Ðồng bằng sông Cửu Long là vựa lúa lớn nhất của cả nước, cung cấp hơn 50% sản lượng lúa và 90% khối lượng gạo xuất khẩu của Việt Nam. Tuy nhiên, việc sử dụng phân bón không hợp lý phần nào khiến đất trồng lúa bị suy thoái. Nâng cao hiệu quả sử dụng phân bón đang là thách thức của vùng.
Đồng bằng sông Cửu Long là một châu thổ trẻ được bồi đắp nên bởi bùn cát sông Mê Công. Thế nhưng, chính nguồn vật liệu tạo nên đồng bằng châu thổ ấy đang dần bị cạn kiệt. Sự thiếu hụt cát là nguyên nhân chính gây nên tình trạng sạt lở bờ sông, bờ biển, gây mất đất, mất tài sản, nơi sinh sống của người dân. Đây là thách thức lớn đòi hỏi những quyết sách cấp bách và dài hơi để mang lại sự phát triển ổn định và bền vững.