợ vận tải hành khách-hàng hóa-du lịch Công Lực (Hưng Yên), và ba xe khách của các HTX vận tải HH-HK-DL Hồng Hà, HTX xe khách Trung Nam và HTX vận tải-du lịch Thiên Phúc (TP Hồ Chí Minh)... đã gây tai nạn, làm chết và bị thương nhiều người, hư hỏng phương tiện, thiệt hại vật chất lên đến hàng trăm tỷ đồng.
Ðể các HTX vận tải hoạt động đúng các quy định của pháp luật, có hiệu quả và bảo đảm an toàn giao thông, Bộ Giao thông vận tải chỉ đạo các sở Giao thông vận tải phối hợp các ngành, các cấp có liên quan tăng cường quản lý, theo dõi hoạt động của các HTX; đề xuất cơ chế chính sách giải quyết thỏa đáng các lợi ích của xã viên và tập thể; nâng cao năng lực, chất lượng vận tải; tăng cường tích lũy vốn để tái đầu tư. Rà soát lại hệ thống văn bản đã ban hành, trên cơ sở đó đề ra chính sách phù hợp đối với HTX hoạt động trong lĩnh vực giao thông vận tải, nhất là lĩnh vực quản lý vận tải, tạo điều kiện cho HTX mở rộng hoạt động sản xuất, kinh doanh. Kiến nghị các bộ, ngành liên quan bổ sung và cụ thể hóa một số chính sách khuyến khích phát triển HTX trong ngành GTVT, như ưu đãi cho HTX vay vốn đầu tư đổi mới phương tiện, đào tạo và bồi dưỡng cán bộ HTX, chính sách thuế, phí, chế độ bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế cho xã viên và người lao động. Trước mắt, căn cứ vào các quy định của Luật Hợp tác xã năm 2003 và các văn bản hướng dẫn thực hiện, trong phạm vi thẩm quyền, Bộ GTVT cần nghiên cứu, bổ sung, sửa đổi ngay các văn bản quản lý ngành, tạo môi trường kinh doanh bình đẳng cho các thành phần kinh tế cùng tham gia hoạt động giao thông vận tải, từ đó tạo điều kiện cho các HTX giao thông vận tải phát triển.