Tại phiên tòa, luật sư Trần Huy Nam và Hà Huy Sơn có mặt để bào chữa cho bị cáo Lê Quốc Quân. Luật sư Bùi Quang Nghiêm vắng mặt nên đã gửi bài bào chữa cho bị cáo Lê Quốc Quân.
Theo cáo trạng, Công ty TNHH Giải pháp Việt Nam được thành lập từ tháng 4-2001 do Lê Quốc Quân làm Giám đốc và là người đại diện theo pháp luật của công ty, trụ sở tại nhà A9-D5, phố Dịch Vọng Hậu (phường Dịch Vọng Hậu, quận Cầu Giấy, Hà Nội). Công ty đăng ký các ngành nghề kinh doanh: Tư vấn đầu tư trong và ngoài nước, dịch vụ lao động, đào tạo, dạy nghề kỹ thuật nông lâm nghiệp, cơ khí điện, dịch vụ tư vấn và chuyển giao công nghệ trong lĩnh vực quản lý các dự án phát triển nông nghiệp, nông thôn. Sau 13 lần thay đổi đăng ký kinh doanh, đến nay công ty đã bổ sung thêm ngành nghề kinh doanh, gồm: Cập nhật, tìm kiếm, lưu trữ, xử lý dữ liệu và khai thác cơ sở dữ liệu; tư vấn máy vi tính và quản trị hệ thống máy vi tính; tổ chức hội nghị, hội thảo.
Quá trình thực hiện nghĩa vụ nộp thuế với Nhà nước, Lê Quốc Quân đã chỉ đạo Phạm Thị Phương, kế toán Công ty TNHH Giải pháp Việt Nam, lập khống các hợp đồng môi giới thương mại, chứng từ và sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng khống, để tăng chi phí quản lý doanh nghiệp, nhằm trốn thuế thu nhập doanh nghiệp. Tổng số chi phí khống Công ty TNHH Giải pháp Việt Nam đã kê khai và quyết toán thuế (trong hai năm 2010 và 2011) là 2.580.900.790 đồng, trong đó: Ký hợp đồng môi giới thương mại khống là 1.750.000.000 đồng và sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng khống là 830.900.790 đồng. Tổng số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp đã trốn là 645.225.197 đồng, trong đó năm 2010 là 235.768.125 đồng, năm 2011 là 409.457.072 đồng.
Tại phiên tòa, bị cáo Phạm Thị Phương đã thừa nhận toàn bộ hành vi phạm tội như cáo trạng đã nêu. Bị cáo Lê Quốc Quân không thừa nhận nội dung cáo trạng và cho rằng bị cáo không có hành vi phạm tội "Trốn thuế".
Ðại diện Viện Kiểm sát nhân dân TP Hà Nội giữ quyền công tố tại phiên tòa cho rằng, trong số ba thành viên sáng lập Công ty TNHH Giải pháp Việt Nam thì Lê Quốc Quân là người trực tiếp điều hành công ty và là người đại diện theo pháp luật của công ty, Lê Quốc Quân có số vốn tham gia nhiều nhất (lúc cao nhất là 75%), hai thành viên còn lại không tham gia điều hành công ty, bởi vậy Lê Quốc Quân là người phải chịu trách nhiệm về hoạt động trốn thuế của công ty.
Căn cứ lời khai của bị cáo, những người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan có mặt tại phiên tòa, kết luận giám định..., Hội đồng xét xử cho rằng đủ căn cứ kết luận các bị cáo Lê Quốc Quân và Phạm Thị Phương đã phạm tội "Trốn thuế" theo Ðiều 161, khoản 3, Bộ luật Hình sự. Hành vi của các bị cáo thuộc trường hợp nghiêm trọng, vi phạm những quy định pháp luật của Nhà nước về thuế, làm suy giảm Ngân sách Nhà nước. Trong đó, Lê Quốc Quân là bị cáo giữ vai trò chính, đã chủ động chỉ đạo bị cáo Phạm Thị Phương giúp mình thực hiện các hành vi vi phạm pháp luật (lập khống hợp đồng thuê chuyên gia, các phiếu thu, phiếu chi cho chuyên gia, mua bán hóa đơn khống, sử dụng các hóa đơn, chứng từ bất hợp pháp để hạch toán, cân đối doanh thu của công ty, chi phí đầu vào...). Quá trình điều tra cũng như tại phiên tòa, Lê Quốc Quân khai báo không thành khẩn, hậu quả chưa được khắc phục, có nhân thân xấu. Còn bị cáo Phạm Thị Phương giữ vai trò giúp sức tích cực, là người thực hành, trực tiếp thực hiện các yêu cầu theo chỉ đạo của Lê Quốc Quân. Tuy nhiên, tại cơ quan điều tra cũng như tại phiên tòa, Phạm Thị Phương có thái độ khai báo thành khẩn, có nhân thân tốt...
Trên cơ sở đó, Hội đồng xét xử đã tuyên phạt bị cáo Lê Quốc Quân 30 tháng tù giam, bị cáo Phạm Thị Phương 8 tháng tù giam cùng về tội "Trốn thuế". Tòa còn tuyên buộc Công ty TNHH Giải pháp Việt Nam có nghĩa vụ truy nộp 645.225.197 đồng tiền thuế thu nhập doanh nghiệp đã trốn trong 2 năm (2010 và 2011) cho Chi cục Thuế quận Cầu Giấy (Hà Nội) để nộp Ngân sách Nhà nước. Ngoài ra, Hội đồng xét xử còn quyết định áp dụng hình phạt bổ sung theo quy định tại Ðiều 161, khoản 4, Bộ luật Hình sự, phạt hai lần số tiền thuế đã trốn đối với Công ty TNHH Giải pháp Việt Nam với số tiền là 1.290.450.394 đồng để xung quỹ Nhà nước.
