Cùng với đó là hàng loạt thay đổi nhằm đơn giản hóa thủ tục, mở rộng giao dịch điện tử và nâng cao hiệu quả quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 có hiệu lực từ ngày 1/7/2026. Để triển khai Luật, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 252/2026/NĐ-CP; Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 86/2026/TT-BTC về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Hai văn bản này thay thế nhiều quy định đã được áp dụng trong thời gian qua, đồng thời bổ sung các quy định mới theo hướng hiện đại hóa công tác quản lý thuế, đẩy mạnh chuyển đổi số và cắt giảm thủ tục hành chính.
Tháo gỡ vướng mắc cho người nộp thuế
Trong số những điểm mới của Nghị định số 252/2026/NĐ-CP, quy định về tạm hoãn xuất cảnh là nội dung nhận được nhiều sự quan tâm.
Theo đó, việc hủy bỏ tạm hoãn xuất cảnh được sửa đổi theo hướng rút ngắn thời gian xử lý so với trước đây. Nghị định cũng bổ sung cơ chế xử lý đối với trường hợp người nộp thuế đã hoàn thành nghĩa vụ nhưng dữ liệu nộp thuế chưa được cập nhật trên hệ thống, tránh phát sinh vướng mắc trong quá trình làm thủ tục xuất cảnh.
Bên cạnh đó, điều kiện hủy bỏ tạm hoãn xuất cảnh cũng được mở rộng theo hướng tạo điều kiện để người nộp thuế khắc phục vi phạm, đồng thời bảo đảm quyền và lợi ích hợp pháp sau khi đã thực hiện đầy đủ nghĩa vụ với ngân sách nhà nước.
Không chỉ điều chỉnh quy định về tạm hoãn xuất cảnh, Nghị định còn sửa đổi nhiều nội dung liên quan trực tiếp đến quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế.
Đối với hoạt động dầu khí, quy định mới bổ sung việc tạm nộp và kê khai điều chỉnh thuế xuất khẩu trong trường hợp tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan chưa có giá chính thức. Việc bổ sung này nhằm bảo đảm thống nhất giữa pháp luật quản lý thuế và pháp luật hải quan.
Một thủ tục cũng được cắt giảm là việc cơ quan hải quan không còn phải ban hành thông báo thuế trong trường hợp ấn định thuế.
Thời điểm tính thời gian gia hạn nộp thuế được quy định rõ hơn. Người nộp thuế bị thiệt hại do thiên tai, thảm họa hoặc sự kiện bất khả kháng được gia hạn tối đa hai năm kể từ ngày xảy ra sự kiện. Trường hợp phải ngừng hoạt động do di dời cơ sở sản xuất, kinh doanh theo yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền được gia hạn là 1 năm kể từ ngày phải ngừng hoạt động.
Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế, chậm nhất mười ngày làm việc kể từ ngày cơ quan Hải quan ban hành kết luận kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, cơ quan Hải quan phải ban hành quyết định hoàn thuế hoặc thông báo hồ sơ chưa đủ điều kiện hoàn thuế.
Nghị định cũng bỏ quy định chuyển hồ sơ từ diện hoàn thuế trước sang kiểm tra trước trong trường hợp người nộp thuế không giải trình hoặc giải trình nhưng chưa chứng minh được số tiền thuế đã khai là đúng.
Một nội dung khác được nhiều doanh nghiệp quan tâm là quy định về chuyển đổi loại hình doanh nghiệp. Theo quy định mới, doanh nghiệp sau chuyển đổi được kế thừa toàn bộ quyền và nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp trước chuyển đổi, bao gồm số thuế phải nộp, số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ và số tiền thuế nộp thừa.
Đối với quản lý nợ thuế, Nghị định bổ sung quy định không khoanh nợ đối với chi nhánh, văn phòng đại diện hoặc địa điểm kinh doanh đã chấm dứt hoạt động nếu doanh nghiệp chủ quản vẫn đang hoạt động. Thời gian khoanh nợ được tính từ ngày cơ quan quản lý thuế ban hành quyết định khoanh nợ.
Về cưỡng chế, Nghị định quy định chưa áp dụng biện pháp cưỡng chế đối với tổ chức có số tiền thuế nợ dưới 3 triệu đồng; hộ kinh doanh, cá nhân có số tiền thuế nợ dưới 1 triệu đồng, trừ trường hợp người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký.
Chuyển mạnh sang quản lý thuế điện tử
Cùng với việc sửa đổi nhiều quy định liên quan trực tiếp đến người nộp thuế, Thông tư số 86/2026/TT-BTC cũng đặt trọng tâm vào việc đổi mới phương thức quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
Điểm nổi bật là hồ sơ thuế được thực hiện bằng phương thức điện tử. Người nộp thuế gửi hồ sơ thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan; cơ quan Hải quan tiếp nhận, xử lý và trả kết quả trên môi trường số.
Phương thức này được áp dụng đối với hồ sơ khai thuế cũng như nhiều thủ tục về miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế, hoàn thuế, xử lý tiền thuế nộp thừa, gia hạn nộp thuế, miễn tiền chậm nộp, xóa nợ, nộp dần tiền thuế nợ và ấn định thuế.
Thông tư cũng điều chỉnh thẩm quyền giải quyết hồ sơ theo mô hình tổ chức mới của cơ quan Hải quan, phù hợp với Đề án thông quan tập trung và Đề án Hải quan số. Cùng với đó, một số thành phần hồ sơ và thủ tục không còn cần thiết được cắt giảm nhằm rút ngắn thời gian xử lý.
Trong hoạt động kiểm tra thuế, Thông tư quy định rõ trách nhiệm của người nộp thuế và cơ quan Hải quan; đồng thời bổ sung quy định về kiểm tra lại khi có dấu hiệu vi phạm chưa được xử lý đầy đủ.
Đối với kiểm tra sau hoàn thuế, trình tự thực hiện và việc thu hồi số tiền thuế đã hoàn không đúng cũng được quy định cụ thể. Hoạt động kiểm tra việc sử dụng hàng hóa miễn thuế được bổ sung nhằm kịp thời phát hiện và xử lý các trường hợp lợi dụng chính sách miễn thuế.
Thông tư cũng làm rõ trách nhiệm của người nộp thuế, cơ quan hải quan và cơ quan thuế trong xử lý tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa, góp phần thống nhất đầu mối giải quyết và hạn chế phát sinh vướng mắc trong thực tế.
Những thay đổi tại Nghị định số 252/2026/NĐ-CP và Thông tư số 86/2026/TT-BTC cho thấy quá trình cải cách quản lý thuế không chỉ dừng ở việc cắt giảm thủ tục hành chính mà còn chuyển mạnh sang phương thức quản lý dựa trên dữ liệu điện tử. Cùng với việc tạo thuận lợi hơn cho người nộp thuế trong thực hiện nghĩa vụ, các quy định mới cũng bổ sung cơ sở pháp lý để cơ quan Hải quan nâng cao hiệu quả quản lý trong bối cảnh chuyển đổi số và tổ chức bộ máy theo mô hình mới.
