Sau một tuần Luật Doanh nghiệp có hiệu lực, hàng nghìn doanh nghiệp đã được đăng ký thành lập mới, nhưng các doanh nghiệp này không biết đăng ký và khắc dấu ở đâu. Nhiều doanh nghiệp tại Hà Nội và TP Hồ Chí Minh cho biết, mặc dù mọi thủ tục đăng ký thành lập doanh nghiệp được hoàn thành, nhưng khi đi khắc dấu đều bị từ chối vì "chưa có hướng dẫn từ phía cơ quan chức năng".
Theo quy định của Luật Doanh nghiệp, doanh nghiệp có toàn quyền với con dấu của mình, thay vì phải đăng ký với cơ quan công an như luật cũ, doanh nghiệp chỉ cần thông báo mẫu dấu với cơ quan đăng ký kinh doanh để đăng tải công khai trên Cổng Thông tin điện tử. Tuy nhiên, Nghị định về đăng ký doanh nghiệp, một trong những nghị định hướng dẫn thi hành Luật Doanh nghiệp vẫn đang ở "trạng thái" dự thảo. Trong khi đó, Nghị định 58/2001/NĐ-CP và Nghị định số 31/2009/NĐ-CP về quản lý sử dụng con dấu theo luật cũ vẫn chưa hết hiệu lực, cho nên doanh nghiệp và các cơ quan quản lý liên quan lúng túng trong thực hiện. Bên cạnh đó, khi xây dựng dự thảo Nghị định mới, cơ quan Công an vẫn giữ quan điểm đề nghị cơ quan đăng ký kinh doanh cần trao đổi với cơ quan Công an trước khi công bố mẫu dấu của doanh nghiệp để bảo đảm sự chính xác.
Nhiều ý kiến cho rằng, mặc dù luật đã có nhiều tiến bộ, tạo thuận lợi cao nhất cho doanh nghiệp hoạt động, nhưng sự chậm chễ và thiếu thống nhất trong việc ban hành Nghị định hướng dẫn là rào cản và gây khó khăn cho doanh nghiệp.
Theo quy định của Luật ban hành văn bản quy phạm pháp luật, khi trình dự án Luật, cơ quan soạn thảo phải đồng thời trình dự thảo Nghị định hướng dẫn thi hành để luật có thể thực thi ngay sau khi được thông qua. Tuy nhiên, "tư duy" cứ trình luật rồi ban hành Nghị định hướng dẫn sau dẫn tới nhiều khó khăn trong quá trình thực thi, mà Luật Doanh nghiệp là một thí dụ. Theo thống kê của Bộ Tư pháp, tính đến tháng 5-2015 còn 25 nghị định, quyết định quy định chi tiết 10 luật có hiệu lực kể từ ngày 1-7-2015 chưa được ban hành.
