Ông Cường bị đình chỉ sinh hoạt cấp ủy theo Quy định số 22-QĐ/TW ngày 28/7/2021 của Ban Chấp hành Trung ương về công tác kiểm tra, giám sát và kỷ luật của Đảng.
Trước đó, ngày 31/12/2021, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Thái Nguyên đã ban hành Quyết định số 146/CSKT khởi tố bị can đối với ông Phan Mạnh Cường, Ủy viên Ban Thường vụ Tỉnh ủy, Bí thư Thành ủy Thái Nguyên, nguyên Trưởng Ban Quản lý các khu công nghiệp Thái Nguyên về hành vi “Thiếu trách nhiệm gây thiệt hại đến tài sản của Nhà nước” theo quy định tại khoản 2 Điều 179 Bộ luật Hình sự.
Việc khởi tố đối với ông Cường được Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Thái Nguyên phê chuẩn tại Quyết định số 13/QĐ-VKS-P1 cùng ngày 31/12/2021.
Ngày 30/12/2021, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Thái Nguyên ban hành Quyết định số 79/CSKT khởi tố vụ án hình sự: “Thiếu trách nhiệm gây thiệt hại đến tài sản của Nhà nước” xảy ra tại Ban Quản lý các khu công nghiệp Thái Nguyên năm 2014.
Ông Cường bị khởi tố vì sai phạm khi còn làm Trưởng Ban Quản lý các khu công nghiệp Thái Nguyên, sau đó ông Cường giữ các chức vụ Chủ tịch UBND thành phố Thái Nguyên, Ủy viên Ban Thường vụ Tỉnh ủy, Bí thư Thành ủy Thái Nguyên.
