Nỗ lực đưa cựu Tổng thống Iraq Saddam Hussein ra xét xử đang vấp phải những trở ngại do thiếu nhân chứng và bằng chứng chứng minh Saddam Hussein có liên hệ trực tiếp với hành động thảm sát.
Mặc dù liên quân đã bắt được 40 trong số 55 cộng sự của Saddam Hussein trong danh sách truy nã, nhưng một quan chức cấp cao của Anh đã thừa nhận với tờ "Thời báo" (Anh) rằng liên quân không thể thuyết phục được những người này ra làm nhân chứng chống lại Saddam Hussein.
Các công tố viên trong phiên tòa xét xử cựu Tổng thống Serbia Slobodan Milosevic với tội danh diệt chủng cũng đã gặp phải những vấn đề tương tự. Tuy đã gọi hơn 100 nhân chứng, các công tố viên vẫn chưa thể chứng minh sự liên hệ trực tiếp giữa ông Milosevic và vụ thảm sát ở Srebrenica năm 1995.
Lo sợ về sự trả thù cũng đang cản trở việc xét xử Saddam Hussein cùng hàng chục cộng sự của ông ta. Tờ "Thời báo" dẫn lời luật sư Salem Chalabi, người đang tham gia quá trình thành lập tòa án xét xử Saddam Hussein, cho biết rất nhiều người đã từ chối làm thẩm phán hoặc công tố tại tòa án này vì lo sợ bị tấn công.
Theo ông Salem Chalabi, danh tính của họ được giữ bí mật và ông là nhân vật duy nhất có tên tuổi được công bố trước công chúng. Kể từ khi được bổ nhiệm từ mùa Thu năm 2003, ông Salem Chalabi đã nhiều lần bị dọa giết. Hiện ông Salem Chalabi phải làm việc tại một địa điểm bí mật, hiếm khi ngủ tại một địa điểm trong hai đêm liền và được bảo vệ 24 giờ trong ngày.
Nhằm khuyến khích các nhân chứng chịu ra làm chứng trước tòa, tòa án xét xử Saddam Hussein dự định thành lập một chương trình bảo vệ nhân chứng giống như chương trình của Tòa án Liên hợp quốc ở Nam Tư cũ. Tên tuổi của các nhân chứng sẽ chỉ được tiết lộ cho các thẩm phán, công tố viên và luật sư bảo vệ. Dự tính các chi phí dành cho an ninh sẽ chiếm khoảng một nửa ngân sách 75 triệu USD để thành lập tòa án.
Tình trạng bạo lực ở Iraq cũng khiến cho các nhà điều tra của tòa án xét xử Saddam Hussein hầu như không thể bắt đầu công việc. Liên quân sẽ không trao lại những nghi can cho đến khi các nhà điều tra đưa ra những lời buộc tội chính thức thích đáng. Điều này càng làm tăng triển vọng Saddam Hussein cùng các cộng sự phải ở lại trong nhà tù của Mỹ sau khi liên quân chuyển giao chủ quyền cho Chính phủ lâm thời Iraq vào ngày 30-6 tới. Tuy nhiên ông Chalabi nói rằng việc xét xử Saddam Hussein ở Iraq là điều không phải bàn cãi.