Cấu trúc phát triển không gian mới được định hình theo 5 cực động lực, 5 hệ liên kết chiến lược, 5 trung tâm vệ tinh và 10 vùng quản trị. Trong đó, 5 cực động lực gồm: cực lõi trung tâm dịch vụ tài chính quốc tế Sài Gòn - Chợ Lớn - Thủ Thiêm; cực đổi mới sáng tạo phía Đông; cực công nghiệp và logistics phía Bắc; cực cảng biển, khu thương mại tự do và năng lượng phía Nam; cùng cực đô thị, giáo dục, y tế phía Tây. Hệ thống được kết nối bằng mạng lưới giao thông đa phương thức, ưu tiên đường sắt đô thị, đường sắt liên vùng và các tuyến nối cảng biển, sân bay.