Cơ cấu Ban Nội chính Tỉnh ủy dựa trên cơ sở chuyển giao tổ chức nhân sự của Phòng Nội chính - Tiếp dân (thuộc Văn phòng Tỉnh ủy) và Văn phòng Ban Chỉ đạo tỉnh về phòng, chống tham nhũng tỉnh.
Trước đó, Tỉnh ủy Khánh Hòa đã ban hành Quyết định số 735 - QĐ/TU; số 16 - QĐ/TU quy định về chức năng, nhiệm vụ, tổ chức bộ máy của Ban Nội chính Tỉnh ủy. Theo đó, Ban Nội chính Tỉnh ủy là cơ quan tham mưu trực tiếp, thường xuyên cho Ban Thường vụ Tỉnh ủy, Thường trực Tỉnh ủy về công tác nội chính và phòng, chống tham nhũng (PCTN).