Tại phiên tòa, đại diện Viện KSND thành phố Hà Nội đề nghị, xử phạt bị cáo Tường từ 13 đến 14 năm tù về tội "Vi phạm quy định về khám bệnh, chữa bệnh, sản xuất pha chế thuốc, cấp phát thuốc, bán thuốc hoặc dịch vụ y tế khác". Ðối với tội "Xâm phạm thi thể, mồ mả, hài cốt", đề nghị mức án từ 4 đến 5 năm tù giam. Tổng hợp mức hình phạt từ 17 đến 19 năm tù. Ðối với Ðào Quang Khánh, đề nghị mức án từ 48 đến 60 tháng tù giam cho hai tội danh: "Trộm cắp tài sản" và "Xâm phạm thi thể, mồ mả, hài cốt". Trong phần tranh tụng, các bên phân tích, làm rõ mức độ phạm tội của các bị cáo, xác định nguyên nhân gây ra cái chết đối với chị Huyền.
Nêu quan điểm tại phiên tòa, đại diện Viện KSND thành phố Hà Nội khẳng định, việc truy tố các bị cáo theo các tội danh trong cáo trạng là có cơ sở.
Trong phần nói lời sau cùng, hai bị cáo cho biết cảm thấy ăn năn, hối lỗi và gửi lời xin lỗi đến gia đình nạn nhân Lê Thị Thanh Huyền, đồng thời mong HÐXX xem xét khoan hồng, giảm nhẹ hình phạt.
Sau khi nghị án, thay mặt HÐXX, Chủ tọa phiên tòa, Thẩm phán Lê Thị Hợp tuyên phạt Nguyễn Mạnh Tường 14 năm tù về tội "Vi phạm quy định về khám bệnh, chữa bệnh, sản xuất pha chế thuốc, cấp phát thuốc, bán thuốc hoặc dịch vụ y tế khác"; 5 năm tù về tội "Xâm phạm thi thể, mồ mả, hài cốt". Tổng hợp mức hình phạt là 19 năm tù. Cấm hành nghề 5 năm sau khi thi hành án phạt tù. Về dân sự, buộc Tường bồi thường cho gia đình nạn nhân gần 400 triệu đồng, cấp dưỡng cho hai con của nạn nhân một triệu đồng/tháng. Tuyên phạt Ðào Quang Khánh chín tháng tù về tội "Trộm cắp tài sản" và 24 tháng tù về tội "Xâm phạm thi thể, mồ mả, hài cốt". Tổng hợp hình phạt là 33 tháng tù.
HÐXX cho rằng, hành vi của bị cáo Tường gây bức xúc cho dư luận. Mặc dù thi thể của nạn nhân đã được tìm thấy nhưng không còn nguyên vẹn. Hành vi của Tường cần mức án cao, nghiêm khắc mang tính răn đe. Ðối với bị cáo Khánh, phạm tội tại thời điểm đang ở độ tuổi vị thành niên, tài sản trộm cắp giá trị không cao nên HÐXX xem xét giảm nhẹ hình phạt. Ðối với vụ án này, HÐXX cho rằng, có phần trách nhiệm của Sở Y tế Hà Nội trong quản lý các các cơ sở y tế. Do đó, kiến nghị Sở Y tế Hà Nội cần có nhiều biện pháp thanh tra, kiểm tra các cơ sở y tế trên địa bàn.
