Nuôi trồng thủy sản đang phát triển mạnh ở mọi vùng nước ao, hồ, sông, ven biển và ở biển. Hiện nay, diện tích mặt nước nuôi trồng thủy sản đạt tới khoảng một triệu ha, trong đó 63,7% là diện tích nuôi ở các vùng nước mặn, lợ.
Sản lượng thủy sản nuôi trồng hằng năm đã vượt qua mức một triệu tấn; từ chỗ chiếm 36% (năm 2000), nay chiếm tới 43,7% tổng sản lượng thủy sản. Nhiều hình thức nuôi trong lồng, bè, trên sông, hồ, ở vùng cát ven biển và trên biển, nuôi thủy sản kết hợp với cấy lúa, trồng rừng ngập mặn,... đã tạo ra các loại thủy sản, đặc sản quý, là những hàng hóa có giá trị cao, phục vụ tiêu dùng và xuất khẩu. Sự tăng trưởng cả về diện tích và sản lượng nói trên khẳng định, việc phát triển nuôi trồng thủy sản là hướng chủ lực nhằm giảm sức ép đối với khai thác hải sản ở ven biển, góp phần bảo đảm cân bằng sinh thái ở các vùng nước; cung cấp nguyên liệu ổn định, chất lượng cao cho chế biến thủy, hải sản xuất khẩu. Nuôi trồng thủy sản trong thời gian qua đã tạo điều kiện thuận lợi cho việc thực hiện tốt chủ trương chuyển dịch cơ cấu kinh tế trong nông nghiệp, nông thôn; tạo thêm nhiều việc làm ổn định, tăng thu nhập của nông dân, ngư dân.
Tuy nhiên, cùng với sự phát triển nhanh, nuôi trồng thủy sản cũng đang đứng trước nhiều khó khăn, hạn chế và thách thức ngày càng lớn. Trước hết là vấn đề quy hoạch. Mặc dù, chúng ta đã triển khai công tác quy hoạch phát triển thủy sản ở nhiều địa phương, nhưng quá trình xây dựng và chỉ đạo thực hiện đã bộc lộ những hạn chế. Quy hoạch ở một số vùng nuôi (kể cả ở đồng bằng sông Cửu Long và ven biển miền Trung) vẫn chưa đồng bộ, hoàn chỉnh. Trước sự phát triển nhanh về diện tích, trong đó phần lớn là chuyển một số vùng đất canh tác sang nuôi thủy sản, chúng ta chưa kịp thời điều chỉnh quy hoạch, cho nên việc hướng dẫn, quản lý, sử dụng mặt nước nuôi thủy sản gặp lúng túng, có nơi đạt hiệu quả kinh tế kém và dẫn đến hậu quả xấu về nhiều mặt. Ô nhiễm môi trường đã xuất hiện tại nhiều vùng nước nuôi thủy sản. Tình trạng thiếu nước ngọt, suy giảm nguồn nước ngầm đang là nguy cơ lớn ở những nơi nuôi tôm vùng cát. Việc phối hợp đáp ứng các yêu cầu thủy lợi cho nông nghiệp, thủy lợi cho thủy sản, bảo vệ rừng ngập mặn, yêu cầu thoát lũ,... chưa thật sự gắn kết, do vậy tính khả thi của quy hoạch chưa cao.
Chúng ta đã có hệ thống trạm, trại sản xuất giống thủy sản, trong đó có hàng nghìn cơ sở sản xuất tôm giống, nhưng đến nay, các cơ sở này vẫn chưa đủ sức đáp ứng nhu cầu về số lượng và chất lượng, chưa chủ động sản xuất giống một số loài thủy sản quý. Công nghệ sản xuất giống tuy được chú ý nghiên cứu nhưng chưa ổn định để có thể chuyển giao nuôi rộng rãi.
Để khắc phục những mặt yếu kém nói trên, chúng ta cần tiếp tục làm tốt công tác quy hoạch, từ khâu lập, quản lý đến việc thực hiện. Nghị quyết của Chính phủ (Số 09 ngày 15-6-2000) về một số chủ trương và chính sách chuyển dịch cơ cấu kinh tế và tiêu thụ sản phẩm nông nghiệp đã nêu những định hướng lớn để phát triển bền vững nuôi trồng thủy sản. Đó là việc chuyển đất trũng ven biển sang nuôi trồng thủy sản, lấy con tôm là con chủ lực trong nuôi thủy sản của nước ta, phát triển nuôi tôm nước lợ và tôm nước ngọt kết hợp nuôi thâm canh, nuôi sinh thái các loại cá và đặc sản. Các địa phương cần xem xét, điều chỉnh quy hoạch phù hợp điều kiện tự nhiên, xã hội từng nơi. Từng vùng, từng tỉnh cần xem xét yêu cầu quy hoạch của các ngành nông nghiệp, giao thông, du lịch, xây dựng cụm dân cư,... trong đó có vấn đề quy hoạch thủy lợi phục vụ thủy sản, sử dụng nguồn nước (cả nước mặt và nước ngầm) để cân đối cho phát triển thủy sản, các con, cây trồng khác và bảo vệ môi trường sinh thái bền vững.
Ngành thủy sản cùng các địa phương nhanh chóng triển khai quy hoạch cụ thể, xây dựng cơ sở hạ tầng cho từng vùng nuôi, hoàn thiện hệ thống sản xuất giống, quản lý tốt về chất lượng giống thủy sản, việc mua, bán, vận chuyển và nhập những giống loài mới; chuyển giao công nghệ sản xuất giống các loài thủy sản quý như cá giò, cá song, cua biển, ghẹ xanh, ốc hương, bào ngư. Trong đó, cần sớm tạo ra những vùng, những cơ sở nuôi dưỡng bảo tồn, phát triển nguồn tôm sú bố mẹ và các loài thủy sản quý. Nhà nước đã có nhiều chính sách khuyến khích các thành phần kinh tế đầu tư phát triển nuôi trồng thủy sản, như chính sách về sử dụng đất, mặt nước, cho nông dân, ngư dân nghèo vay vốn không phải thế chấp,... Đây là điều kiện thuận lợi để chúng ta tiếp tục sử dụng có hiệu quả kinh tế cao các vùng đất, vùng nước phát triển nuôi trồng thủy sản theo hướng ổn định và bền vững.
