Trong số 600 chỉ tiêu ngành Bác sĩ Y đa khoa có 500 chỉ tiêu đào tạo tại Trường Đại học Y Hà Nội, 100 chỉ tiêu đào tạo tại phân hiệu của Trường tại Thanh Hóa, đào tạo trong 6 năm. Năm 2015, Trường lấy 500 chỉ tiêu ngành Bác sĩ Y đa khoa với điểm chuẩn là 27,75 điểm, cao nhất trong các ngành tuyển sinh của Trường. Ngành có điểm chuẩn thấp nhất của Trường năm 2015 là Y tế Công cộng và Điều dưỡng, lấy 23 điểm.
Chỉ tiêu năm 2016 cho các ngành còn lại như sau: Bác sĩ Y học cổ truyền (học 6 năm) 50 chỉ tiêu; Bác sĩ Răng hàm mặt (học 6 năm) 80 chỉ tiêu; Bác sĩ Y học Dự phòng (học 6 năm) 100 chỉ tiêu; Cử nhân Y tế Công cộng (học 4 năm) 30 chỉ tiêu; Cử nhân Dinh Dưỡng (học 4 năm) 50 chỉ tiêu; Cử nhân Kỹ thuật Y học chuyên ngành xét nghiệm (học 4 năm) 50 chỉ tiêu; Cử nhân khúc xạ nhãn khoa (học 4 năm)50 chỉ tiêu; Cử nhân Điều Dưỡng (học 4 năm) 90 chỉ tiêu.
Năm 2016, Trường Đại học Y Hà Nội tuyển sinh dựa vào kết quả kỳ thi THPT Quốc gia, lấy điểm ba môn: Toán-Hóa-Sinh. Điểm trúng tuyển theo ngành. Tiêu chí phụ và thứ tự ưu tiên của các tiêu chí phụ dùng để xét tuyển (nếu có trường hợp các thí sinh cuối cùng của chỉ tiêu tuyển sinh có điểm thi bằng nhau): Ưu tiên 1: Môn Toán; Ưu tiên 2: Môn Sinh học.