Côn Đảo có tiềm năng phát triển du lịch sinh thái biển đảo, có di tích lịch sử quốc gia đặc biệt và hệ sinh thái đa dạng rừng, biển. Tuy nhiên, Côn Đảo cũng đang đối mặt nhiều thách thức về giao thông, điện, nước ngọt, dân số, khách du lịch và nhất là vấn đề bảo vệ môi trường, xử lý rác thải sinh hoạt.

Ban Quản lý Vườn Quốc gia Côn Đảo phối hợp Viện Hải dương học-Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam đã khảo sát thực tế hiện trạng san hô vùng biển Côn Đảo bị tẩy trắng diện rộng. Theo đó, khu vực phía đông đảo Côn Sơn bị tẩy trắng nhiều hơn so với khu vực phía tây đảo, trong đó, các rạn phía đông của đảo như Đầm Tre, Hòn Cau, Hòn Tài và Cực Gà san hô bị tẩy trắng từ 80-100%.