Đối với hoạt động kê khai, kê khai lại giá thuốc: Toàn bộ quá trình tiếp nhận, luân chuyển, xử lý hồ sơ và công bố, trả lời doanh nghiệp được thực hiện hoàn toàn trên môi trường mạng, không có sự tiếp xúc giữa doanh nghiệp và cơ quan quản lý.
Đối với hoạt động đăng ký thuốc: Toàn bộ hồ sơ kỹ thuật và các hồ sơ hành chính và thông tin sản phẩm (đơn đăng ký, thông tin sản phẩm, mẫu nhãn, tờ hướng dẫn sử dụng, giấy tờ pháp lý và các giấy tờ liên quan) được nộp trực tiếp theo phần mềm. Doanh nghiệp chỉ nộp bản cứng các giấy tờ pháp lý do các cơ quan có thẩm quyền không thuộc Bộ Y tế Việt Nam hoặc Cục Quản lý dược cấp (như: Giấy phép sản xuất, kinh doanh dược, Giấp phép thành lập Văn phòng đại diện…) để Cục Quản lý dược đối chiếu và nộp trực tiếp hoặc qua đường bưu điện. Đối với các giấy tờ pháp lý do Bộ Y tế Việt Nam cấp, Cục Quản lý dược sẽ có cơ chế liên thông theo chủ trương cải cách thủ tục hành chính, tiết kiệm thời gian, chi phí cho người dân và doanh nghiệp.
Việc triển khai dịch vụ công trực tuyến mức độ 4 trong lĩnh vực đăng ký thuốc và kê khai, kê khai lại giá thuốc bắt đầu áp dụng trong quý I-2016 và tiến hành thí điểm trong thời gian sáu tháng. Trong thời gian thực hiện thí điểm, để tạo điều kiện thuận lợi cho các doanh nghiệp, đồng thời bảo đảm tránh gián đoạn hoạt động trong giai đoạn đầu triển khai, các doanh nghiệp vẫn được phép nộp hồ sơ đăng ký, hồ sơ kê khai giá thuốc bằng bản giấy như quy định hiện đang thực hiện. Hai hệ thống đăng ký thuốc và kê khai giá trực tuyến bằng file mềm và đăng ký hồ sơ bằng file cứng được xem xét, xử lý độc lập và đồng thời.
Trước đó, tháng 3-2015, Cục Quản lý dược cũng đã công bố và đưa vào sử dụng “Hệ thống phần mềm trực tuyến cấp số tiếp nhận Phiếu công bố sản phẩm mỹ phẩm”.
Việc triển khai áp dụng công nghệ thông tin và các giải pháp trực tuyến vào trong hoạt động quản lý nhằm giúp tăng cường hiệu quả công tác quản lý nhà nước, giúp đẩy mạnh cải cách các thủ tục hành chính, tạo thuận lợi tối đa cho các doanh nghiệp, các đơn vị trong ngành, đồng thời công khai các quy trình giải quyết các thủ tục hành chính của cơ quan quản lý nhà nước.