Theo đó, Tòa đã tuyên y án sơ thẩm bị cáo Phạm Công Danh 20 năm tù về tội “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng”, tổng hợp hình phạt với bản án đã tuyên ở giai đoạn 1 của vụ án là 30 năm tù. Ngoài ra, Tòa cũng bác kháng cáo của bị cáo Phạm Công Danh về yêu cầu thu hồi thêm các khoản tiền mà bị cáo Danh cho rằng là vật chứng vụ án chưa được thu hồi; bác kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt và các vấn đề liên quan khác; tuyên y án đối với 11 bị cáo. Hội đồng xét xử chỉ chấp nhận kháng cáo của hai bị cáo Lê Đài và Trần Hiệp do có tình tiết giảm nhẹ mới mà án sơ thẩm chưa xem xét, cho hai bị cáo được hưởng ba năm tù treo.
Về kháng nghị của Viện Kiểm sát nhân dân (VKSND) cấp cao đề nghị không thu hồi 4.500 tỷ đồng từ Ngân hàng CB để trả lại và khấu trừ hậu quả cho bị cáo Phạm Công Danh, Tòa nhận định, 4.500 tỷ đồng là số tiền của Phạm Công Danh chuyển vào VNCB để tăng vốn điều lệ nhưng không được Ngân hàng Nhà nước Việt Nam chấp nhận. Đến nay, không có tài liệu nào chứng minh Phạm Công Danh đã sử dụng số tiền này vào mục đích cá nhân. Số tiền này đã hòa vào dòng tiền chung của VNCB và sử dụng cho VNCB. Từ đó, Tòa không chấp nhận kháng cáo của VKSND cấp cao về vấn đề này, tuyên giữ nguyên như án sơ thẩm, yêu cầu Ngân hàng CB trả lại 4.500 tỷ đồng cho bị cáo Phạm Công Danh.
Về các kháng cáo của BIDV không đồng ý trả lại cho Ngân hàng CB số tiền hơn 1.600 tỷ đồng, Tòa chấp nhận và tuyên sửa một phần bản án sơ thẩm liên quan. Tòa nhận định, số tiền hơn 1.600 tỷ đồng là bị cáo Phạm Công Danh thông qua hai công ty vay của Ngân hàng đầu tư phát triển Việt Nam (BIDV) từ năm 2013. Số tiền này đã tổng hòa chung vào dòng tiền của BIDV những năm 2012, 2013, trước khi vụ án tại VNCB bị khởi tố và hiện không còn lưu lại tại BIDV. Tòa cho rằng, hiện BIDV đang hoàn thiện phương án cổ phần hóa với sự tham gia của nhà đầu tư nước ngoài, việc án sơ thẩm tuyên trả lại hơn 1.600 tỷ đồng là không đúng, ảnh hưởng đến quá trình cổ phần hóa gây thiệt hại cho Nhà nước. Mối quan hệ giữa bị cáo Phạm Công Danh, Tập đoàn Thiên Thanh, Ngân hàng CB, Ngân hàng BIDV và những chủ thể có liên quan khác về khoản tiền hơn 1.600 tỷ đồng sẽ được tách ra xử lý ở một vụ án khác nếu các bên có yêu cầu.