Ngày 5-4, tại cuộc họp giao ban Ban Tư tưởng - Văn hoá Trung ương, ông Nguyễn Kinh Quốc, Người phát ngôn của Thủ tướng cho biết: "Thủ tướng vừa yêu cầu Bộ trưởng Giao thông Vận tải kiểm điểm trách nhiệm, có hình thức xử lý kỷ luật đối với các tổ chức, cá nhân từ cấp dưới đến cơ quan Bộ có liên quan trong vụ tai nạn tàu E1, báo cáo kết quả lên Thủ tướng".
Theo ông Kinh Quốc, Thủ tướng nhận định vụ đổ tàu E1 là "nghiêm trọng" và nguyên nhân hoàn toàn do chủ quan. Chính phủ cũng có một phần trách nhiệm nhưng trách nhiệm trước hết là Bộ Giao thông Vận tải.
Được biết, Bộ trưởng Giao thông Vận tải trước đó đã chỉ đạo thành lập đoàn công tác của Bộ Giao thông Vận tải do Thứ trưởng Ngô Thịnh Đức làm trưởng đoàn và các thành viên là đại diện một số cơ quan chức năng của Bộ Giao thông Vận tải để kiểm tra làm rõ nguyên nhân của vụ tai nạn tàu khách E1, xác định trách nhiệm của từng tổ chức, cá nhân có liên quan, nhằm triển khai ý kiến chỉ đạo của Tổng Bí thư Nông Đức Mạnh và Thủ tướng Phan Văn Khải tại văn bản số 1289/VPCP-NC ngày 16-3. Đoàn công tác sẽ báo cáo kết quả làm việc với Bộ trưởng Giao thông Vận tải trước ngày 15-4. Trên cơ sở đó, Bộ Giao thông Vận tải sẽ có văn bản chính thức báo cáo Tổng Bí thư và Thủ tướng Chính phủ.
Tuy nhiên đến nay, Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam vẫn chưa có hình thức xử lý kỷ luật nào với những người đứng đầu các đơn vị trực thuộc, trong khi lãnh đạo Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam yêu cầu những cá nhân đứng đầu các đơn vị liên quan phải hoàn tất bản kiểm điểm trước ngày 30-3.
