Tuy nhiên, do việc khai thác quá mức dẫn đến sự suy giảm cả về thành phần loại và dự trữ nguồn lợi đã ảnh hưởng trực tiếp đến giá trị đa dạng sinh học biển khu vực này. Do vậy, việc phục hồi nguồn lợi, bảo tồn giá trị tài nguyên sinh vật biển ven đảo Cát Bà là nhiệm vụ cấp bách hiện nay.
Thống kê cho thấy, tại khu vực đảo Cát Bà có khoảng gần 200 loài cá (trong đó có 79 loài cá rạn san hô); 132 loài san hô và 532 loài động vật đáy... Như vậy, có thể khẳng định đa dạng sinh học và nguồn lợi ven biển Cát Bà đã có những đóng góp quan trọng trong việc tạo nên giá trị thương hiệu trong khu vực và quốc tế. Tuy nhiên, trong khoảng mười năm trở lại đây, tại khu vực đảo Cát Bà, một số nguồn lợi quan trọng đang ở tình trạng giảm sút nghiêm trọng, nhất là một số loài phổ biến như tu hài, vẹm xanh...
đang ngày càng trở nên khan hiếm, cũng như các rạn san hô phát triển nghèo nàn.
Kết quả điều tra hiện trạng và nguồn lợi động vật đáy kinh tế, quý hiếm trong khuôn khổ đề tài "Nghiên cứu các biện pháp bảo tồn và phát triển nguồn lợi động vật đáy có giá trị kinh tế cao ở vùng biển Bạch Long Vĩ và Cát Bà", do Viện Nghiên cứu Hải sản thực hiện cho thấy: Các mức phân loài họ, giống, loài san hô cứng đều thể hiện sự suy giảm, từ năm 1993 đến 2011, thành phần loài suy giảm khoảng 46% số lượng loài bắt gặp trong các chuyến điều tra, khảo sát. Qua đó, có thể khẳng định một số diễn biến tác động bất lợi đến quần xã san hô cứng trong thời gian dài, khiến một số giống, loài nhạy cảm có thể biến mất hoặc trở nên khan hiếm tại các khu vực rạn san hô ven biển đảo Cát Bà. Mức độ bao phủ san hô cứng tại ven đảo Cát Bà cũng suy giảm khoảng 64,58% trong giai đoạn này. Đáng chú ý, trong 13 loài động vật đáy quý hiếm, có giá trị kinh tế cao được phát hiện trong khu vực Cát Bà thì có bốn loài có nguy cơ bị đe dọa tuyệt chủng theo mức độ khác nhau, nếu căn cứ vào danh mục Sách đỏ Việt Nam (năm 2007), trong đó có hai loài là tu hài và vẹm xanh hiện nay có mật độ rất thấp và rất hiếm gặp ở tự nhiên.
Ths Nguyễn Văn Hiếu (Viện Nghiên cứu Hải sản) cho biết, nguyên nhân dẫn đến những tình trạng nêu trên là do quá trình lắng đọng trầm tích bởi đảo Cát Bà nằm gần cửa sông lớn như cửa Cấm, cửa Bạch Đằng, cửa Lục. Do đó, môi trường nước thuộc khu vực này chịu tác động mạnh mẽ của khối nước lục địa, các rạn san hô và các vùng đảo ở chung quanh đảo thường bị trầm tích bởi phù sa bồi lắng, bao phủ. Xói lở trầm tích, lắng đọng trầm tích được xác định là một trong những tác nhân chính ảnh hưởng đến khu vực sinh sống của rạn san hô và các loài động vật đáy ở khu vực này. Việc khai thác hải sản đã đáp ứng nhu cầu sinh hoạt hằng ngày của người dân, nhu cầu phục vụ du lịch trên đảo và xuất khẩu các sản vật từ biển đã tác động tiêu cực đến hầu hết các loài đặc hữu và có giá trị kinh tế...
Hiện nay, tại Cát Bà số lồng nuôi cá đã tăng lên nhanh chóng từ tám nghìn lồng (năm 2005) lên đến hơn 12 nghìn lồng, số lượng lồng bè này đã vượt xa số lượng lồng bè dự kiến trong quy hoạch từ nay tới năm 2015 và 2020 (dựa trên tính toán theo sức tải môi trường tại khu vực). Như vậy, với mật độ các hộ nuôi bè cao như hiện nay, rác thải sinh hoạt hằng ngày từ nuôi trồng thủy sản tập trung đã làm ô nhiễm nguồn nước. Sự phú dưỡng trong nước biển gây ra những đợt ô nhiễm lớn, là cơ sở tạo ra các đợt dịch bệnh thủy sản lan tràn, các đợt thủy triều đỏ... đã hủy hoại môi trường sống của nhiều loài động vật ven biển. Ngoài những mặt tích cực phát triển du lịch còn có những tác động tiêu cực đến các hệ sinh thái, với các nguy cơ từ việc xả thải rác gây ô nhiễm môi trường biển. Đồng thời từ đó tạo nên "chuỗi" áp lực tiêu cực đến khai thác nguồn lợi ven biển, nhất là những loài quý hiếm và có giá trị kinh tế cao...
Ths Nguyễn Văn Hiếu cho rằng: Để khắc phục tình trạng nêu trên và phát huy những lợi thế về đa dạng sinh học biển trong sự phát triển kinh tế - xã hội của khu vực đảo Cát Bà, thời gian tới cần triển khai đồng bộ một số giải pháp như: Đẩy mạnh việc thiết lập Khu bảo tồn biển Cát Bà, trong đó tập trung vào việc xây dựng cơ sở hạ tầng, thiết lập các chế tài quản lý, triển khai bảo tồn đa dạng sinh học là điều kiện thuận lợi cho các hoạt động bảo tồn và phục hồi rạn san hô, cũng như phát triển nguồn lợi các loại sinh vật quý hiếm đang bị đe dọa. Nâng cao nhận thức của cộng đồng, đây là một khâu then chốt nhằm cải thiện năng lực của cộng đồng địa phương đối với bảo tồn và phát triển các nguồn lợi, được thông qua thiết lập kế hoạch, thực hiện giám sát, sử dụng bền vững nguồn lợi biển và ven bờ, nhất là khuyến khích cư dân ven biển tham gia vào việc quản lý nguồn lợi mà họ đang sống dựa vào...
Đồng thời, triển khai các chương trình thả rạn san hô nhân tạo, trồng phục hồi san hô cứng tại các vùng suy thoái nghiêm trọng, nhất là tại các khu vực có quản lý nghiêm ngặt. Xây dựng và định hướng kế hoạch sinh sản nhân tạo, thả giống nuôi phục hồi và phát triển nguồn lợi trong tự nhiên phù hợp điều kiện sinh thái môi trường tự nhiên tại khu vực ven biển Cát Bà, nhất là bảo tồn nguyên vị khôi phục những loài có giá trị kinh tế cao, quý hiếm trong tự nhiên như bào ngư chín lỗ, ốc đụn cái..., nhằm phát triển một cách bền vững nguồn lợi ven biển Cát Bà, qua đó góp phần xây dựng thành công Thương hiệu biển Việt Nam trong tương lai.